データセット ID
E-GEAD-1121
- データの種類
- NGS（scRNA-seq、scBCR-seq、scTCR-seq、CITE-seq）
- アクセス制限
- 非制限公開
- 総データ量
- 316 MB
- ファイル形式
- TXT
- TAR
- 研究
- hum0521
- 公開日
- 2025-08-25
- 更新日
- 2025-09-18
- DDBJ Search
- E-GEAD-1121 (新しいタブで開きます)
解析手法
scRNA-seq
- 材料と対象者
- 子宮体がん（ICD10：C549）：10症例
腫瘍組織より分離したB細胞：10症例11検体
（10症例のうち1症例は2回のscRNA-seqデータ取得）
腫瘍組織より分離したT細胞：5症例5検体
遺伝性乳がん卵巣がん症候群（ICD10：R798）：1症例
正常子宮組織より分離したB細胞：1症例1検体
正常子宮組織より分離したT細胞：1症例1検体 - 健康状態罹患
- 対象者数11 (人数)
- 疾患
- 子宮体がん
- 遺伝性乳がん卵巣がん症候群
- 試料説明
- 子宮検体より分離したB細胞およびT細胞
- 組織B 細胞、T 細胞
- 腫瘍 / 非腫瘍混在
- 試料の入手元
- N/A
- 実験方法
- scRNA-seq
- 測定対象
- N/A
- 試薬キット
- Chromium Next GEM Single Cell 3' v3.1
Chromium Next GEM Single Cell 5' v2 - 断片化
- 上記キットに準拠
- プラットフォーム
- Illumina NovaSeq 6000
- リードタイプ
- ペアエンド
- リード長
- N/A
- 参照ゲノム
- GRCh38
- マッピング
- Cell Ranger v5.0.1
- QC・フィルタリング
- Cell Ranger v5.0.1
- 解析方法
- Cell Ranger v5.0.1
- 遺伝子数
- N/A
scBCR-seq
- 材料と対象者
- 子宮体がん（ICD10：C549）：4症例
腫瘍組織より分離したB細胞：4症例4検体
遺伝性乳がん卵巣がん症候群（ICD10：R798）：1症例
正常子宮組織より分離したB細胞：1症例1検体 - 健康状態罹患
- 対象者数5 (人数)
- 疾患
- 子宮体がん
- 遺伝性乳がん卵巣がん症候群
- 試料説明
- 子宮検体より分離したB細胞
- 組織B 細胞、子宮
- 腫瘍 / 非腫瘍混在
- 試料の入手元
- N/A
- 実験方法
- BCR-seq
- 測定対象
- N/A
- 試薬キット
- Chromium Next GEM Single Cell 5' v2
- 断片化
- 上記キットに準拠
- プラットフォーム
- Illumina NovaSeq 6000
- リードタイプ
- ペアエンド
- リード長
- N/A
- 参照ゲノム
- GRCh38
- マッピング
- Cell Ranger v5.0.1
- QC・フィルタリング
- Cell Ranger v5.0.1
- 解析方法
- Cell Ranger v5.0.1
- 表現型データの有無
- あり
scTCR-seq
- 材料と対象者
- 子宮体がん（ICD10：C549）：5症例
腫瘍組織より分離したT細胞：5症例5検体
遺伝性乳がん卵巣がん症候群（ICD10：R798）：1症例
正常子宮組織より分離したT細胞：1症例1検体 - 健康状態罹患
- 対象者数6 (人数)
- 疾患
- 子宮体がん
- 遺伝性乳がん卵巣がん症候群
- 試料説明
- 子宮検体より分離したT細胞
- 腫瘍 / 非腫瘍混在
- 試料の入手元
- N/A
- 実験方法
- TCR-seq
- 測定対象
- N/A
- 試薬キット
- Chromium Next GEM Single Cell 5' v2
- 断片化
- 上記キットに準拠
- プラットフォーム
- Illumina NovaSeq 6000
- リードタイプ
- ペアエンド
- リード長
- N/A
- 参照ゲノム
- GRCh38
- マッピング
- Cell Ranger v5.0.1
- QC・フィルタリング
- Cell Ranger v5.0.1
- 解析方法
- Cell Ranger v5.0.1
- 表現型データの有無
- あり
CITE-seq
- 材料と対象者
- 子宮体がん（ICD10：C549）：6症例
腫瘍組織より分離したB細胞：6症例6検体
腫瘍組織より分離したT細胞：5症例5検体 - 健康状態罹患
- 対象者数6 (人数)
- 疾患
- 子宮体がん
- 試料説明
- 子宮検体より分離したB細胞およびT細胞
- 組織B 細胞、T 細胞
- 腫瘍 / 非腫瘍腫瘍
- 試料の入手元
- N/A
- 実験方法
- CITE-seq
- 測定対象
- N/A
- 試薬キット
- Chromium Next GEM Single Cell 3' v3.1
Chromium Next GEM Single Cell 5' v2
TotalSeq-B
TotalSeq-C - 断片化
- 上記キットに準拠
- プラットフォーム
- Illumina NovaSeq 6000
- リードタイプ
- ペアエンド
- リード長
- N/A
- 参照ゲノム
- N/A
- マッピング
- Cell Ranger v5.0.1
- QC・フィルタリング
- Cell Ranger v5.0.1
- 解析方法
- Cell Ranger v5.0.1
- 表現型データの有無
- あり