研究 ID
hum0069-v1リリース情報
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研究題目
神経筋疾患、ウイルス性疾患におけるRNA発現プロファイル解析
研究概要
- 目的
- 神経疾患患者の脳脊髄液（CSF）および血清中のエクソソーム分画におけるsmall RNA（miRNA）のプロファイリングを次世代シークエンサーを用いて行うことで、有用性の高いバイオマーカーを探索する。
- 研究方法
- 腰椎穿刺によりCSFおよび血清を採取し、超遠心法によりエクソソーム分画を分離後Total RNAを抽出した。Small RNAライブラリーはTruSeq Small RNA Library Prep Kit（Illumina社）を用いて作製し、10-30塩基のRNAを解析のターゲットとしてPCR 15サイクルで増幅後、HiSeq 2500（Illumina社）を用いて50 baseを読んだ（single-end）。Small RNAシークエンスデータはBWA（version 0.5.9）を用いてhuman reference genome（hg19）にマッピング、small RNAクラスターのmiRNAへのアノテーションにはmiRbase（version 20）を用いた。また、miRdeep2 package（version 2.0.0.7）の'quantifier.pl'スクリプトを用いたデータ処理、解析もあわせて施行した。
- 対象
- 3名の神経筋疾患患者から得られた脳脊髄液および血清ペア（合計6検体）
データセット
| カート | データセット ID | データの種類 | 解析手法 | アクセス制限 | 公開日 |
|---|---|---|---|---|---|
| JGAD000064 | NGS（small RNA-seq） |
| 制限公開（Type I） | 2020-09-28 |
提供者
- 研究代表者
- 横田 隆徳
- 所属機関
- 東京医科歯科大学大学院 脳神経病態学分野（神経内科）
研究プロジェクト情報
| 研究プロジェクト名 | URL |
|---|---|
体液中マイクロRNA測定技術基盤開発プロジェクト |
助成金情報
| 科研費・助成金名 | 研究課題名 | 研究課題番号 |
|---|---|---|
日本医療研究開発機構（AMED） 次世代治療・診断実現のための創薬基盤技術開発事業 / 新エネルギー・産業技術総合開発機構（NEDO） | 体液中マイクロRNA測定技術基盤開発 |
|
関連論文
| タイトル | DOI | データセット ID |
|---|---|---|
Next-generation sequencing-based small RNA profiling of cerebrospinal fluid exosomes. |
制限公開データの利用者一覧
| 研究代表者 | 所属機関 | 国・州名 | 研究題目 | データ利用期間 | データセット ID |
|---|---|---|---|---|---|
| Ana Aransay | Genome Analysis Platform, CIC bioGUNE | スペイン | Non-invasive diagnosis of Pediatric Medulloblastoma | 2018-12-18 – 2019-09-23 | |
| 浜田 道昭 | 浜田研究室, 理工学術院, 早稲田大学 | 日本 | RNA標的創薬データベースの構築 | 2023-01-05 – 2027-10-31 |