NBDC Research ID: hum0556.v1
研究内容の概要
目的： 胸部腫瘍組織および正常組織の解析を通してがんの病態を把握することにより、がんの予防・診断・治療法の確立、さらには新規治療法の開発を目指す
方法： ChIP-seq解析
対象： 肺がん17症例由来腫瘍組織
| データID | 内容 | 制限 | 公開日 |
|---|---|---|---|
| JGAS000903 | NGS（ChIP-seq） | 制限公開（Type I） | 2026/06/23 |
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分子データ
| 対象 |
肺がん（ICD10：C349）：17症例 腫瘍組織（FFPE）：24検体 |
| 規模 | ChIP-seq |
| 対象領域（Target Captureの場合） | - |
| Platform | Illumina [HiSeq 2500] |
| ライブラリソース | 腫瘍組織から抽出したDNAに対し、抗ヒストン抗体（H3K27ac）を用いて免疫沈降 |
| 検体情報（購入の場合） | - |
| ライブラリ作製方法（キット名） | ThruPLEX DNA-Seq Kit |
| 断片化の方法 | 超音波断片化（Bioruptor） |
| ライブラリ構築方法 | Single-end |
| リード長（除：バーコード、アダプタ、プライマー、リンカー） | 50 bp |
| クオリティコントロール方法 |
・トリミング Trimmomatic（TruSeq3アダプター除去、4塩基平均クオリティ < 20で切断、リード長 < 36のリードを除去） ・マッピング後フィルタ Samtools（MAPQ < 20のリードを除去） |
| マッピング方法 | Bowtie2 |
| リファレンス配列 | hg19/GRCh37 |
| ピーク検出方法 | MACS2 |
| Japanese Genotype-phenotype Archive Dataset ID | JGAD001047 |
| 総データ量 | 38 GB（fastq、bed） |
| コメント（利用にあたっての制限事項） | NBDC policy |
提供者情報
研究代表者： 佐藤 崇
所 属 機 関： 北里大学医学部 呼吸器内科学
プロジェクト/研究グループ名：-
科研費/助成金（Research Project Number）：
| 科研費・助成金名 | タイトル | 研究課題番号 |
|---|---|---|
| 科学研究費助成事業 若手研究 | エピゲノム解析を用いた各種肺癌の分化プログラムの探索 | 20K17192 |
| 科学研究費助成事業 基盤研究（C） | 各種肺がんの分化プログラムにおけるマスター制御因子の役割 | 23K07609 |
| 科学研究費助成事業 基盤研究（C） | 肺神経内分泌腫瘍におけるMYCファミリー癌遺伝子に関連したバイオマーカー探索 | 22K08288 |
| 公益財団法人 MSD生命科学財団 研究助成－がん領域－ | 肺がんにおける分化プログラムの不均⼀性と可塑性の解明 | - |
| 公益財団法人 武田科学振興財団 医学系研究助成 | 肺がんのフェノタイプを規定する分化プログラムの不均一性・可塑性の解明 | - |
| 公益財団法人 内藤記念科学振興財団 内藤記念科学奨励金・研究助成 | 肺がんの進展・適応過程における可塑性に関する研究 | - |
関連論文
| タイトル | DOI | データID | |
|---|---|---|---|
| 1 | Epigenomic profiling of neuroendocrine lung cancers identifies a classical-neuroendocrine ASCL1/NKX2-1 subtype and a SOX11-associated differentiation axis linked to reduced immunogenicity | doi: 10.1016/j.lungcan.2026.109464 | JGAD001047 |
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制限公開データの利用者一覧
| 研究代表者 | 所属機関 | 国・州名 | 研究題目 | 利用データID | 利用期間 |
|---|---|---|---|---|---|
