NBDC Research ID: hum0543.v1
研究内容の概要
目的： 近年、全ゲノム重複は進行がんでもみられ、がんの転帰に関連するマクロ進化学的事象であることが示されている。しかしながら、全ゲノム重複による大規模なゲノム構造異常ががんゲノム進化にどう寄与するかは未だ不明な点が多い。大腸がんは、正常大腸粘膜上皮に複数のがん遺伝子・がん抑制遺伝子の異常が蓄積した結果、腺腫・粘膜内がん・浸潤がんへと進展していく多段階発がんが提唱され、発がんメカニズムが最もよく解明されている腫瘍の一つであるが、大腸がんにおいては全ゲノム重複などの大規模ゲノム構造異常が発がんに寄与するメカニズムの解明は進んでいない。本研究では、大腸がん組織を研究試料とし、多段階発がん過程における全ゲノム重複・染色体構造異常等の発生をmulti-region sequencing解析により推定し、がんの不均一性とがんクローンの進化との関連や腫瘍の進行・転移との関連を明らかにすることを目的とする。
方法： 全ゲノムシークエンス
対象： 大腸がん 62症例
| データID | 内容 | 制限 | 公開日 |
|---|---|---|---|
| JGAS000872 | NGS（WGS） | 制限公開（Type I） | 2026/06/10 |
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分子データ
| 対象 |
大腸がん（ICD10：C189）：62症例 腫瘍組織：62検体 非腫瘍組織（正常組織）：62検体 |
| 規模 | WGS |
| 対象領域（Target Captureの場合） | - |
| Platform | Illumina [NovaSeq 6000] |
| ライブラリソース | FFPE標本もしくは凍結標本の腫瘍組織および非腫瘍組織から抽出したDNA |
| 検体情報（購入の場合） | - |
| ライブラリ作製方法（キット名） | TruSeq DNA PCR-Free HT Library Prep Kit |
| 断片化の方法 | 超音波断片化（Covaris） |
| ライブラリ構築方法 | Paired-end |
| リード長（除：バーコード、アダプタ、プライマー、リンカー） | 150 bp |
| Japanese Genotype-phenotype Archive Dataset ID | JGAD001015 |
| 総データ量 | 14.2 TB（fastq） |
| コメント（利用にあたっての制限事項） | NBDC policy |
提供者情報
研究代表者： 谷内田 真一
所 属 機 関： 大阪大学 がんゲノム情報学
プロジェクト/研究グループ名：-
科研費/助成金（Research Project Number）：
| 科研費・助成金名 | タイトル | 研究課題番号 |
|---|---|---|
| 日本医療研究開発機構（AMED） 革新的がん医療実用化研究事業 | 国際共同研究に資する大規模日本人がんゲノム・オミックス・臨床データ統合解析とゲノム予防・医療推進 | JP25ck0106800 |
| 日本医療研究開発機構（AMED）革新的がん医療実用化研究事業 | 大腸癌ハイリスク患者の癌発症に関わる腸内環境変動の解明とそれに基づく大腸癌個別化予防法の開発に関する研究 | JP22ck0106546 |
| 日本医療研究開発機構（AMED）革新的がん医療実用化研究事業 | 大腸癌超ハイリスク群における便ならびに生検組織を用いた腸内環境理解に基づく大腸癌個別化予防法の開発 | JP25ck0106799 |
| 日本医療研究開発機構（AMED）革新的がん医療実用化研究事業 | オールジャパン体制による食道がん等消化器難治がんの全ゲノム配列データ及び臨床情報による先端的創薬開発・全ゲノム医療基盤構築 | JP25ck0106874 |
| 日本医療研究開発機構（AMED）革新的がん医療実用化研究事業 | 日本人がんゲノム・オミックス統合解析による革新的な予防・診断・治療推進に資する大規模国際共同研究 | JP26ck0106162 |
| 日本医療研究開発機構（AMED）次世代がん医療創生研究事業（P-CREATE） | 腸内細菌解析による抗悪性腫瘍剤の有害作用発現予測に関する研究開発 | JP21cm0106477 |
| 日本医療研究開発機構（AMED）次世代がん医療加速化研究事業（P-PROMOTE） | 食事、腸内細菌、炎症の多面的解析に基づく若年発症大腸癌の本態解明と易罹患性・早期診断検査法の開発 | JP25ama221430 |
| 日本医療研究開発機構（AMED）地球規模保健課題解決推進のための研究事業 | 日米医学協力計画を基軸とした感染関連がんに関する疾患研究 | JP23jk0210009 |
| 日本医療研究開発機構 革新的先端研究開発支援事業（AMED-CREST） | 腸管局所マイクロバイオームの「個人差・性差」が大腸「未病状態」に及ぼす影響の解明と未病抑制戦略の開発 | JP26gm2010009 |
| 日本医療研究開発機構（AMED）医療分野国際科学技術共同研究開発推進事業（先端国際共同研究推進プログラム（ASPIRE）） | The ELDER Study：臓器老化の高精度測定によるがん発症タイミングの解明 | JP26jf0126022 |
| 科学研究費助成事業 基盤研究（B） | 家族性大腸腺腫症を対象にしたメタゲノム解析とそれに基づく大腸癌発症進展機構の解明 | 20H03662 |
| 科学研究費助成事業 基盤研究（B） | 大腸Serrated pathwayにおける腸内環境変動の解明 | 23H02892 |
関連論文
| タイトル | DOI | データID | |
|---|---|---|---|
| 1 | Prevalence and chronology of colibactin-associated mutational processes and their microbiome spectra in Japanese colorectal cancer | JGAD001015 | |
| 2 |
制限公開データの利用者一覧
| 研究代表者 | 所属機関 | 国・州名 | 研究題目 | 利用データID | 利用期間 |
|---|---|---|---|---|---|
