NBDC Research ID: hum0536.v1
研究内容の概要
目的：悪性胸膜中皮腫は、肺や胸郭を裏打ちする胸膜から発生する予後不良の悪性腫瘍であり、その分子メカニズムの解明は診断・治療法の確立に重要である。本研究では、腫瘍および非腫瘍組織を対象にゲノム・遺伝子発現解析を行い、腫瘍の発生や進展に関与する分子経路を探索する。得られた候補分子については、遺伝子発現、局在、動態、細胞間相互作用などを解析し、臨床病理学的指標との関連性を検討する。さらに、腫瘍組織を保存し、マウスモデルや細胞培養系での機能解析に供する。
方法：全ゲノム解析、single-cell RNA-seq解析、ATAC-seq解析
対象： 胸膜中皮腫 1症例
| データID | 内容 | 制限 | 公開日 |
|---|---|---|---|
| JGAS000859 | NGS（WGS、scRNA-seq、ATAC-seq） | 制限公開（Type I） | 2026/04/08 |
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分子データ
| 対象 |
胸膜中皮腫（ICD10：C45.0）：1症例 腫瘍組織：2検体 |
| 規模 | WGS |
| 対象領域（Target Captureの場合） | - |
| Platform | Illumina [NovaSeq 6000] |
| ライブラリソース | 腫瘍組織から抽出したDNA |
| 検体情報（購入の場合） | - |
| ライブラリ作製方法（キット名） | Illumina PCR-Free Prep Kit |
| 断片化の方法 | Transposome-mediated on-bead tagmentation |
| ライブラリ構築方法 | Paired-end |
| リード長（除：バーコード、アダプタ、プライマー、リンカー） | 150 bp x 2 |
| Japanese Genotype-phenotype Archive Data set ID | JGAD001002 |
| 総データ量 | 680.3 GB（fastq） |
| コメント（利用にあたっての制限事項） | NBDC policy |
| 対象 |
胸膜中皮腫（ICD10：C45.0）：1症例 腫瘍組織：1検体 上記症例の腫瘍組織を移植した2匹のXenograft腫瘍モデル（PDX）において形成された腫瘍組織：2検体（介入：Ly6G、非介入：Isotype） |
| 規模 | scRNA-seq |
| 対象領域（Target Captureの場合） | - |
| Platform | Illumina [NovaSeq 6000] |
| ライブラリソース | 腫瘍組織およびPDX腫瘍組織より酵素処理にて分離した細胞から抽出したRNA |
| 検体情報（購入の場合） | - |
| ライブラリ作製方法（キット名） | Chromium Single Cell 5′ Reagent Kits v2 Dual Index、Library Construction Kit |
| 断片化の方法 | 酵素反応 |
| ライブラリ構築方法 | Paired-end |
| リード長（除：バーコード、アダプタ、プライマー、リンカー） | Read1：26 bp、Read2：90bp |
| Japanese Genotype-phenotype Archive Data set ID | JGAD001002 |
| 総データ量 | 680.3 GB（fastq） |
| コメント（利用にあたっての制限事項） | NBDC policy |
| 対象 |
胸膜中皮腫（ICD10：C45.0）：1症例 上記症例由来の細胞株：2検体 |
| 規模 | ATAC-seq |
| 対象領域（Target Captureの場合） | - |
| Platform | Illumina [NovaSeq 6000] |
| ライブラリソース | 細胞株より抽出したDNA |
| 検体情報（購入の場合） | - |
| ライブラリ作製方法（キット名） | ATAC-Seq Kit（Active Motif） |
| 断片化の方法 | 上記キットに準拠 |
| ライブラリ構築方法 | Paired-end |
| リード長（除：バーコード、アダプタ、プライマー、リンカー） | 150 bp x 2 |
| Japanese Genotype-phenotype Archive Data set ID | JGAD001002 |
| 総データ量 | 680.3 GB（fastq） |
| コメント（利用にあたっての制限事項） | NBDC policy |
提供者情報
研究代表者： 石川 俊平
所 属 機 関： 東京大学大学院医学系研究科 衛生学教室
プロジェクト/研究グループ名：-
科研費/助成金（Research Project Number）：
| 科研費・助成金名 | タイトル | 研究課題番号 |
|---|---|---|
| 科学研究費助成事業 基盤研究（S） | 組織空間とゲノム情報の定量的統合による胃癌多様性の新しい定義 | 22H04990 |
| 日本医療研究開発機構（AMED）革新的がん医療実用化研究事業 | 難治がんの治療経過に伴うゲノム病理情報のトラジェクトリ | JP24ck0106904 |
| 科学研究費助成事業 基盤研究（B） | びまん型胃癌における新たな好中球－がん相互作用の解明 | 23K27436 |
| 科学研究費助成事業 特別研究員奨励費 | 悪性胸膜中皮腫における腫瘍間質相互作用の機序解明と治療標的の同定 | 23KJ0836 |
関連論文
| タイトル | DOI | データID | |
|---|---|---|---|
| 1 | Cooperative Response Loops Enhanced by Histamine Signaling during Tumor-Neutrophil Crosstalk in Pleural Mesothelioma | JGAD001002 |
制限公開データの利用者一覧
| 研究代表者 | 所属機関 | 国・州名 | 研究題目 | 利用データID | 利用期間 |
|---|---|---|---|---|---|
