NBDC Research ID: hum0535.v1
研究内容の概要
目的：皮膚・血液・関連臓器由来細胞から抽出したDNAおよびRNAを網羅的に解析し、皮膚疾患に伴う分子・細胞レベルの変化を明らかにすることで、病態機序の解明と新規治療法の開発に資する基盤知見を得ること。
方法： ATAC-seq
対象： 乾癬6症例の病変皮膚、臨床的治癒皮膚、健常皮膚、それぞれから分離した表皮ケラチノサイト
| データID | 内容 | 制限 | 公開日 |
|---|---|---|---|
| JGAS000818 | NGS（ATAC-seq） | 制限公開（Type I） | 2025/10/20 |
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分子データ
| 対象 |
乾癬（ICD10：L40）：6症例 病変皮膚：6検体 臨床的治癒皮膚：6検体 健常皮膚：5検体 |
| 規模 | ATAC-seq |
| 対象領域（Target Captureの場合） | - |
| Platform | Illumina [NovaSeq 6000] |
| ライブラリソース | 皮膚検体から分離した表皮ケラチノサイトより抽出したDNA |
| 検体情報（購入の場合） | - |
| ライブラリ作製方法（キット名） | Tagment DNA TDE1 Enzyme and Buffer Kit |
| 断片化の方法 | Tn5 transposase-mediated tagmentation |
| ライブラリ構築方法 | Paired-end |
| リード長（除：バーコード、アダプタ、プライマー、リンカー） | 150 bp x 2 |
| 解析ソフトウェア | FastQC、Bowtie2、MACS2 |
| リファレンス配列 | GRCh38 |
| フィルタリング（QC）方法 | Bioanalyzer、FastQC |
| Japanese Genotype-phenotype Archive Data set ID | JGAD000986 |
| 総データ量 | 69.4 GB（bam） |
| コメント（利用にあたっての制限事項） | NBDC policy |
提供者情報
研究代表者： 柴田 彩
所 属 機 関： 東京大学 大学院医学系研究科
プロジェクト/研究グループ名：-
科研費/助成金（Research Project Number）：
| 科研費・助成金名 | タイトル | 研究課題番号 |
|---|---|---|
| 科学研究費助成事業 基盤研究（C） | レジリエンス破綻による炎症性皮膚疾患の慢性化機序の解明と治療戦略 | 24K11447 |
| 日本医療研究開発機構（AMED） 革新的先端研究開発支援事業 ソロタイプ（PRIME） | ストレスメモリーによる炎症の慢性化と拡大のメカニズム解明とストレスセンシングの可視化 | JP24gm6910016 |
| 一般財団法人リディアオリリー記念ピアス皮膚科学振興財団 | DNA環境およびスーパーエンハンサーを介した乾癬病態制御機構の解明 | - |
関連論文
| タイトル | DOI | データID | |
|---|---|---|---|
| 1 |
制限公開データの利用者一覧
| 研究代表者 | 所属機関 | 国・州名 | 研究題目 | 利用データID | 利用期間 |
|---|---|---|---|---|---|
