NBDC Research ID: hum0531.v2
研究内容の概要
目的： 泌尿器腫瘍（前立腺がん・腎がん・膀胱がんなど）は増加傾向にあり、後天的ゲノム異常が発症に関与している。従来の遺伝子異常のみでは発がん過程を十分に説明できず、構造異常や微小環境の影響も注目されている。近年の次世代シークエンサーの進展により、全ゲノム・エクソーム・RNA・シングルセル解析が可能となり、腫瘍特異的な変化の網羅的同定が可能となった。本研究では、泌尿器腫瘍における体細胞変異の解明を目的に、正常細胞との比較を含めた網羅的ゲノム解析を行い、新たな原因分子や治療標的の探索を目指す。
方法： NOIR-SS法を用いたターゲットパネル解析を実施。腫瘍組織ではTP53、FGFR3、TERT、KRAS/HRASのホットスポット変異を同定し、血漿cfDNAでは同一変異を対象としたtumor-informed型解析を行った。腎臓がん患者54名からの腫瘍サンプル125検体を用いたexome-seqをtwistベースで行った。また、腎臓がん患者91名からの腫瘍サンプル91検体に対してNEBベースのRNA-seqを行った。さらに腎臓がん患者18名からの腫瘍サンプル24検体を用いたシングルセルRNA-seqを10xベースで行った。腎臓がん患者16名からの腫瘍サンプル26検体に対しては空間トランスクリプトーム解析を10xベースで行った。
対象： 進行性尿路上皮がん15症例 腫瘍組織（FFPE、15検体）、血漿cfDNA（50検体）、腎臓がん101症例
| データID | 内容 | 制限 | 公開日 |
|---|---|---|---|
| JGAS000836 | NGS（Amplicon-seq） | 制限公開（Type I） | 2025/11/11 |
| JGAS000855 | 制限公開（Type I） | 2025/11/13 |
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分子データ
| 対象 |
進行性尿路上皮がん（ICD10：C67、C65、C66）：15症例 腫瘍組織（FFPE）15検体 cfDNA（血漿）50検体 |
| 規模 | Amplicon-seq |
| 対象領域（Target Captureの場合） | TP53、FGFR3、TERT、KRAS/HRAS |
| Platform | Thermo Fisher Scientific [Ion PGM/S5] |
| ライブラリソース | 腫瘍組織から抽出したDNAおよびcfDNA |
| 検体情報（購入の場合） | - |
| ライブラリ作製方法（キット名） | Kukita Y ら（PLOS ONE, 2018）に記載された手法 |
| 断片化の方法 |
FFPE：超音波断片化（Covaris） 血漿cfDNA：- |
| ライブラリ構築方法 | Paired-end |
| リード長（除：バーコード、アダプタ、プライマー、リンカー） | 150 bp |
| Japanese Genotype-phenotype Archive Dataset ID | JGAD000978 |
| 総データ量 | 7.2 GB（fastq） |
| コメント（利用にあたっての制限事項） | NBDC policy |
| 対象 |
腎臓がん（ICD10：C64）：54症例 腫瘍組織：125検体 非腫瘍組織（嚢胞）：36検体 |
| 規模 | Exome |
| 対象領域（Target Captureの場合） | - |
| Platform | Illumina [NovaSeq 6000] |
| ライブラリソース | 腫瘍組織および非腫瘍組織から抽出したDNA |
| 検体情報（購入の場合） | - |
| ライブラリ作製方法（キット名） | Twist Library Preparation Kit |
| 断片化の方法 | 上記キットに準拠（酵素反応） |
| ライブラリ構築方法 | Paired-end |
| リード長（除：バーコード、アダプタ、プライマー、リンカー） | 150 bp |
| マッピング方法 | BWA-MEM |
| マッピングクオリティ | MAPQ > 20 |
| マッピングの際のリファレンス配列 | GRCh38 |
| 平均カバー率（Depth） | 127x |
| Japanese Genotype-phenotype Archive Dataset ID | JGAD000997 |
| 総データ量 | 1.0 TB（bam） |
| コメント（利用にあたっての制限事項） | NBDC policy |
| 対象 |
腎臓がん（ICD10：C64）：91症例 腫瘍組織：91検体 |
| 規模 | RNA-seq |
| 対象領域（Target Captureの場合） | - |
| Platform | Illumina [NovaSeq 6000] |
| ライブラリソース | 腫瘍組織から抽出したRNA |
| 検体情報（購入の場合） | - |
| ライブラリ作製方法（キット名） | NEBNext Ultra Directional RNA Library Prep Kit |
| 断片化の方法 | 上記キットに準拠（化学反応） |
| ライブラリ構築方法 | Paired-end |
| リード長（除：バーコード、アダプタ、プライマー、リンカー） | 150 bp |
| Japanese Genotype-phenotype Archive Dataset ID | JGAD000997 |
| 総データ量 | 1.0 TB（fastq） |
| コメント（利用にあたっての制限事項） | NBDC policy |
| 対象 |
腎臓がん（ICD10：C64）：18症例 腫瘍組織：24検体 |
| 規模 | scRNA-seq |
| 対象領域（Target Captureの場合） | - |
| Platform | Illumina [NovaSeq 6000] |
| ライブラリソース | 腫瘍組織から抽出したRNA |
| 検体情報（購入の場合） | - |
| ライブラリ作製方法（キット名） | Chromium Single Cell 3’ Reagent Kit V3.1 |
| 断片化の方法 | 上記キットに準拠（酵素反応） |
| ライブラリ構築方法 | Paired-end |
| リード長（除：バーコード、アダプタ、プライマー、リンカー） | 28 bp + 90 bp |
| Japanese Genotype-phenotype Archive Dataset ID | JGAD000997 |
| 総データ量 | 1.0 TB（barcodes.tsv、features.tsv、matrix.mtx） |
| コメント（利用にあたっての制限事項） | NBDC policy |
Visium Spatial Gene Expression、病理画像
| 対象 |
腎臓がん（ICD10：C64）：16症例 腫瘍組織：22検体 |
| 規模 | Visium Spatial Gene Expression、病理画像 |
| 対象領域（Target Captureの場合） | - |
| Platform | Illumina [NovaSeq 6000] |
| ライブラリソース | 腫瘍組織 |
| 検体情報（購入の場合） | - |
| ライブラリ作製方法（キット名） | Visium Spatial Gene Expression library preparation slide |
| 断片化の方法 | 上記キットに準拠（酵素反応） |
| ライブラリ構築方法 | Paired-end |
| リード長（除：バーコード、アダプタ、プライマー、リンカー） | 28 bp + 50 bp |
| Visiumデータ解析ソフトウェア | Space Ranger Pipeline （version 1.3.1） |
| リファレンス | GRCh38 |
| 組織画像 | HE染色 |
| Japanese Genotype-phenotype Archive Dataset ID | JGAD000997 |
| 総データ量 | 1.0 TB（h5） |
| コメント（利用にあたっての制限事項） | NBDC policy |
Xenium In Situ Gene Expression
| 対象 |
腎臓がん（ICD10：C64）：3症例 腫瘍組織：4検体 |
| 規模 | Xenium In Situ Gene Expression |
| 対象領域（Target Captureの場合） | - |
| Platform | 10x Genomics [Xenium] |
| ソース | 腫瘍組織 |
| 検体情報（購入の場合） | - |
| 調整試薬（パネル、キット名、バージョンなど） | Xenium In Situ Gene Expression、Xenium Human Multi-Tissue and Cancer Panel |
| 解析ソフトウェア（可視化ツールなど） | Xenium Analyzer |
| Japanese Genotype-phenotype Archive Dataset ID | JGAD000997 |
| 総データ量 | 1.0 TB（h5、tif、parquet） |
| コメント（利用にあたっての制限事項） | NBDC policy |
提供者情報
研究代表者： 藤井 陽一
所 属 機 関： 東京大学 泌尿器科
プロジェクト/研究グループ名：-
科研費/助成金（Research Project Number）：
| 科研費・助成金名 | タイトル | 研究課題番号 |
|---|---|---|
| 科学研究費助成事業 基盤研究（C） | NOIR-SSを用いた淡明細胞型腎癌におけるctDNAの定量と背景因子の解明 | 23K08731 |
| 日本医療研究開発機構（AMED） 革新的がん医療実用化研究事業 | 透析腎がんの時空間的解析による分子基盤解明及び予防戦略開発 | 24ck0106948 |
関連論文
| タイトル | DOI | データID | |
|---|---|---|---|
| 1 | High Sensitivity ctDNA Analysis Using a Novel Panel and NOIR-SS Technology for Monitoring Advanced Urothelial Carcinoma | JGAD000978 | |
| 2 | Spatial multiomic analyses reveal carcinogenic pathways in end-stage renal disease, Cancer Discovery 2025 | JGAD000997 |
制限公開データの利用者一覧
| 研究代表者 | 所属機関 | 国・州名 | 研究題目 | 利用データID | 利用期間 |
|---|---|---|---|---|---|
