NBDC Research ID: hum0512.v1
研究内容の概要
目的：自己免疫疾患は免疫システムが自己組織を障害する疾患群であり、人口の1％以上が罹患する難病である。自己免疫疾患の発症リスクにはゲノム配列の個人差（多型）が強く関与している。大規模ゲノム解析によって自己免疫疾患の発症等に関与する「リスク多型」が数多く同定されてきた。リスク多型の多くは免疫機能に関わる細胞の遺伝子発現制御領域に集積しているため、リスク多型の機能を正確に理解するためには、免疫機能に関わる細胞におけるリスク多型と遺伝子発現制御との関連を評価する必要がある。本研究では、自然多型を用いる従来の研究手法に加えて、ゲノム編集により導入した人工多型も活用することで、リスク多型の機能を解明することを目指す。具体的には、広範囲の細胞のマルチオミックスデータを詳細に解析し、網羅的・統合的ゲノム解析を駆使することで自己免疫疾患のリスク多型の局在を同定し、それらの機能を解明することを目指す。
方法：bulk RNA-seq、bulk ATAC-seq、single cell CITE-seq
対象： 健常者3名
URL： https://immunogenetics.med.keio.ac.jp/
| データID | 内容 | 制限 | 公開日 |
|---|---|---|---|
| JGAS000818 | NGS（bulk RNA-seq、bulk ATAC-seq、scCITE-seq） | 制限公開（Type I） | 2025/07/30 |
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分子データ
| 対象 |
健常者：3名 単離したCD4+ T細胞をCD3/CD28で活性化した上でIL-2培地にて培養後、LEF1 siRNAもしくはコントロールsiRNAによりノックダウン後、24時間後、48時間後、72時間後の1サンプルずつ 合計18サンプル |
| 規模 | RNA-seq |
| 対象領域（Target Captureの場合） | - |
| Platform | Illumina [NovaSeq 6000] |
| ライブラリソース | CD4+ T細胞より抽出したRNA |
| 検体情報（購入の場合） | - |
| ライブラリ作製方法（キット名） |
SMART-seq mRNA Nextera XT DNA Library Prep Kit |
| 断片化の方法 | Nextera XT |
| ライブラリ構築方法 | Paired-end |
| リード長（除：バーコード、アダプタ、プライマー、リンカー） | 100 bp |
| 解析ソフトウェア |
STAR（v2.7.9a） RNA-SeQC2（v2.4.2） |
| リファレンス配列 | GRCh38 |
| フィルタリング（QC）方法 |
FastQC for raw reads; Nextera adapter trimming (min 20bp); RNASeQC2 for alignment metrics |
| Japanese Genotype-phenotype Archive Data set ID | JGAD000960 |
| 総データ量 | 631.6 GB（fastq、tab） |
| コメント（利用にあたっての制限事項） | NBDC policy |
| 対象 |
健常者：3名 単離したCD4+ T細胞をCD3/CD28で活性化した上でIL-2培地にて培養後、LEF1 siRNAもしくはコントロールsiRNAによりノックダウン後、24時間後、48時間後、72時間後の1サンプルずつ 合計18サンプル |
| 規模 | ATAC-seq |
| 対象領域（Target Captureの場合） | - |
| Platform | Illumina [NovaSeq 6000] |
| ライブラリソース | CD4+ T細胞より抽出したDNA |
| 検体情報（購入の場合） | - |
| ライブラリ作製方法（キット名） | Nextera XT Index Kit v2 |
| 断片化の方法 | Tn5 tagmentation with Nextera kit |
| ライブラリ構築方法 | Paired-end |
| リード長（除：バーコード、アダプタ、プライマー、リンカー） | 100 bp |
| 解析ソフトウェア |
Bowtie2（v2.2.6） MACS2（v2.2.7.1） |
| リファレンス配列 | GRCh38 |
| フィルタリング（QC）方法 |
FastQC for raw reads; Nextera adapter trimming (min 20bp); BAM filtering (samtools -F 1804 -f 2 -q 30); Blacklist removal; MACS2 peak calling (q<0.05); ATACseqQC TSS enrichment score; ataqv metrics; |
| Japanese Genotype-phenotype Archive Data set ID | JGAD000960 |
| 総データ量 | 631.6 GB（fastq、tab） |
| コメント（利用にあたっての制限事項） | NBDC policy |
| 対象 |
健常者：3名 単離したCD3+ T細胞をCD3/CD28で活性化した上でIL-2培地にて培養後、LEF1 siRNAもしくはコントロールsiRNAによりノックダウン後、48時間後、72時間後の1サンプルずつ 合計12サンプル（3名をプールして実施） |
| 規模 | CITE-seq |
| 対象領域（Target Captureの場合） | - |
| Platform |
Illumina [NovaSeq X Plus] 10x Genomics [Chromium] |
| ライブラリソース | CD3+ T細胞より抽出した細胞表面タンパク質とpolyA RNA |
| 検体情報（購入の場合） | - |
| ライブラリ作製方法（キット名） | Chromium Next GEM Single Cell 5' Kit v2 |
| 断片化の方法 | Standard protocol of 10x Genomics |
| ライブラリ構築方法 | Paired-end |
| リード長（除：バーコード、アダプタ、プライマー、リンカー） | 151 bp |
| 解析ソフトウェア | Cell Ranger 7.0.1 |
| リファレンス配列 | GRCh38 |
| フィルタリング（QC）方法 |
detected genes, UMI counts, mitochondrial gene percentage, doublet detection |
| Japanese Genotype-phenotype Archive Dataset ID | JGAD000960 |
| 総データ量 | 631.6 GB（fastq、tab、other） |
| コメント（利用にあたっての制限事項） | NBDC policy |
提供者情報
研究代表者： 石垣 和慶
所 属 機 関： 理化学研究所 生命医科学研究センター ヒト免疫遺伝研究チーム
プロジェクト/研究グループ名：-
科研費/助成金（Research Project Number）：
| 科研費・助成金名 | タイトル | 研究課題番号 |
|---|---|---|
| 科学研究費助成事業 基盤研究（B） | 自己免疫疾患のリスク多型機能解析による個別化抗サイトカイン療法の確立 | 22H03114 |
| 科学研究費助成事業 研究活動スタート支援 | 自己免疫疾患のリスク多型の機能を制御する転写因子の探索 | 21K20647 |
| 科学研究費助成事業 若手研究 | ゲノム編集技術とターゲット解析を駆使した関節リウマチリスク多型機能解析 | 25K19621 |
| 日本医療研究開発機構（AMED） ゲノム医療実現バイオバンク利活用プログラム | Polygenic risk scoreが生体に与える影響の評価に関する技術開発 | JP22tm0424223 |
| 日本医療研究開発機構（AMED） 免疫アレルギー疾患実用化研究事業 | ゲノム編集技術を併用したリスク多型機能解析による関節リウマチの病態解明 | JP22ek0410099 |
| 日本医療研究開発機構（AMED） ゲノム研究を創薬等出口に繋げる研究開発プログラム | バイオバンクを活用したT細胞受容体配列情報に基づく関節リウマチの新規診断マーカーの同定 | JP23tm0524005 |
| 日本医療研究開発機構（AMED） 免疫アレルギー疾患実用化研究事業 | 関節リウマチにおけるHLA遺伝子多型と喫煙の相互作用によるT細胞レベルの免疫寛容破綻の全容解明 | JP25ek0410139 |
| 日本医療研究開発機構（AMED） 生命科学・創薬研究支援基盤事業 | 生体試料を用いた大規模機能ゲノミクス解析支援及びヒト免疫機能評価基盤の高度化 | JP22ama121015 |
| 日本医療研究開発機構（AMED） ワクチン開発のための世界トップレベル研究開発拠点の形成事業 | 遺伝的多様性と機能に関するマルチオミックスを中心としたヒト免疫評価法の確立と支援の為のサポート機関 | JP223fa627010 |
関連論文
| タイトル | DOI | データID | |
|---|---|---|---|
| 1 | Accurate, sensitive, and efficient chromatin accessibility quantification at target loci using UNIChro-seq. | JGAD000960 |
制限公開データの利用者一覧
| 研究代表者 | 所属機関 | 国・州名 | 研究題目 | 利用データID | 利用期間 |
|---|---|---|---|---|---|
