NBDC Research ID: hum0492.v1
研究内容の概要
目的：関節リウマチ、炎症性腸疾患、自己免疫性肝障害などの免疫炎症性疾患は、病態の理解や薬剤の開発により以前よりも予後は向上した。しかしながら一部の患者では、依然として治療効果が不十分であったり、多面的な副作用が出現するステロイド薬を中止できない現状がある。本研究では、新規に治療を開始するこれらの免疫炎症性疾患の治療前・後の血液および組織を用いた、新たな治療薬開発の標的となる遺伝子やたんぱく質などのバイオマーカーの同定を目指す。
方法：シングルセルRNAシークエンス/TCR・BCRレパトア解析、空間的トランスクリプトーム解析（Visium）
対象：シェーグレン症候群 28症例、シェーグレン症候群の診断基準を満たさなかったSicca 10症例由来の唾液腺組織
| データID | 内容 | 制限 | 公開日 |
|---|---|---|---|
| JGAS000736 | 制限公開（Type I） | 2025/08/12 |
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分子データ
| 対象 |
シェーグレン症候群（ICD10：M350）：19症例 Sicca： 8症例 唾液腺組織：合計 27検体 （シェーグレン症候群6症例、Sicca3症例はVisium解析も実施） |
| 規模 | scRNA-seq/TCR/BCRレパトア解析 |
| 対象領域（Target Captureの場合） | - |
| Platform | Illumina [HiSeq X] |
| ライブラリソース | 唾液腺組織より取得したT細胞、B細胞より抽出したRNA |
| 検体情報（購入の場合） | - |
| ライブラリ作製方法（キット名） | Chromium Next GEM Single Cell 5’ Library & Gel Bead Kit v1.1 |
| 断片化の方法 | 上記キットに準拠 |
| ライブラリ構築方法 | Paired-end |
| リード長（除：バーコード、アダプタ、プライマー、リンカー） | 150 bp |
| マッピング方法 | Cell Ranger（version 5.0.1） |
| リファレンス配列 | GRCh38（reference_accession: GCA_000001405.15） |
| リードカウント決定アルゴリズム（ソフトウェア） | Cell Ranger（version 5.0.1） |
| 遺伝子数 | 平均1478 |
| レパトア解析方法（ソフトウェア） | Cell Ranger（version 5.0.1） |
| フィルタリング（QC）方法 | Cell Ranger（version 5.0.1） |
| Japanese Genotype-phenotype Archive Dataset ID | JGAD000915 |
| 総データ量 | 1.24 TB（bam、csv） |
| コメント（利用にあたっての制限事項） | NBDC policy |
Visium Spatial Gene Expression、病理画像
| 対象 |
シェーグレン症候群（ICD10：M350）：15症例 Sicca： 5症例 唾液腺組織：合計 20検体 （シェーグレン症候群6症例、Sicca3症例はscRNA-seq/TCR/BCRレパトア解析も実施） |
| 規模 | Visium Spatial Gene Expression、病理画像 |
| 対象領域（Target Captureの場合） | - |
| Platform | MGI [DNBSEQ-G400] |
| ライブラリソース | 唾液腺組織 |
| 検体情報（購入の場合） | - |
| ライブラリ作製方法（キット名） | Visium CytAssist Spatial Gene Expression for FFPE |
| 断片化の方法 | |
| ライブラリ構築方法 | Paired-end |
| リード長（除：バーコード、アダプタ、プライマー、リンカー） | read1：28 bp、read2：50 bp |
| Visiumデータ解析ソフトウェア | spaceranger-2.0.1 |
| リファレンス | GRCh38 |
| 組織画像 | HE染色 |
| Japanese Genotype-phenotype Archive Dataset ID | JGAD000915 |
| 総データ量 | 1.24 TB（fastq、jpg/tiff） |
| コメント（利用にあたっての制限事項） | NBDC policy |
提供者情報
研究代表者： 竹下 勝
所 属 機 関： 慶應義塾大学医学部 リウマチ・膠原病内科
プロジェクト/研究グループ名：-
科研費/助成金（Research Project Number）：
| 科研費・助成金名 | タイトル | 研究課題番号 |
|---|---|---|
| 科学研究費助成事業 若手研究 | 自己免疫疾患の根治を目標とする抗原特異性と遺伝子発現のシングルセル統合解析 | 20K17430 |
| 科学研究費助成事業 基盤研究（C） | 自己免疫疾患の病変部位における自己抗体の産生機構の解明 | 22K08528 |
| 科学研究費助成事業 特別研究員奨励費 | レトロトランスポゾン領域を介したシェーグレン症候群の病態機序の解明 | 21J00596 |
| 科学研究費助成事業 基盤研究（B） | プレRAのマルチオミックス解析を用いた分子病態に関する研究 | 20H03720 |
| 慶應義塾大学 学事振興資金 | 自己免疫疾患の病変局所における自己免疫機構の解明と抗原特異的免疫抑制療法の開発 | - |
| 慶應義塾大学 福澤基金 | 自己免疫の全容解明と抗原特異的免疫抑制療法の実用化 | - |
| 慶應義塾大学 次世代研究プロジェクト推進プログラム | 自己免疫応答の場としてとらえる唾液腺病変の包括的解明 | - |
| 持田記念医学薬学振興財団 研究助成 | シェーグレン症候群の病変組織における自己免疫機構の解明と抗原特異的免疫抑制療法の開発 | - |
| 興和生命科学振興財団 研究助成 | シェーグレン症候群の病変部位における自己免疫反応に関わる分子機構の解明 | - |
| 武田科学振興財団 医学系研究助成 | 自己免疫疾患の病変局所における自己免疫機構の解明 | - |
| 日本リウマチ財団 リウマチ性疾患調査・研究助成 | 各種自己免疫疾患における自己抗原特異的B細胞の免疫応答に関わる分子機構の解明と治療標的の同定 | - |
関連論文
| タイトル | DOI | データID | |
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制限公開データの利用者一覧
| 研究代表者 | 所属機関 | 国・州名 | 研究題目 | 利用データID | 利用期間 |
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