NBDC Research ID: hum0485.v1
研究内容の概要
目的： 胃がんの化学療法反応性を予測するための免疫およびゲノム解析
方法： shallow whole-genome sequencing（sWGS）、RNA sequencing
対象： 日本人胃がん65症例の腫瘍組織および非腫瘍組織
| データID | 内容 | 制限 | 公開日 |
|---|---|---|---|
| JGAS000754 | NGS（WGS、RNA-seq） | 制限公開（Type I） | 2025/04/28 |
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分子データ
| 対象 |
胃がん（ICD10：C16.9）：65 症例 腫瘍組織：65検体 非腫瘍組織：65検体 |
| 規模 | WGS |
| 対象領域（Target Captureの場合） | - |
| Platform | Illumina [HiSeq 2500] |
| ライブラリソース | 腫瘍組織および非腫瘍組織から抽出したDNA |
| 検体情報（購入の場合） | - |
| ライブラリ作製方法（キット名） | TruSeq Nano DNA Library Prep Kit |
| 断片化の方法 | 超音波断片化 |
| ライブラリ構築方法 | Paired-end |
| リード長（除：バーコード、アダプタ、プライマー、リンカー） | 126 bp |
| Japanese Genotype-phenotype Archive Dataset ID | JGAD000894 |
| 総データ量 | 666.7 GB（fastq） |
| コメント（利用にあたっての制限事項） | NBDC policy |
| 対象 |
胃がん（ICD10：C16.9）：65症例 腫瘍組織：65検体 |
| 規模 | RNA-seq |
| 対象領域（Target Captureの場合） | - |
| Platform | Illumina [HiSeq 2000/2500] |
| ライブラリソース | 腫瘍組織から抽出したRNA |
| 検体情報（購入の場合） | - |
| ライブラリ作製方法（キット名） | KAPA RNA HyperPrep Kit with RiboErase |
| 断片化の方法 | 熱処理 |
| ライブラリ構築方法 | Paired-end |
| リード長（除：バーコード、アダプタ、プライマー、リンカー） | 126 bp |
| Japanese Genotype-phenotype Archive Dataset ID | JGAD000894 |
| 総データ量 | 666.7 GB（fastq） |
| コメント（利用にあたっての制限事項） | NBDC policy |
提供者情報
研究代表者： 中川 英刀
所 属 機 関： 理化学研究所 生命医科学研究センター がんゲノム研究チーム
プロジェクト/研究グループ名：-
科研費/助成金（Research Project Number）：
| 科研費・助成金名 | タイトル | 研究課題番号 |
|---|---|---|
| 日本医療研究開発機構（AMED） 次世代がん医療創生研究事業（P-CREATE） | がんゲノム解析による新規免疫療法および複合免疫療法開発のためのシーズ探索 | JP20cm0106552 |
関連論文
| タイトル | DOI | データID | |
|---|---|---|---|
| 1 | Predicting chemotherapy responsiveness in gastric cancer through machine learning analysis of genome, immune, and neutrophil signatures | doi: 10.1007/s10120-024-01569-4 | JGAD000894 |
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制限公開データの利用者一覧
| 研究代表者 | 所属機関 | 国・州名 | 研究題目 | 利用データID | 利用期間 |
|---|---|---|---|---|---|
