NBDC Research ID: hum0476.v2
研究内容の概要
目的：腎臓を構成する細胞の機能の理解や腎疾患の生物学的理解のため、腎臓構成細胞のシングルセルトランスクリプトーム解析や空間的トランスクリプトーム解析を行い、ヒト腎臓構成細胞の遺伝子発現プロファイルと臨床的パラメータとの関連解析を行う。また、腎疾患の理解のための医学研究や腎疾患の治療のための創薬研究に活用できる基盤を構築する。
方法：シングルセルRNAシークエンス解析（Chromium）、空間的トランスクリプトーム解析（Visium）
対象：腎臓がん32症例の摘出腎の内、非腫瘍部
| データID | 内容 | 制限 | 公開日 |
|---|---|---|---|
| JGAS000736 | 制限公開（Type I） | 2025/01/07 | |
| JGAS000736（データ追加） | NGS（scRNA-seq） | 制限公開（Type I） | 2025/06/15 |
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分子データ
| 対象 |
腎臓がん（ICD10：C64, N028, N088, N26, E142, N12）：14症例 摘出腎組織の非腫瘍部：14検体 正常腎組織検体：3検体 IgA腎症の所見を呈する検体：3検体 早期の糖尿病にみられる変化を呈する検体：2検体 IgA沈着症の所見を呈する検体：2検体 糸球体肥大症の所見を呈する検体：1検体 腎硬化症と糖尿病性腎症の所見を呈する検体：1検体 腎硬化症とIgA沈着症の所見を呈する検体：1検体 糖尿病性腎症の所見を呈する検体：1検体 |
| 規模 | scRNA-seq |
| 対象領域（Target Captureの場合） | - |
| Platform | Illumina [NextSeq 2000] |
| ライブラリソース | 非腫瘍部の腎組織（腫瘍以外の所見を含む）より抽出したRNA |
| 検体情報（購入の場合） | - |
| ライブラリ作製方法（キット名） | Chromium Next GEM Automated Single Cell 3' Reagent Kits v3.1 |
| 断片化の方法 | 10x genomics社のプロトコルに準拠 |
| ライブラリ構築方法 | Paired-end |
| リード長（除：バーコード、アダプタ、プライマー、リンカー） | Read 1：28bp、Read2：90bp |
| マッピング方法 | STAR |
| リファレンス配列 | GRCh38-2020-A |
| リードカウント決定アルゴリズム（ソフトウェア） | Cell Ranger 4.0.0 |
| フィルタリング（QC）方法 | - |
| 遺伝子数 |
SC053 Total genes detected；28,183 Median genes per cell；2,046 SC068 Total genes detected；28,837 Median genes per cell；2,665 SC136 Total genes detected；28,357 Median genes per cell；2,263 SC176 Total genes detected；29,154 Median genes per cell；2,588 SC204 Total genes detected；29,034 Median genes per cell；2,848 SC286 Total genes detected；28,351 Median genes per cell；2,680 |
| Japanese Genotype-phenotype Archive Dataset ID | JGAD000871 |
| 総データ量 | 806.0 GB（fastq）＋514.6 MB（tsv、mtx） |
| コメント（利用にあたっての制限事項） | NBDC policy |
Visium Spatial Gene Expression、病理画像
| 対象 |
腎臓がん（ICD10：C64, N028, N088, N26, E142, N12）：32症例 摘出腎組織の非腫瘍部：32検体 正常腎組織検体：9検体 IgA腎症の所見を呈する検体：6検体 早期の糖尿病にみられる変化を呈する検体：2検体 IgA沈着症の所見を呈する検体：2検体 糸球体肥大症の所見を呈する検体：1検体 腎硬化症の所見を呈する検体：7検体 腎硬化症と糖尿病性腎症の所見を呈する検体：1検体 腎硬化症とIgA沈着症の所見を呈する検体：2検体 糖尿病性腎症の所見を呈する検体：1検体 尿細管間質性腎炎の所見を呈する検体：1検体 |
| 規模 | Visium Spatial Gene Expression、病理画像 |
| 対象領域（Target Captureの場合） | - |
| Platform | Illumina [NextSeq 2000] |
| ライブラリソース | 摘出腎の非腫瘍組織 |
| 検体情報（購入の場合） | - |
| ライブラリ作製方法（キット名） | Visium Spatial for FFPE Gene Expression Kit、Visium Human Transcriptome Probe Kit |
| 断片化の方法 | - |
| ライブラリ構築方法 | Paired-end |
| リード長（除：バーコード、アダプタ、プライマー、リンカー） | Read 1：28bp、Read2：50bp |
| Visiumデータ解析ソフトウェア | Space ranger、Seurat、Loupe |
| リファレンス | refdata-gex-GRCh38-2020-A, Visium_Human_Transcriptome_Probe_Set_v1.0_GRCh38-2020-A.csv |
| 組織画像 | HE染色 |
| Japanese Genotype-phenotype Archive Dataset ID | JGAD000871 |
| 総データ量 | 806.0 GB（fastq、h5、json、png） |
| コメント（利用にあたっての制限事項） | NBDC policy |
提供者情報
研究代表者： 内藤 正吉
所 属 機 関： 北里大学 医学部腎臓内科
プロジェクト/研究グループ名：-
科研費/助成金（Research Project Number）：
| 科研費・助成金名 | タイトル | 研究課題番号 |
|---|---|---|
関連論文
| タイトル | DOI | データID | |
|---|---|---|---|
| 1 | Inflammatory molecules in the glomerular endothelium in mild IgA-Nephropathy identified by single-cell and spatial transcriptome | doi:10.1101/2024.10.30.621002 | JGAD000871 |
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制限公開データの利用者一覧
| 研究代表者 | 所属機関 | 国・州名 | 研究題目 | 利用データID | 利用期間 |
|---|---|---|---|---|---|
