NBDC Research ID: hum0469.v1
研究内容の概要
目的： 胎内サイトメガロウイルス（以下CMV）感染症は、乳幼児に神経学的後遺症を引き起こす最も頻度の高い周産期ウイルス感染症である。妊婦がCMVに初感染した場合、およそ40%の確立で胎盤を通過し、先天性CMV感染が発生する。現在の我国における先天性CMV感染の頻度は全出生児300人当り1人と他の先天性代謝異常よりも多く、その早期対策が望まれているが、未だワクチンは存在せず、妊娠中の感染を明らかにする検査方法・治療法も確立していない。我々は今回、CMV感染に際しての母体の免疫応答に着目し、CMV由来の抗原ペプチドに対して反応するB細胞受容体（以下BCR）やT細胞受容体（以下TCR）のクローナリティについて解析を行うことで、その機能や特徴を解明し、現在行われているCMV母子感染のスクリーニング検査方法の有用性を検討するほか、ワクチンや治療法の開発につなげていくことを目指す。
方法： 末梢血単核球（PBMC）単離後、単一細胞RNA sequence解析を実施した。
対象： 東京大学医学部附属病院にて妊娠初期スクリーニング検査を受けた妊婦
12週ごろ4検体、20週ごろ7検体、28週ごろ1検体、36週ごろ3検体 合計10名15検体
| データID | 内容 | 制限 | 公開日 |
|---|---|---|---|
| JGAS000728 | NGS（scRNA-seq） | 制限公開（Type I） | 2024/08/14 |
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分子データ
| 対象 |
妊娠初期スクリーニング検査を受けた妊婦（ICD10: O35.3）から採取した末梢血単核球：10名15検体 12週と20週ごろのペア：1名（2検体） 12週と36週ごろのペア：1名（2検体） 20週と36週ごろのペア：2名（4検体） 20週と28週ごろのペア：1名（2検体） 12週ごろ：2名（2検体） 20週ごろ：3名（3検体） |
| 規模 | scRNA-seq |
| 対象領域（Target Captureの場合） | - |
| Platform | Illumina [NovaSeq 6000] |
| ライブラリソース | PBMCから単離した抗原特異的T細胞より抽出したRNA |
| 検体情報（購入の場合） | - |
| ライブラリ作製方法（キット名） |
Chromium Next GEM Chip G Single Cell Kit Chromium Next GEM Single Cell 5ʹ Library and Gel Bead Kit v2 Chromium Single Cell V(D)J |
| 断片化の方法 | 上記キットに準拠 |
| ライブラリ構築方法 | Paired-end |
| リード長（除：バーコード、アダプタ、プライマー、リンカー） | 28×90 bp |
| 解析ソフトウェア |
- Cell Ranger v6.1.2 (10x Genomics) with the “multi” option - Python package Scanpy v1.9.3（scRNA-seq解析）、Scirpy v0.13.0（TCR genotyping） |
| リファレンス配列 | GRCh38 |
| フィルタリング（QC）方法 |
以下の条件に該当するデータを除去 - 発現遺伝子数： < 1000、もしくは > 4000 - 総遺伝子発現カウント：< 2000、もしくは > 10,000 - ミトコンドリアの割合：> 10% - TCR fragment genes |
| 解析対象遺伝子数 | 36,601 |
| Japanese Genotype-phenotype Archive Dataset ID | JGAD000861 |
| 総データ量 | 71.5 GB（fastq、csv） |
| コメント（利用にあたっての制限事項） | NBDC policy |
提供者情報
研究代表者：市瀬 茉里
所 属 機 関：東京大学 女性診療科・産科
プロジェクト/研究グループ名：-
科研費/助成金（Research Project Number）：
| 科研費・助成金名 | タイトル | 研究課題番号 |
|---|---|---|
| 公益財団法人 神澤医学研究振興財団 | 抗原特異的Ｔ細胞プロファイリングによる、妊婦におけるサイトメガロ感染症の免疫動態の解明と診断法の開発 | - |
| 科学研究費助成事業 基盤研究（C） | T細胞受容体の抗原エピトープを予測する機械学習システムの開発、検証、及び、応用 | 20K06610 |
関連論文
| タイトル | DOI | データID | |
|---|---|---|---|
| 1 | Multifaceted profiling of virus-specific CD8 T cells reveals distinct immune signatures against cytomegalovirus infection states during pregnancy | JGAD000861 | |
| 2 |
制限公開データの利用者一覧
| 研究代表者 | 所属機関 | 国・州名 | 研究題目 | 利用データID | 利用期間 |
|---|---|---|---|---|---|
