NBDC Research ID: hum0461.v2
研究内容の概要
目的：放射線治療（RT）はがん治療において重要な役割を果たし、患者の約50〜60％に施行される。従来、RTの主な作用機序は致死的なDNA損傷の誘導と考えられてきたが、最近の研究では免疫応答と免疫細胞の死が抗腫瘍効果に寄与することが明らかになっている。RTの単独使用では効果が制限されるため、免疫応答を活性化させるための新たな戦略が求められている。これには、免疫チェックポイント阻害剤（ICIs）をRTと組み合わせる臨床試験が行われているが、その最適な組み合わせに関する情報はほとんど明らかになっていない。本研究では、RT後のがん免疫応答の解析を通じて、免疫細胞の動態や遺伝子発現プロファイルを明らかにし、免疫療法や放射線治療の最適化に貢献することを目的とした。
方法：【scRNA-seq】Illuminaによるsingle cell RNAシークエンス
【Spatial transcriptome seq】Illuminaによる空間トランスクリプトームVisiumシークエンスデータ
【Multiplex fluorescence immunostaining】CODEXシステムによる多重蛍光免疫染色データ
対象：【scRNA-seq】食道扁平上皮がん：5例
【Spatial transcriptome seq】食道扁平上皮がん：2例
【Multiplex fluorescence immunostaining】食道扁平上皮がん：2例
URL：https://www.ncc.go.jp/jp/information/researchtopics/2023/1214/index.html
| データID | 内容 | 制限 | 公開日 |
|---|---|---|---|
| JGAS000712 | 制限公開（Type I） | 2024/05/31 | |
| JGAS000712（データ追加） | Multiplex Fluorescence Immunostaining | 制限公開（Type I） | 2024/11/22 |
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分子データ
| 対象 |
食道扁平上皮がん（ICD10：C153、C154、C155）：5症例11検体 放射線治療前：4検体 放射線治療期間中：3検体 放射線治療直後：2検体 放射線治療後：2検体 |
| 規模 | scRNA-seq |
| 対象領域（Target Captureの場合） | - |
| Platform | Illumina [HiSeq 3000、NovaSeq 6000] |
| ライブラリソース | 腫瘍組織より抽出したRNA |
| 検体情報（購入の場合） | - |
| ライブラリ作製方法（キット名） | Chromium Single Cell 3ʹ Reagent Kits v3、Chromium Single Cell 5' Reagent Kits v1 |
| 断片化の方法 | 酵素反応 |
| ライブラリ構築方法 | Paired-end |
| リード長（除：バーコード、アダプタ、プライマー、リンカー） | 126bp、116bp |
| Japanese Genotype-phenotype Archive Dataset ID | JGAD000845 |
| 総データ量 | 436.8 GB（fastq） |
| コメント（利用にあたっての制限事項） | NBDC policy |
Visium Spatial Gene Expression、病理画像
| 対象 |
食道扁平上皮がん（ICD10：C153、C154、C155）：2症例2検体 放射線治療を実施していない手術切除切片：1症例1検体 放射線治療後外科手術を実施した切除切片：1症例1検体 |
| 規模 | Visium Spatial Gene Expression、病理画像 |
| 対象領域（Target Captureの場合） | - |
| Platform | Illumina [NovaSeq 6000] |
| ライブラリソース | 腫瘍部位を含む組織切片 |
| 検体情報（購入の場合） | - |
| ライブラリ作製方法（キット名） | Visium Spatial Gene Expression Slide & Reagent Kit |
| 断片化の方法 | 酵素反応 |
| ライブラリ構築方法 | Paired-end |
| リード長（除：バーコード、アダプタ、プライマー、リンカー） | 78 bp |
| Visiumデータ解析ソフトウェア | spaceranger-1.3.1 |
| リファレンス | hg38 |
| 組織画像 | HE染色 |
| Japanese Genotype-phenotype Archive Dataset ID | JGAD000845 |
| 総データ量 | 436.8 GB（fastq、png、json、mtx、csv、xlsx、tsv） |
| コメント（利用にあたっての制限事項） | NBDC policy |
Multiplex Fluorescence Immunostaining
| 対象 |
食道扁平上皮がん（ICD10：C153、C154、C155）：2症例2検体 放射線治療を実施していない手術切除切片：1症例1検体 放射線治療後外科手術を実施した切除切片：1症例1検体 |
| 規模 | Multiplex Fluorescence Immunostaining |
| 対象領域（Target Captureの場合） | - |
| Platform | Akoya Biosciences [CODEX] |
| ライブラリソース | 腫瘍部位を含む組織切片 |
| 検体情報（購入の場合） | - |
| 細胞処理方法（キット名） | CODEX Staining Kit |
| Japanese Genotype-phenotype Archive Dataset ID | JGAD000845 |
| 総データ量 | 12.5 GB（qptiff：組織と免疫染色の蛍光画像、txt：蛍光と遺伝子の対応表） |
| コメント（利用にあたっての制限事項） | NBDC policy |
※当該データは、文部科学省科学研究費新学術領域研究（研究領域提案型）『生命科学系３分野支援活動』に採択された「ゲノム科学の総合的推進に向けた大規模ゲノム情報生産・高度情報解析支援」（「ゲノム支援」）、および、文部科学省科学研究費助成事業 学術変革領域研究（学術研究支援基盤形成）に採択された「先進ゲノム解析研究推進プラットフォーム」（「先進ゲノム支援」）による支援を受けました。
提供者情報
研究代表者： 影山 俊一郎
所 属 機 関： 国立がん研究センター東病院 放射線治療科
プロジェクト/研究グループ名： -
科研費/助成金（Research Project Number）：
| 科研費・助成金名 | タイトル | 研究課題番号 |
|---|---|---|
| 科学研究費助成事業 基盤研究（C） | 放射線誘導免疫応答におけるnon-coding RNA pathwayの解析 | 21K07582 |
| 科学研究費助成事業 新学術領域研究 | 先進ゲノム解析研究推進プラットフォーム | 16H06279 |
| 科学研究費助成事業 学術変革領域研究 | 先進ゲノム解析研究推進プラットフォーム | 22H04925 |
関連論文
| タイトル | DOI | データID | |
|---|---|---|---|
| 1 | Comprehensive single-cell analysis demonstrates radiotherapy-induced infiltration of macrophages expressing immunosuppressive genes into tumor in esophageal squamous cell carcinoma | doi: 10.1126/sciadv.adh9069 | JGAD000845 |
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制限公開データの利用者一覧
| 研究代表者 | 所属機関 | 国・州名 | 研究題目 | 利用データID | 利用期間 |
|---|---|---|---|---|---|
