NBDC Research ID: hum0447.v1
研究内容の概要
目的： 難治がん（膵がん、肺がん、大腸がん、卵巣がん、子宮がん、食道がん、乳がん、膀胱がん、腎臓がん、頭頚部がん、骨軟部肉腫、悪性黒色腫）や欧米と比較して本邦に頻度が多いがん（胃がん、肝がん、胆道がん）を対象とし、網羅的かつ探索的なゲノム解析を実施することにより、ゲノム異常とこれらのがんの病態との相関についての全体像を明らかにする。すなわち、本研究のゴールは以下の３点である。 １．多数のがん臨床検体を用いて、そのゲノム異常の詳細を明らかにする 、２．その解析結果を元に、様々な治療に対する反応性や生命予後にかかわる腫瘍の悪性形質（転移、浸潤など）との相関に重点をおいて解析を進め、治療法選択の指標になるなど臨床的に有用な情報を抽出する、３．新しい有効な治療法や有用な診断方法を開発するための基盤構築を行う。
方法： Whole Genome Sequencing 解析
対象： 日本人大腸がん138症例の大腸腫瘍組織（腫瘍検体）と同一症例の血液細胞
| データID | 内容 | 制限 | 公開日 |
|---|---|---|---|
| JGAS000696 | NGS（WGS） | 制限公開（Type I） | 2026/06/09 |
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分子データ
| 対象 |
大腸がん（ICD10：C189）：138症例（内10症例は腫瘍組織のみ） 腫瘍組織：138検体 非腫瘍組織（血液細胞）：128検体 合計：266検体 |
| 規模 | WGS |
| 対象領域（Target Captureの場合） | - |
| Platform | Illumina [NovaSeq 6000] |
| ライブラリソース | 腫瘍組織および非腫瘍組織から抽出したDNA |
| 検体情報（購入の場合） | - |
| ライブラリ作製方法（キット名） | TruSeq DNA PCR-free kit |
| 断片化の方法 | 超音波断片化 |
| ライブラリ構築方法 | Paired-end |
| リード長（除：バーコード、アダプタ、プライマー、リンカー） | 150 bp |
| マッピング方法 | BWA-MEM（version 0.7.8） |
| マッピングクオリティ | マッピング率 平均99.5% |
| マッピングの際のリファレンス配列 | GRCh37/hg19（reference_accession: GCF_000001405.13） |
| 平均カバー率（Depth） | 腫瘍組織：51.4x、非腫瘍組織：38.1x |
| Japanese Genotype-phenotype Archive Dataset ID | JGAD000829 |
| 総データ量 | 28.5 TB （bam） |
| コメント（利用にあたっての制限事項） | NBDC policy |
提供者情報
研究代表者： 柴田 龍弘
所 属 機 関： 国立がん研究センター研究所 がんゲノミクス研究分野
プロジェクト/研究グループ名： -
科研費/助成金（Research Project Number）：
| 科研費・助成金名 | タイトル | 研究課題番号 |
|---|---|---|
| 日本医療研究開発機構（AMED） 革新的がん医療実用化研究事業 | 国際共同研究に資する大規模日本人がんゲノム・オミックス・臨床データ統合解析とゲノム予防・医療推進 | JP25ck0106800 |
関連論文
| タイトル | DOI | データID | |
|---|---|---|---|
| 1 | Prevalence and chronology of colibactin-associated mutational processes and their microbiome spectra in Japanese colorectal cancer | JGAD000829 | |
| 2 |
制限公開データの利用者一覧
| 研究代表者 | 所属機関 | 国・州名 | 研究題目 | 利用データID | 利用期間 |
|---|---|---|---|---|---|
