NBDC Research ID: hum0445.v2
研究内容の概要
目的： ヒト肺がん細胞における変異・欠失・増幅・過メチル化など、体細胞レベルで生じたゲノム異常と遺伝子発現変動を解析し、それらを臨床病理学的情報と対比し検討することで、肺がんの発生・進展の分子機構および特性を遺伝子レベルで明らかにすること。
方法： RNAシークエンス解析、全エクソームシークエンス解析
対象： 肺腺がん362症例、非小細胞肺がん8症例
URL： https://www.ncc.go.jp/jp/ri/division/genome_biology/index.html
| データID | 内容 | 制限 | 公開日 |
|---|---|---|---|
| JGAS000756 | NGS（RNA-seq） | 制限公開（Type I） | 2025/05/19 |
| JGAS000756（データ追加） | NGS（Exome） | 制限公開（Type I） | 2025/11/17 |
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分子データ
| 対象 |
肺腺がん（ICD10：C34.1、C34.2、C34.3）：362症例 腫瘍組織：362検体 非腫瘍組織：8検体 |
| 規模 | RNA-seq |
| 対象領域（Target Captureの場合） | - |
| Platform | Illumina [HiSeq 2500、Genome Analyzer IIx] |
| ライブラリソース | 腫瘍組織および非腫瘍組織から抽出したRNA |
| 検体情報（購入の場合） | - |
| ライブラリ作製方法（キット名） |
TruSeq Stranded mRNA Library Prep Kit mRNA-Seq Sample Prep Kit TruSeq RNA Sample Prep Kit |
| 断片化の方法 | 超音波断片化（Covaris） |
| ライブラリ構築方法 | Paired-end |
| リード長（除：バーコード、アダプタ、プライマー、リンカー） | 75bp、100bp |
| Japanese Genotype-phenotype Archive Dataset ID | JGAD000897 |
| 総データ量 | 2.0 TB（fastq） |
| コメント（利用にあたっての制限事項） | NBDC policy |
| 対象 |
非小細胞肺がん（ICD10：C34.9）：8症例 腫瘍組織と非腫瘍組織（血液または正常肺組織）のペア：15検体 合計30検体 |
| 規模 | Exome |
| 対象領域（Target Captureの場合） | - |
| Platform | Illumina [HiSeq 2500、NovaSeq 6000] |
| ライブラリソース | 腫瘍組織と非腫瘍組織から抽出したDNA |
| 検体情報（購入の場合） | - |
| ライブラリ作製方法（キット名） | SureSelect Human All Exon kit |
| 断片化の方法 | 超音波断片化（Covaris） |
| ライブラリ構築方法 | Paired-end |
| リード長（除：バーコード、アダプタ、プライマー、リンカー） |
HiSeq2500：2 x 75 bp/2 x 100 bp NovaSeq 6000：2 x 150 bp |
| Japanese Genotype-phenotype Archive Dataset ID | JGAD000897 |
| 総データ量 | 1 TB（fastq） |
| コメント（利用にあたっての制限事項） | NBDC policy |
提供者情報
研究代表者：河野 隆志
所 属 機 関：国立がん研究センター研究所 ゲノム生物学研究分野
プロジェクト/研究グループ名：-
URL： https://www.ncc.go.jp/jp/ri/division/genome_biology/index.html
科研費/助成金（Research Project Number）：
| 科研費・助成金名 | タイトル | 研究課題番号 |
|---|---|---|
| 国立研究開発法人 医薬基盤・健康・栄養研究所 保健医療分野における基礎研究推進事業 | 多層的疾患オミックス解析における、ゲノム情報に基づく創薬標的の網羅的探索を目指した研究 | 157974 |
| 厚生労働科学研究費補助金 厚生科学基盤研究分野 | ＲＥＴ融合遺伝子陽性の進行非小細胞肺癌に対する新規治療法の確立に関する研究 | 201409013B |
| 科学研究費助成事業 基盤研究（B） | 肺発がんドライバー変異であるがん遺伝子融合の発生機構の解明 | 26293200 |
関連論文
| タイトル | DOI | データID | |
|---|---|---|---|
| 1 | KIF5B-RET fusions in lung adenocarcinoma | doi: 10.1038/nm.2644 | JGAD000897 |
| 2 | Development of lung adenocarcinomas with exclusive dependence on oncogene fusions | doi:10.1158/0008-5472.CAN-14-3282. | JGAD000897 |
| 3 | Druggable Oncogene Fusions in Invasive Mucinous Lung Adenocarcinoma | doi:10.1158/1078-0432.CCR-14-0107 | JGAD000897 |
| 4 | Development of lung adenocarcinomas with exclusive dependence on oncogene fusions | doi: 10.1158/0008-5472.CAN-14-3282 | JGAD000897 |
| 5 | Passive Smoking-Induced Mutagenesis as a Promoter of Lung Carcinogenesis | doi: 10.1016/j.jtho.2024.02.006 | JGAD000897 |
| 6 | Genomic Profiles of Pathogenic and Moderate-Penetrance Germline Variants Associated With Risk of Early-Onset Lung Adenocarcinoma | doi: 10.1016/j.jtho.2025.06.005 | JGAD000897 |
| 7 | Mutation of CMTR2 in Lung Adenocarcinoma Alters RNA Alternative Splicing and Reveals Therapeutic Vulnerabilities | doi: 10.1038/s41467-025-64821-0 | JGAD000897 |
制限公開データの利用者一覧
| 研究代表者 | 所属機関 | 国・州名 | 研究題目 | 利用データID | 利用期間 |
|---|---|---|---|---|---|
