NBDC Research ID: hum0433.v1
研究内容の概要
目的： ヒト胎盤絨毛細胞に関する研究は、これまで妊娠初期の胎盤組織を用いた数日間の培養（初期培養）や、絨毛がん細胞より得られたさまざまなデータから正常細胞での機能を類推してきた。しかし、初代培養法では培養期間が短いため十分な解析が困難であり、また、絨毛がん細胞では、様々な分子機構が破綻しており、研究結果をそのまま正常絨毛細胞での機能とするには無理がある。本研究では、ヒト胎盤の基礎的研究のモデルとして、ヒト胎盤未分化栄養膜細胞株を樹立し、その細胞特性を明らかにする。
方法： 妊娠初期（妊娠 7~10 週）の人工妊娠中絶術の際に得られた胎盤組織と脱落膜組織、ならびに正常および妊娠高血圧症候群患者の分娩後の胎盤組織と脱落膜組織を回収し、磁気細胞分離法を用いて栄養膜細胞のみを高純度（90%以上）に分離する。分離した細胞に数種類の増殖因子を加え、細胞培養する。また、破棄予定のヒト受精卵（ブラスト胚）よりヒト胎盤幹細胞株（hTSC）を樹立し、細胞増殖特性（細胞増殖能、細胞増加時間の測定、アポトーシス、細胞同期、細胞表面抗原、分泌蛋白、分化能）について解析する。併せて、栄養膜細胞、受精卵から樹立したhTSC、および栄養膜細胞から樹立したhTSCを用いて、RNA-seqやエピゲノム（ヒストン修飾、転写因子結合、クロマチン立体構造）解析を実施する。
対象： 人工妊娠中絶術後の初期胎盤および破棄予定の受精卵、正常および妊娠高血圧症候群患者の分娩後の胎盤
| データID | 内容 | 制限 | 公開日 |
|---|---|---|---|
| JGAS000659 | NGS（RNA-seq、ChIP-seq、Hi-C） | 制限公開（Type I） | 2024/09/25 |
| E-GEAD-665 | NGS（RNA-seq、ChIP-seq、Hi-C） | 非制限公開 | 2024/09/25 |
| JGAS000660 | NGS（RNA-seq） | 制限公開（Type I） | 2024/09/25 |
| E-GEAD-667 | NGS（RNA-seq） | 非制限公開 | 2024/09/25 |
| JGAS000667 | NGS（RNA-seq、small RNA-seq、CUT&TAG-seq、Methyl-seq） | 制限公開（Type I） | 2024/09/25 |
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分子データ
RNA-seq（JGAS000659 / E-GEAD-665）
| 対象 |
人工妊娠中絶（ICD10：O049）術後の初期胎盤と脱落膜組織から樹立したヒト胎盤幹細胞株：1検体 受精卵から樹立したヒト胎盤幹細胞株：1検体 |
| 規模 | RNA-seq |
| 対象領域（Target Captureの場合） | - |
| Platform | Illumina [NovaSeq 6000] |
| ライブラリソース | ヒト胎盤幹細胞株より抽出したRNA |
| 検体情報（購入の場合） | - |
| ライブラリ作製方法（キット名） | NEBNext UltraII Directional RNA Library Prep Kit |
| 断片化の方法 | 上記キットに準拠 |
| ライブラリ構築方法 | Paired-end |
| リード長（除：バーコード、アダプタ、プライマー、リンカー） | 150 bp |
| Japanese Genotype-phenotype Archive Dataset ID | JGAD000789 |
| Genomic Expression Archive ID | E-GEAD-665 |
| 総データ量 |
JGAD000789：337 GB（fastq） E-GEAD-665：70.7 MB（txt） |
| コメント（利用にあたっての制限事項） | NBDC policy |
| 対象 |
人工妊娠中絶（ICD10：O049）術後の初期胎盤と脱落膜組織から樹立したヒト胎盤幹細胞株：1検体 受精卵から樹立したヒト胎盤幹細胞株：1検体 |
| 規模 | ChIP-seq |
| 対象領域（Target Captureの場合） | - |
| Platform | Illumina [NovaSeq 6000、HiSeq 2500] |
| ライブラリソース | ヒト胎盤幹細胞株より抽出したDNA |
| 検体情報（購入の場合） | - |
| ライブラリ作製方法（キット名） | NEBNext Ultra II DNA Library Prep Kit for Illumina |
| 断片化の方法 | 超音波断片化 |
| ライブラリ構築方法 | Paired-end／Single-end |
| リード長（除：バーコード、アダプタ、プライマー、リンカー） | 150 bp |
| Japanese Genotype-phenotype Archive Dataset ID | JGAD000789 |
| Genomic Expression Archive ID | E-GEAD-665 |
| 総データ量 |
JGAD000789：337 GB（fastq） E-GEAD-665：3.05 GB（bigwig） |
| コメント（利用にあたっての制限事項） | NBDC policy |
| 対象 | 人工妊娠中絶（ICD10：O049）術後の初期胎盤と脱落膜組織から樹立したヒト胎盤幹細胞株：1検体 |
| 規模 | Hi-C |
| 対象領域（Target Captureの場合） | - |
| Platform | Illumina [NovaSeq 6000] |
| ライブラリソース | ヒト胎盤幹細胞株より抽出したDNA |
| 検体情報（購入の場合） | - |
| ライブラリ作製方法（キット名） | KAPA Hyper Prep Kit |
| 断片化の方法 | 超音波断片化 |
| ライブラリ構築方法 | Paired-end |
| リード長（除：バーコード、アダプタ、プライマー、リンカー） | 150 bp |
| Japanese Genotype-phenotype Archive Dataset ID | JGAD000789 |
| Genomic Expression Archive ID | E-GEAD-665 |
| 総データ量 |
JGAD000789：337 GB（fastq） E-GEAD-665：19.6 MB（bedpe） |
| コメント（利用にあたっての制限事項） | NBDC policy |
RNA-seq（JGAS000660 / E-GEAD-667）
| 対象 |
妊娠高血圧症候群（ICD10：O149）：10症例26検体（分娩後の胎盤と脱落膜組織から樹立したヒト胎盤幹細胞株） 3症例：各3検体（細胞性栄養膜細胞、絨毛外栄養膜細胞、合胞体栄養膜細胞） 7症例：各1検体（合胞体栄養膜細胞） 10症例：各1検体（低酸素曝露後のヒト胎盤幹細胞株） 正常妊娠：11名28検体（分娩後の胎盤と脱落膜組織から樹立したヒト胎盤幹細胞株） 3名：各3検体（細胞性栄養膜細胞、絨毛外栄養膜細胞、合胞体栄養膜細胞） 8名：各1検体（合胞体栄養膜細胞） 11症例：各1検体（低酸素曝露後のヒト胎盤幹細胞株） |
| 規模 | RNA-seq |
| 対象領域（Target Captureの場合） | - |
| Platform | Illumina [NovaSeq 6000] |
| ライブラリソース | ヒト胎盤幹細胞株および栄養膜細胞より抽出したRNA |
| 検体情報（購入の場合） | - |
| ライブラリ作製方法（キット名） | NEBNext UltraII Directional RNA Library Prep Kit |
| 断片化の方法 | 上記キットに準拠 |
| ライブラリ構築方法 | Paired-end |
| リード長（除：バーコード、アダプタ、プライマー、リンカー） | 150 bp |
| Japanese Genotype-phenotype Archive Dataset ID | JGAD000790 |
| Genomic Expression Archive ID | E-GEAD-667 |
| 総データ量 |
JGAD000790：106.3 GB（fastq） E-GEAD-667：64.7 MB（txt） |
| コメント（利用にあたっての制限事項） | NBDC policy |
| 対象 |
妊娠高血圧症候群（ICD10：O149）：6症例6検体（分娩後の胎盤と脱落膜組織から分離した栄養膜細胞） 正常妊娠：3名3検体（分娩後の胎盤と脱落膜組織から分離した栄養膜細胞） |
| 規模 | RNA-seq |
| 対象領域（Target Captureの場合） | - |
| Platform | Illumina [NovaSeq 6000、HiSeq 2500] |
| ライブラリソース | 栄養膜細胞より抽出したRNA |
| 検体情報（購入の場合） | - |
| ライブラリ作製方法（キット名） | SMART-Seq v4 Ultra Low Input RNA Kit for Sequencing、Nextera XT DNA Library Prep Kit |
| 断片化の方法 | Nextera XT DNA Library Prep Kit のプロトコルに準拠 |
| ライブラリ構築方法 | Paired-end |
| リード長（除：バーコード、アダプタ、プライマー、リンカー） | 101 bp |
| Japanese Genotype-phenotype Archive Dataset ID | JGAD000797 |
| 総データ量 | 621.7 GB（fastq） |
| コメント（利用にあたっての制限事項） | NBDC policy |
| 対象 |
妊娠高血圧症候群（ICD10：O149）：6症例6検体（分娩後の胎盤と脱落膜組織から分離した栄養膜細胞） 正常妊娠：3名3検体（分娩後の胎盤と脱落膜組織から分離した栄養膜細胞） 妊娠高血圧症候群の分娩後の胎盤と脱落膜組織から樹立したヒト胎盤幹細胞株：3検体 |
| 規模 | small RNA-seq |
| 対象領域（Target Captureの場合） | - |
| Platform | Illumina [NovaSeq 6000] |
| ライブラリソース | 栄養膜細胞およびヒト胎盤幹細胞株より抽出したRNA |
| 検体情報（購入の場合） | - |
| ライブラリ作製方法（キット名） | SMARTer smRNA-Seq Kit for Illumina |
| 断片化の方法 | - |
| ライブラリ構築方法 | Single-end |
| リード長（除：バーコード、アダプタ、プライマー、リンカー） | 150 bp |
| Japanese Genotype-phenotype Archive Dataset ID | JGAD000797 |
| 総データ量 | 621.7 GB（fastq） |
| コメント（利用にあたっての制限事項） | NBDC policy |
| 対象 |
妊娠高血圧症候群（ICD10：O149）：6症例36検体（分娩後の胎盤と脱落膜組織から分離した栄養膜細胞、6抗体ずつ） 正常妊娠：3名18検体（分娩後の胎盤と脱落膜組織から分離した栄養膜細胞、6抗体ずつ） |
| 規模 | CUT&TAG-seq |
| 対象領域（Target Captureの場合） | - |
| Platform | Illumina [HiSeq 2500] |
| ライブラリソース | 栄養膜細胞を抗ヒストン抗体（K4me1、K4me3、K27ac、K36me3、K27m3、K9me3）およびpAG-Tn5 transposaseとインキュベーション後得られたDNA断片 |
| 検体情報（購入の場合） | - |
| ライブラリ作製方法（キット名） | - |
| 断片化の方法 | Tn5 transposase |
| ライブラリ構築方法 | Paired-end |
| リード長（除：バーコード、アダプタ、プライマー、リンカー） | 26 bp |
| Japanese Genotype-phenotype Archive Dataset ID | JGAD000797 |
| 総データ量 | 621.7 GB（fastq） |
| コメント（利用にあたっての制限事項） | NBDC policy |
| 対象 |
妊娠高血圧症候群（ICD10：O149）：3症例3検体（分娩後の胎盤と脱落膜組織から分離した栄養膜細胞） 正常妊娠の分娩後の胎盤と脱落膜組織から樹立したヒト胎盤幹細胞株：2検体 妊娠高血圧症候群の分娩後の胎盤と脱落膜組織から樹立したヒト胎盤幹細胞株：3検体 |
| 規模 | Methyl-seq |
| 対象領域（Target Captureの場合） | - |
| Platform | Illumina [NovaSeq 6000] |
| ライブラリソース | 栄養膜細胞およびヒト胎盤幹細胞株より抽出したDNA |
| 検体情報（購入の場合） | - |
| ライブラリ作製方法（キット名） | Accel-NGS Methyl-Seq DNA Library Kit |
| 断片化の方法 | Bisulfite変換に伴うDNA切断（EZ DNA Methylation-Gold Kit） |
| ライブラリ構築方法 | Paired-end |
| リード長（除：バーコード、アダプタ、プライマー、リンカー） | 150 bp |
| Japanese Genotype-phenotype Archive Dataset ID | JGAD000797 |
| 総データ量 | 621.7 GB（fastq） |
| コメント（利用にあたっての制限事項） | NBDC policy |
提供者情報
研究代表者： 小林 枝里
所 属 機 関： 東北大学大学院 医学系研究科 環境遺伝医学総合研究センター（情報遺伝学分野）
プロジェクト/研究グループ名： -
URL: http://www.info-genet.med.tohoku.ac.jp/
科研費/助成金（Research Project Number）：
| 科研費・助成金名 | タイトル | 研究課題番号 |
|---|---|---|
| 日本医療研究開発機構（AMED） 革新的先端研究開発支援事業 | ヒト胎盤の発生・分化に関する理解と臓器チップモデルの作製 | JP19gm1310001 |
関連論文
| タイトル | DOI | データID | |
|---|---|---|---|
| 1 | Derivation of Human Trophoblast Stem Cells | doi: 10.1016/j.stem.2017.11.004 |
JGAD000789 JGAD000790 JGAD000797 E-GEAD-665 E-GEAD-667 |
| 2 | CRISPR screening in human trophoblast stem cells reveals both shared and distinct aspects of human and mouse placental development | doi: 10.1073/pnas.2311372120 |
JGAD000789 E-GEAD-665 |
制限公開データの利用者一覧
| 研究代表者 | 所属機関 | 国・州名 | 研究題目 | 利用データID | 利用期間 |
|---|---|---|---|---|---|
