NBDC Research ID: hum0403.v1
研究内容の概要
目的： 泌尿器がん症例から採取された腫瘍組織と遊離核酸を用い、遺伝子変異およびmicro RNA発現を評価し、新たなバイオマーカーの同定を前向き研究として行うこと。
方法： 抽出した血漿のセルフリーDNAの濃度は、Qubit fluorometer（Thermo Fisher Scientific, Waltham, MA, USA）を用いて評し、AVENIO ctDNA Expanded Kit（Roche Diagnostics, Basel, Switzerland）を用いて循環腫瘍DNA解析を行った。
対象： 転移性尿路上皮がん16症例から採取した免疫チェックポイント阻害剤投与前の血漿16検体と投与後の血漿9検体（計25検体）
| データID | 内容 | 制限 | 公開日 |
|---|---|---|---|
| JGAS000622 | NGS（Target Capture） | 制限公開（Type I） | 2023/07/27 |
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分子データ
| 対象 |
転移性尿路上皮がん（ICD10：C65、C66、C67.9）：16症例 免疫チェックポイント阻害剤投与前の血漿：16検体 免疫チェックポイント阻害剤投与後の血漿：9検体 |
| 規模 | Target Capture |
| 対象領域（Target Captureの場合） | 77遺伝子 |
| Platform | Illumina [NextSeq 500] |
| ライブラリソース | 血漿のセルフリーDNA |
| 検体情報（購入の場合） | - |
| ライブラリ作製方法（キット名） | AVENIO ctDNA Expanded Kit |
| 断片化の方法 | - |
| ライブラリ構築方法 | Paired-end |
| リード長（除：バーコード、アダプタ、プライマー、リンカー） | 151bp x 2 |
| マッピング方法 | AVENIO ctDNA Analysis Software Version 2.0.0 |
| マッピングクオリティ | 99.99997595 |
| マッピングの際のリファレンス配列 | hg38 |
| 平均カバー率（Depth） | 7243 |
| Japanese Genotype-phenotype Archive Dataset ID | JGAD000751 |
| 総データ量 | 40.8 GB （bam） |
| コメント（利用にあたっての制限事項） | NBDC policy |
提供者情報
研究代表者： 濱田 和希
所 属 機 関： 筑波大学附属病院 腎泌尿器外科
プロジェクト/研究グループ名：-
科研費/助成金（Research Project Number）：
| 科研費・助成金名 | タイトル | 研究課題番号 |
|---|---|---|
| 科学研究費助成事業 基盤研究（C） | 泌尿器癌における全血RNAを用いた免疫細胞の多様性の理解と治療効果予測への応用 | 21K09365 |
関連論文
| タイトル | DOI | データID | |
|---|---|---|---|
| 1 | Variant allele frequency changes in TP53 predict pembrolizumab response in patients with metastatic urothelial carcinoma. | doi: 10.3892/ol.2023.13975 | JGAD000751 |
| 2 |
制限公開データの利用者一覧
| 研究代表者 | 所属機関 | 国・州名 | 研究題目 | 利用データID | 利用期間 |
|---|---|---|---|---|---|
