NBDC Research ID: hum0399.v1
研究内容の概要
目的： 乳がんのリンパ節転移が免疫細胞に与える影響を遺伝子発現レベルで明らかにする
方法： 10x Visiumによる空間トランスクリプトーム解析
対象： 転移リンパ節を有する乳がん2症例の非転移リンパ節と転移リンパ節（計4検体）
| データID | 内容 | 制限 | 公開日 |
|---|---|---|---|
| JGAS000616 | NGS（Visium Spatial Gene Expression）、病理画像 | 制限公開（Type I） | 2024/06/12 |
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分子データ
| 対象 |
転移リンパ節を有する乳がん（ICD10：C509）：2症例 非転移リンパ節：2検体、転移リンパ節：2検体、計4検体 |
| 規模 | Visium Spatial Gene Expression、病理画像 |
| 対象領域（Target Captureの場合） | - |
| Platform | Illumina [NovaSeq6000] |
| ライブラリソース | リンパ節組織より抽出したRNA |
| 検体情報（購入の場合） | - |
| ライブラリ作製方法（キット名） | Visium CytAssist Spatial Gene Expression for FFPE, Human Transcriptome |
| 断片化の方法 | 酵素反応 |
| ライブラリ構築方法 | Paired-end |
| リード長（除：バーコード、アダプタ、プライマー、リンカー） | |
| Visiumデータ解析ソフトウェア | Space Ranger v2.0.0 |
| リファレンス | GRCh38-2020-A |
| 組織画像 | HE染色 |
| Japanese Genotype-phenotype Archive Dataset ID | JGAD000745 |
| 総データ量 | 65.8 GB（fastq、png、json、csv、tiff、tsv、mtx、cloupe、html） |
| コメント（利用にあたっての制限事項） | NBDC policy |
※当該データは、文部科学省科学研究費新学術領域研究（研究領域提案型）『生命科学系３分野支援活動』に採択された「ゲノム科学の総合的推進に向けた大規模ゲノム情報生産・高度情報解析支援」（「ゲノム支援」）による支援を受けました。
提供者情報
研究代表者： 河岡 慎平
所 属 機 関： 京都大学 医生物学研究所
科研費/助成金（Research Project Number）：
| 科研費・助成金名 | タイトル | 研究課題番号 |
|---|---|---|
| 科学研究費助成事業 新学術領域研究 | 先進ゲノム解析研究推進プラットフォーム | 16H06279 |
関連論文
| タイトル | DOI | データID | |
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制限公開データの利用者一覧
| 研究代表者 | 所属機関 | 国・州名 | 研究題目 | 利用データID | 利用期間 |
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