NBDC Research ID: hum0384.v2
研究内容の概要
目的： 造血器腫瘍の腫瘍細胞のゲノム・エピゲノム・遺伝子発現解析を行い、腫瘍特異的な遺伝子・エピゲノム・遺伝子発現異常を明らかにすることで、治療標的になりうるか検討する。具体的には、in vitroでの阻害剤投与による抗腫瘍効果の解析や、腫瘍細胞を免疫不全マウスに移植したxenograftモデルを確立し、治療標的の候補となった分子の阻害剤を投与する事でin vivo治療モデルを構築する。最終的には、造血器腫瘍の新規治療薬開発や予後向上に貢献する事を目指す。
方法： 造血器腫瘍の確定診断のため採取した骨髄穿刺液の一部を用いる。Ficoll処理により単核球を抽出し、正常細胞の混入を出来るだけ避けるために、MACSビーズもしくはFACS sorterを用いて腫瘍細胞をsortingする。これらの細胞を用いて、遺伝子変異情報を得るために、主要な変異遺伝子のtarget deep sequencingを行うとともに、RNAシークエンスによる遺伝子発現プロファイル解析、およびクロマチン状態と転写制御ネットワークの解析を行うため ATAC-seq によるオープンクロマチン領域の解析を行う。
対象： 共同研究機関（都立駒込病院、文京学院大学、千葉大学附属病院）にて収集した急性骨髄芽球性白血病症例ならびに骨髄異形成症候群症例、および Lonza にて購入した正常細胞
| データID | 内容 | 制限 | 公開日 |
|---|---|---|---|
| JGAS000603 | NGS（RNA-seq、Target Capture） | 制限公開（Type I） | 2024/06/19 |
| JGAS000718 | NGS（RNA-seq、ATAC-seq） | 制限公開（Type I） | 2024/06/19 |
| JGAS000718（データ追加） | NGS（RNA-seq、ATAC-seq） | 制限公開（Type I） | 2025/07/01 |
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分子データ
| 対象 |
【JGAS000603】 急性骨髄芽球性白血病（ICD10：C92.0）：4症例 骨髄異形成症候群（ICD10：D46）：30症例 Lonzaから購入した正常細胞：4検体 【JGAS000718】 急性骨髄芽球性白血病（ICD10：C92.0）：4症例 Lonzaから購入した正常細胞：2検体 |
| 規模 | RNA-seq |
| 対象領域（Target Captureの場合） | - |
| Platform | Illumina [HiSeq 1500/2500] |
| ライブラリソース | 腫瘍細胞または正常細胞から抽出したRNA |
| 検体情報（購入の場合） | LONZA 2M-101A、2M-101C：骨髄 CD34+前駆細胞 |
| ライブラリ作製方法（キット名） | SMARTer Ultra Low Input RNA Kit for Sequencing、NEBNext Ultra DNA Library Prep Kit |
| 断片化の方法 | 超音波断片化 |
| ライブラリ構築方法 | Single-end |
| リード長（除：バーコード、アダプタ、プライマー、リンカー） | 60 bp |
| Japanese Genotype-phenotype Archive Dataset ID | |
| 総データ量 |
JGAD000732：79.6 GB（fastq） JGAD000851：179.5＋21.0 GB（fastq） |
| コメント（利用にあたっての制限事項） | NBDC policy |
| 対象 |
急性骨髄芽球性白血病（ICD10：C92.0）：4症例 骨髄異形成症候群（ICD10：D46）：30症例 |
| 規模 | Target Capture |
| 対象領域（Target Captureの場合） | QIAseq DHS-003Z：Human Myeloid Neoplasms Panel |
| Platform | Illumina [MiSeq] |
| ライブラリソース | 腫瘍細胞から抽出したDNA |
| 検体情報（購入の場合） | - |
| ライブラリ作製方法（キット名） | QIAseq Targeted DNA Panels |
| 断片化の方法 | 酵素反応 |
| ライブラリ構築方法 | Paired-end |
| リード長（除：バーコード、アダプタ、プライマー、リンカー） | 151 bp |
| Japanese Genotype-phenotype Archive Dataset ID | JGAD000732 |
| 総データ量 | 79.6 GB（fastq） |
| コメント（利用にあたっての制限事項） | NBDC policy |
| 対象 |
急性骨髄芽球性白血病（ICD10：C92.0）：4＋4症例 骨髄異形成症候群（ICD10：D46）：30症例 Lonzaから購入した正常細胞：6検体 |
| 規模 | ATAC-seq |
| 対象領域（Target Captureの場合） | - |
| Platform | Illumina [HiSeq 1500] |
| ライブラリソース | 腫瘍細胞または正常細胞から抽出したDNA |
| 検体情報（購入の場合） | LONZA 2M-101A、2M-101C：骨髄 CD34+前駆細胞 |
| ライブラリ作製方法（キット名） | NEBNext Ultra DNA Library Prep Kit |
| 断片化の方法 | Tn5トランスポゼース |
| ライブラリ構築方法 | Single-end |
| リード長（除：バーコード、アダプタ、プライマー、リンカー） | 60 bp |
| Japanese Genotype-phenotype Archive Dataset ID | JGAD000851 |
| 総データ量 | 179.5＋21.0 GB（fastq） |
| コメント（利用にあたっての制限事項） | NBDC policy |
提供者情報
研究代表者： 岩間 厚志
所 属 機 関： 東京大学 医科学研究所 幹細胞治療研究センター 幹細胞分子医学分野
プロジェクト/研究グループ名：-
科研費/助成金（Research Project Number）：
| 科研費・助成金名 | タイトル | 研究課題番号 |
|---|---|---|
| 科学研究費助成事業 基盤研究（C） | MDS病態の分子基盤の解明と新規予後予測システムの構築 | 21K08366 |
| 科学研究費助成事業 基盤研究（C） | クロマチン特性解析によるMDS分子病態の解明 | 24K11554 |
関連論文
| タイトル | DOI | データID | |
|---|---|---|---|
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制限公開データの利用者一覧
| 研究代表者 | 所属機関 | 国・州名 | 研究題目 | 利用データID | 利用期間 |
|---|---|---|---|---|---|
