NBDC Research ID: hum0376.v2

研究内容の概要

目的： 治療法の開発に資する研究リソースとして、臨床検体からゼノグラフト株・培養細胞株を樹立すること。ならびに、樹立方法を開発すること。

方法： 子宮内膜がん症例の腫瘍細胞および腫瘍細胞から樹立したゼノグラフト株から抽出したDNAを用いたNCCオンコパネル v4を用いて114遺伝子の変異および12遺伝子の増幅と融合の有無を解析した。

対象： 子宮内膜がん2＋4症例の腫瘍組織とゼノグラフト株から各1検体ずつ

データID	内容	制限	公開日
JGAS000585	NGS（Target Capture）	制限公開（Type I）	2022/12/27
JGAS000585（データ追加）	NGS（Target Capture）	制限公開（Type I）	2023/03/28

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分子データ


対象	子宮内膜がん（ICD10：C54.1）：2＋4症例腫瘍組織：各1検体腫瘍組織を用いて樹立したゼノグラフト株：各1検体
規模	Target Capture
対象領域（Target Captureの場合）	NCC Oncopanel v4 https://www.ncc.go.jp/jp/information/pr_release/2019/0529/index.html
Platform	Illumina [NextSeq 500]
ライブラリソース	腫瘍組織および腫瘍組織から樹立したゼノグラフト株から抽出したDNA
検体情報（購入の場合）	-
ライブラリ作製方法（キット名）	SureSelect XT Reagents＋KAPA Hyper Prep Kit
断片化の方法	超音波断片化（Covaris）
ライブラリ構築方法	Paired-end
リード長（除：バーコード、アダプタ、プライマー、リンカー）	150 bp
マッピング方法	WA-MEM
マッピングクオリティ	0以上
マッピングの際のリファレンス配列	hg19
平均カバー率（Depth）	1240.7（UXE009T-Fr2）、1119.6（UXE009T2P8-Fr2）、1496.7（UXE010T-Fr2）、1225.0（UXE010T3P8-Fr2）、2039.1（UXE001T-Fr1）、1952.7（UXE001P8-Fr1）、2180.5（UXE004T-Fr1）、2518.6（UXE004P8-Fr1）、2141.6（UXE005T-Fr1）、1830.4（UXE005P8-Fr1）、2337.9（UXE008T-Fr1）、2155.6（UXE008P8-Fr1）
Japanese Genotype-phenotype Archive Dataset ID	JGAD000712
総データ量	4.5＋16.9 GB（bam）
コメント（利用にあたっての制限事項）	NBDC policy

研究代表者： 今井俊夫

所属機関： 国立がん研究センター研究所がんモデル開発部門

プロジェクト/研究グループ名： -

URL: https://www.ncc.go.jp/jp/ri/department/cancer_model_development/index.html

科研費/助成金（Research Project Number）：

科研費・助成金名	タイトル	研究課題番号
国立がん研究センター研究開発費	FIOCのコアファシリティ機能とバイオリソースの進化・結合によるTR・創薬研究推進	2020J-002

	タイトル	DOI	データID
1	Alteration in molecular properties during establishment and passages in endometrial carcinoma patient-derived xenografts.	doi: 10.1038/s41598-023-35703-6	JGAD000712
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研究代表者	所属機関	国・州名	研究題目	利用データID	利用期間