NBDC Research ID: hum0365.v1
研究内容の概要
目的： 糖尿病は高齢者における主要な疾患であり、心筋梗塞・脳卒中のリスクが増大することにより日本人の健康寿命を短縮する原因となっている。最近、肥満や2型糖尿病といった生活習慣病と腸内細菌との関連が動物やヒトで報告されている。そこで本研究では、東京大学検診センターの受診者から血液、便、唾液を採取し、次世代シーケンサーによりメタゲノム解析を行い、腸内細菌叢やその遺伝子構成の特徴を明らかにする。更に、メタボローム解析や血液を用いたトランスクリプトーム解析を行い、宿主代謝物や遺伝子発現の変化を明らかにする。これら包括的オミクス解析から得られた宿主および細菌由来情報と、検診項目に含まれる代謝パラメーターを比較することで、腸内細菌が肥満・2型糖尿病・メタボリックシンドロームといった生活習慣病の予測因子になりうるかについて検討する。
方法： 東京大学検診センター人間ドックの受診者の末梢血単核細胞を分離後、抽出したRNAを用いたCAGE-seq解析
対象： 東京大学検診センター人間ドックの受診者298名（健常者103名、肥満者98名、耐糖能異常者97名）
| データID | 内容 | 制限 | 公開日 |
|---|---|---|---|
| JGAS000569 | NGS（CAGE-seq） | 制限公開（Type I） | 2023/06/09 |
※リリース情報はこちら
※制限公開データの利用にあたっては、利用申請が必要です。申請方法はこちら。
分子データ
| 対象 |
健常者：103名 肥満症（ICD10：E669）：98症例 耐糖能異常（ICD10：E11、R730）：97症例 |
| 規模 | CAGE-seq |
| 対象領域（Target Captureの場合） | - |
| Platform | Illumina [Hiseq 2500] |
| ライブラリソース | 末梢血単核球より抽出したRNA |
| 検体情報（購入の場合） | - |
| ライブラリ作製方法（キット名） | dual index nanoCAGE protocolに従い作製（Salimulla et al. 2011, Cold Spring Harbor Protocols） |
| 断片化の方法 | - |
| ライブラリ構築方法 | Paired-end |
| リード長（除：バーコード、アダプタ、プライマー、リンカー） | 50 bp |
| マッピング方法 | BWA version 0.5.9 |
| マッピングクオリティ | rDNAと低クオリティリードはMOIRAI pipelineを用いて除去（Hasegawa et al., BMC Bioinformatics 2014） |
| マッピングの際のリファレンス配列 | hg38 |
| 平均カバー率（Depth） | - |
| Japanese Genotype-phenotype Archive Dataset ID | JGAD000695 |
| 総データ量 | 457.2 GB（bam） |
| コメント（利用にあたっての制限事項） | NBDC policy |
提供者情報
研究代表者： 大野 博司
所 属 機 関： 理化学研究所 生命医科学研究センター 粘膜システム研究チーム
プロジェクト/研究グループ名： -
科研費/助成金（Research Project Number）：
| 科研費・助成金名 | タイトル | 研究課題番号 |
|---|---|---|
| 神奈川県立産業技術総合研究所 | 腸内細菌叢プロジェクト | - |
| 小野医学研究財団研究奨励助成 | 2型糖尿病の肝臓におけるpathogenic paradoxの解明 -肝臓特異的IRS-1･IRS-2欠損マウスを用いて- | - |
関連論文
| タイトル | DOI | データID | |
|---|---|---|---|
| 1 | Gut microbial carbohydrate metabolism contributes to insulin resistance | doi: 10.1038/s41586-023-06466-x | JGAD000695 |
| 2 |
制限公開データの利用者一覧
| 研究代表者 | 所属機関 | 国・州名 | 研究題目 | 利用データID | 利用期間 |
|---|---|---|---|---|---|
