NBDC Research ID: hum0362.v1
研究内容の概要
目的： 本研究では、①ドライバー変異の同定や遺伝子プロファイリングによる分類、治療効果を予測するバイオマーカーや再発・転移時のゲノムの変化の評価、②非腫瘍組織の薬物動態や薬理、家族性腫瘍に関連する遺伝子変異の解析、ならびに、生殖細胞系列遺伝子プロファイリングと臨床情報との関連解析を行うことによる治療効果および毒性を予測するバイオマーカーの同定、③血漿由来遊離DNAを用いた“Clinical Liquid Sequencing”と組織生検等を用いた”Clinical Sequencing”を比較することによる“Clinical Liquid Sequencing”の有用性の検討、④胸腺腫瘍の免疫細胞のプロファイリングや胸腺腫瘍と自己免疫疾患の関係性に関する検討、を目的とする。
方法： RNA-seq解析
対象： 胸腺腫98症例（胸腺腫97検体、正常胸腺1検体）
| データID | 内容 | 制限 | 公開日 |
|---|---|---|---|
| JGAS000552 | NGS（RNA-seq） | 制限公開（Type I） | 2025/04/01 |
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分子データ
| 対象 |
胸腺腫（ICD10：C37）：98症例 腫瘍組織：97検体、正常胸腺：1検体 |
| 規模 | RNA-seq |
| 対象領域（Target Captureの場合） | - |
| Platform | Illumina [NovaSeq 6000] |
| ライブラリソース | 凍結腫瘍組織から抽出したRNA |
| 検体情報（購入の場合） | - |
| ライブラリ作製方法（キット名） | TruSeq Stranded Total RNA Library Prep Gold Kit |
| 断片化の方法 | 熱処理 |
| ライブラリ構築方法 | Paired-end |
| リード長（除：バーコード、アダプタ、プライマー、リンカー） | 100bp x 2 |
| Japanese Genotype-phenotype Archive Dataset ID | JGAD000672 |
| 総データ量 | 249.2 GB（fastq） |
| コメント（利用にあたっての制限事項） | NBDC policy |
提供者情報
研究代表者：谷内田 真一
所 属 機 関：大阪大学大学院医学系研究科 ゲノム生物学講座 がんゲノム情報学
プロジェクト/研究グループ名：肺腫瘍、胸腺腫瘍患者の臨床検体（組織や血液など）を用いたゲノムプロファイリングに関する研究
科研費/助成金（Research Project Number）：
| 科研費・助成金名 | タイトル | 研究課題番号 |
|---|---|---|
| 科学研究費助成事業 基盤研究（B） | 家族性大腸腺腫症を対象にしたメタゲノム解析とそれに基づく大腸癌発症進展機構の解明 | JP20H033620 |
| 日本医療研究開発機構（AMED） 革新的がん医療実用化研究事業 | 大腸癌ハイリスク患者の癌発症に関わる腸内環境変動の解明とそれに基づく大腸癌個別化予防法の開発に関する研究 | JP21ck0106546 |
| 日本医療研究開発機構（AMED） 次世代がん医療創生研究事業 | 腸内細菌解析による抗悪性腫瘍剤の有害作用発現予測に関する研究開発 | JP21cm0106477 |
| 日本医療研究開発機構（AMED） 地球規模保健課題解決推進のための研究事業 | 日米医学協力計画を基軸とした感染関連がんに関する疾患研究 | JP20jk0210009 |
| 日本医療研究開発機構（AMED） 次世代がん医療加速化研究事業 | 腸内環境解析による若年発症大腸癌の易罹患性・早期診断バイオマーカーの開発 | JP22ama221404 |
| 日本医療研究開発機構（AMED） 革新的がん医療実用化研究事業 | オールジャパン体制による食道がん等消化器難治がんの全ゲノム配列データ及び臨床情報の収集・解析と創薬開発・全ゲノム医療基盤構築 | JP22ck0106690 |
| 日本医療研究開発機構（AMED） 革新的がん医療実用化研究事業 | 肉腫・脳腫瘍などの希少がんを対象としたゲノム解析による予防法・診断法・治療法の開発 | JP21ck0106693 |
| 日本医療研究開発機構（AMED） 革新的がん医療実用化研究事業 | 肉腫・脳腫瘍などの希少がんを対象としたゲノム解析による予防法・診断法・治療法の開発 | JP24ck0106877 |
| 日本医療研究開発機構（AMED） 革新的がん医療実用化研究事業 | 全ゲノム情報等の高精度かつ迅速な患者還元および新たな創薬等の創出を通じた高度化がんプレシジョン医療の実践 | JP24ck0106872 |
| 国立がん研究センター がん研究開発費 | - | 2023-A-06 |
| 国立高度専門医療研究センター医療研究連携推進本部横断的研究推進費 | - | JH2022-B-01 |
| 大阪大学先導的学際研究機構 生命医科学融合フロンティア研究部門 | - | - |
| 東京大学医科学研究所共同研究 | - | - |
| 武田科学振興財団 | - | - |
| 安田記念医学財団 | - | - |
| 三菱財団 | - | - |
| 高松宮妃癌研究基金 | - | - |
| タカラバイオ株式会社 | - | - |
関連論文
| タイトル | DOI | データID | |
|---|---|---|---|
| 1 | Characterizing the Tumor Immune Environment in Thymic Epithelial Tumors Using T-cell Receptor Repertoire Analysis and Gene Expression Profiling | doi: 10.1016/j.xjon.2025.03.008 | JGAD000672 |
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制限公開データの利用者一覧
| 研究代表者 | 所属機関 | 国・州名 | 研究題目 | 利用データID | 利用期間 |
|---|---|---|---|---|---|
