NBDC Research ID: hum0344.v2
研究内容の概要
目的： 日本人の腎臓がんにおけるゲノム変異を探索する
方法： 全ゲノムシークエンス、トランスクリプトームシークエンス、ミトコンドリアDNAのアンプリコンシークエンス
対象： 透析患者の腎臓がん、慢性腎臓病症例、および、HEK293細胞株
| データID | 内容 | 制限 | 公開日 |
|---|---|---|---|
| JGAS000533 | 制限公開（Type I） | 2022/08/04 | |
| JGAS000611 | NGS（Amplicon-seq） | 制限公開（Type I） | 2023/05/16 |
※リリース情報はこちら
※制限公開データの利用にあたっては、利用申請が必要です。申請方法はこちら。
分子データ
| 対象 |
終末期の腎臓がん （ICD10：C64）：38症例 腫瘍組織：38検体 非腫瘍組織もしくは末梢血：37検体 |
| 規模 | WGS |
| 対象領域（Target Captureの場合） | - |
| Platform | MGI Tech [MGISEQ-2000RS] |
| ライブラリソース | 終末期の腎臓がんの腫瘍組織ならびに非腫瘍組織もしくは末梢血から抽出したDNA |
| 検体情報（購入の場合） | - |
| ライブラリ作製方法（キット名） | NEBNext Ultra II FS DNA Module and MGIEasy DNA library prep kit |
| 断片化の方法 | 酵素反応 |
| ライブラリ構築方法 | Paired-end |
| リード長（除：バーコード、アダプタ、プライマー、リンカー） | 100 bp または 150 bp |
| Japanese Genotype-phenotype Archive Dataset ID | JGAD000652 |
| 総データ量 | 9.1 TB（fastq） |
| コメント（利用にあたっての制限事項） | NBDC policy |
| 対象 |
終末期の腎臓がん （ICD10：C64）：26症例（WGSも実施） 腫瘍組織：26検体 |
| 規模 | RNA-seq |
| 対象領域（Target Captureの場合） | - |
| Platform | Illumina [HiSeq 2500] |
| ライブラリソース | 終末期の腎臓がんの腫瘍組織から抽出したRNA |
| 検体情報（購入の場合） | - |
| ライブラリ作製方法（キット名） | TruSeq Stranded mRNA Library Prep Kit |
| 断片化の方法 | 熱処理 |
| ライブラリ構築方法 | Paired-end |
| リード長（除：バーコード、アダプタ、プライマー、リンカー） | 126 bp |
| Japanese Genotype-phenotype Archive Dataset ID | JGAD000652 |
| 総データ量 | 9.1 TB（fastq） |
| コメント（利用にあたっての制限事項） | NBDC policy |
| 対象 |
慢性腎臓病ステージG1、G2、G4、G5 （ICD10：N18.1、N18.2、N18.4、N18.5）：77症例（78検体） HEK293細胞株：1検体 |
| 規模 | Amplicon-seq |
| 対象領域（Target Captureの場合） | ミトコンドリアゲノム |
| Platform | Illumina [HiSeq 2500] |
| ライブラリソース | 慢性腎臓病症例の非腫瘍組織およびHEK293細胞株から抽出したミトコンドリアDNA |
| 検体情報（購入の場合） | 293 [HEK-293] （American Type Culture Collection、CRL-1573™） |
| ライブラリ作製方法（キット名） |
KAPA Hyper Prep Kit Illumina Adapter Index（TruSeq DNA CD Indexes、TruSeq DNA Single Indexes） |
| 断片化の方法 | 超音波断片化 (Covaris) |
| ライブラリ構築方法 | Paired-end |
| リード長（除：バーコード、アダプタ、プライマー、リンカー） | 126 bp |
| Japanese Genotype-phenotype Archive Dataset ID | JGAD000740 |
| 総データ量 | 54 GB（fastq） |
| コメント（利用にあたっての制限事項） | NBDC policy |
提供者情報
研究代表者： 中川 英刀
所 属 機 関： 理化学研究所 生命医科学研究センター がん免疫基盤研究部門 がんゲノム研究チーム
プロジェクト/研究グループ名：
理化学研究所がんゲノム研究チーム：https://www.riken.jp/research/labs/ims/genome_seq_anl/
岩手医科大学泌尿器科：https://www.hosp.iwate-med.ac.jp/clinics/m19/
科研費/助成金（Research Project Number）：
| 科研費・助成金名 | タイトル | 研究課題番号 |
|---|---|---|
| - | - | - |
関連論文
| タイトル | DOI | データID | |
|---|---|---|---|
| 1 | Genomic features of renal cell carcinoma developed during end-stage renal disease and dialysis | doi: 10.1093/hmg/ddac180 | JGAD000652 |
| 2 | Mitochondrial DNA Mutations at Low-level Heteroplasmy in Chronic Kidney Disease | JGAD000740 |
制限公開データの利用者一覧
| 研究代表者 | 所属機関 | 国・州名 | 研究題目 | 利用データID | 利用期間 |
|---|---|---|---|---|---|
