NBDC Research ID: hum0321.v1
研究内容の概要
目的： 正常胸腺および自己免疫性疾患との関連が強く示唆されている胸腺腫・胸腺過形成組織における 胸腺上皮細胞・胸腺内免疫細胞の解析を行うとともに、自己免疫疾患罹患者の末梢血免疫細胞の特性解析、末梢血中および髄液中自己抗体産生解析を行うことで胸腺免疫システムの破綻と自己免疫疾患発症機序を解明する。本解析では通常の FACS 解析および single cell 解析も含む。免疫担当細胞の発生・分化および機能について、遺伝子発現の観点から胸腺制御による免疫細胞の応答について解析も試みる。本研究の成果としては、様々な自己免疫疾患における発症機序としての胸腺での免疫制御の鍵分子同定が可能となり、新規薬剤ターゲットの開発起点となることが期待できる。
方法： 血液および胸腺組織からRNAを抽出し、次世代シークエンサーによるsingle cell RNA-seq解析を行った。
対象： 重症筋無力症症例の末梢血または治療の際に切除された胸腺を解析対象とする。
| データID | 内容 | 制限 | 公開日 |
|---|---|---|---|
| JGAS000482 | NGS（scRNA-seq） | 制限公開（Type I） | 2022/06/17 |
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分子データ
| 対象 |
重症筋無力症（ICD10：G70.01）：4症例 末梢血：2検体、胸腺腫手術摘出検体：4検体 |
| 規模 | scRNA-seq |
| 対象領域（Target Captureの場合） | - |
| Platform | Illumina [NovaSeq 6000] |
| ライブラリソース | 末梢血および胸腺腫手術摘出検体から単離した細胞より抽出したRNA |
| 検体情報（購入の場合） | - |
| ライブラリ作製方法（キット名） |
（3' プロファイリング） Chromium Next GEM Single Cell 3’ GEM, Library & Gel Bead Kit v3.1 もしくは Chromium Next GEM Single Cell 3’ Kit v3.1 （10x Genomics） （5'+VDJ プロファイリング） Chromium Next GEM Single Cell 5’ Kit v2 および Chromium Single Cell Human BCR Amplification Kit もしくは Chromium Single Cell Human TCR Amplification Kit （10x Genomics） |
| 断片化の方法 | サプライヤー提供プロトコルに準拠 |
| ライブラリ構築方法 | Paired-end |
| リード長（除：バーコード、アダプタ、プライマー、リンカー） | 91 bp |
| Japanese Genotype-phenotype Archive Dataset ID | JGAD000599 |
| 総データ量 | 235.1 GB（fastq） |
| コメント（利用にあたっての制限事項） | NBDC policy |
提供者情報
研究代表者：奥野 龍禎
所 属 機 関：大阪大学大学院 医学系研究科 神経内科学
プロジェクト/研究グループ名：神経免疫グループ
URL：https://www.med.osaka-u.ac.jp/pub/neurol/myweb6/group03.html
科研費/助成金（Research Project Number）：
| 科研費・助成金名 | タイトル | 研究課題番号 |
|---|---|---|
| 科学研究費助成事業 特別推進研究 | 制御性T細胞による免疫応答制御の包括的研究 | 16H06295 |
| 日本医療研究開発機構（AMED） 革新的先端研究開発支援事業 | 制御性T細胞を標的とした免疫応答制御技術に関する研究開発 | JP20gm0010005 |
関連論文
| タイトル | DOI | データID | |
|---|---|---|---|
| 1 | Myasthenia gravis-specific aberrant neuromuscular gene expression by medullary thymic epithelial cells in thymoma | doi: 10.1038/s41467-022-31951-8 | JGAD000599 |
| 2 |
制限公開データの利用者一覧
| 研究代表者 | 所属機関 | 国・州名 | 研究題目 | 利用データID | 利用期間 |
|---|---|---|---|---|---|
| 岡田 随象 | 大阪大学大学院 医学系研究科 遺伝統計学 | 日本 | 多層的オミクス解析による疾患病態の解明 | JGAD000599 | 2024/03/05-2025/07/14 |
