NBDC Research ID: hum0316.v1

 

研究内容の概要

目的： 日本人の食道扁平上皮がんにおけるゲノム変異を探索する

方法： 食道扁平上皮がん切除切片における非腫瘍組織（正常組織）および腫瘍組織より抽出したDNAを用いたWhole Genome Sequencing解析、ならびに、腫瘍組織より抽出したRNAを用いたRNA-seq解析。

対象： 食道扁平上皮がん症例の腫瘍組織および非腫瘍組織

 

データID内容制限公開日
JGAS000535

NGS（WGS）

NGS（RNA-seq）

 制限公開（Type I） 2022/05/26

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分子データ

NGS（WGS）
対象

食道扁平上皮がん （ICD10：C15.9）：81症例（内、71症例はRNA-seqも実施）

腫瘍組織：81検体、非腫瘍組織：81検体
規模 WGS
対象領域（Target Captureの場合） -
Platform Illumina [HiSeq 2000/2500]
ライブラリソース 食道扁平上皮がん切除切片における腫瘍組織および非腫瘍組織から抽出したDNA
検体情報（購入の場合） -
ライブラリ作製方法（キット名） TruSeq DNA Sample Prep kit
断片化の方法 超音波断片化（Covaris）
ライブラリ構築方法 Paired-end
リード長（除：バーコード、アダプタ、プライマー、リンカー） 125 bp
Japanese Genotype-phenotype Archive Dataset ID JGAD000654
総データ量 812.3 GB（fastq）
コメント（利用にあたっての制限事項） NBDC policy

 

NGS（RNA-seq）
対象

食道扁平上皮がん （ICD10：C15.9）：100 症例（うち71症例はWGSも実施）

　　腫瘍組織：100 検体
規模 RNA-seq
対象領域（Target Captureの場合） -
Platform Illumina [HiSeq 2000/2500]
ライブラリソース 食道扁平上皮がん切除切片における腫瘍組織から抽出したRNA
検体情報（購入の場合） -
ライブラリ作製方法（キット名） TruSeq Stranded mRNA Library Preparation kit
断片化の方法 熱処理
ライブラリ構築方法 Paired-end
リード長（除：バーコード、アダプタ、プライマー、リンカー） 127 bp
Japanese Genotype-phenotype Archive Dataset ID JGAD000654
総データ量 812.3 GB（fastq）
コメント（利用にあたっての制限事項） NBDC policy

 

提供者情報

研究代表者： 中川 英刀

所 属 機 関： 理化学研究所 生命医科学研究センター がんゲノム研究チーム

プロジェクト/研究グループ名：-

科研費/助成金（Research Project Number）：

科研費・助成金名タイトル研究課題番号
日本医療研究開発機構（AMED） 次世代がん医療創生研究事業（P-CREATE） がんゲノム解析による新規免疫療法および複合免疫療法開発のためのシーズ探索 JP20cm0106552

 

関連論文

タイトルDOIデータID
1 Immuno-genomic Profiling of Biopsy Specimens Predicts Neoadjuvant Chemotherapy Response in Esophageal Squamous Cell Carcinoma doi: 10.1016/j.xcrm.2022.100705 JGAD000654
2

 

制限公開データの利用者一覧

研究代表者所属機関国・州名研究題目利用データID利用期間
浜田 道昭 早稲田大学 理工学術院 日本 RNA標的創薬データベースの構築 JGAD000654 2022/12/26-2025/03/31
杉田 静紀 名古屋大学医学部附属病院 ゲノム医療センター 日本 全ゲノム解析による食道癌の周術期補助療法と早期再発に関する研究 JGAD000654 2023/03/30-2023/12/31