NBDC Research ID: hum0300.v1

 

研究内容の概要

目的： 次世代シーケンサーを始めとする種々のゲノム解析手法により同定されるゲノム・エピゲノム異常やCopy number variant（CNV）の異常、遺伝子発現異常などを併せた統合的Omics解析によって、がんの原因遺伝子や主要シグナル伝達経路を明らかにし、がん病態を包括的に理解するとともに画期的ながん分子診断法の開発ならびに治療標的分子の同定を行うこと。

方法： 全エクソンシーケンスおよびRNA-seq

対象： 全エクソン解析：食道扁平上皮がん88症例、RNA-seq解析：食道扁平上皮がん57症例（56症例に対して両解析を実施）

 

データID内容制限公開日
JGAS000367 NGS（Exome、RNA-seq） 制限公開（Type I） 2021/11/12

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分子データ

Exome
対象

食道扁平上皮がん（ICD10：C15）：88症例

    （腫瘍組織および非腫瘍組織ペア）
規模 Exome
対象領域（Target Captureの場合） -
Platform Illumina [HiSeq 2000]
ライブラリソース 腫瘍組織および非腫瘍組織から抽出したDNA
検体情報（購入の場合） -
ライブラリ作製方法（キット名） SureSelect XT Human All Exon
断片化の方法 超音波断片化（Covaris）
ライブラリ構築方法 Paired-end
リード長（除：バーコード、アダプタ、プライマー、リンカー） 100 bp
Japanese Genotype-phenotype Archive Dataset ID JGAD000481
総データ量 6 TB（fastq）
コメント（利用にあたっての制限事項） NBDC policy

 

RNA-seq
対象

食道扁平上皮がん（ICD10：C15）：57症例

    （腫瘍組織および非腫瘍組織ペア）
規模 RNA-seq
対象領域（Target Captureの場合） -
Platform Illumina [HiSeq 2500]
ライブラリソース 腫瘍組織および非腫瘍組織から抽出したRNA
検体情報（購入の場合） -
ライブラリ作製方法（キット名） Ribo-Zero Magnetic Gold Kit、TruSeq Stranded mRNA Sample Prep Kit
断片化の方法 TruSeq Stranded mRNA Sample Prep Kitを使用
ライブラリ構築方法 Paired-end
リード長（除：バーコード、アダプタ、プライマー、リンカー） 100 bp
Japanese Genotype-phenotype Archive Dataset ID JGAD000481
総データ量 6 TB（fastq）
コメント（利用にあたっての制限事項） NBDC policy

 

提供者情報

研究代表者： 稲澤 譲治

所 属 機 関： 東京医科歯科大学 難治疾患研究所 分子細胞遺伝

プロジェクト/研究グループ名： -

科研費/助成金（Research Project Number）：

科研費・助成金名タイトル研究課題番号
科学研究費助成事業 新学術領域研究（研究領域提案型） がん細胞文脈のシステム的統合理解による新たながん診断・治療概念の確立 15H05908
日本医療研究開発機構（AMED） 次世代がん研究シーズ戦略的育成プログラム（P-DIRECT） 食道扁平上皮がんの新規治療標的分子と診断バイオマーカーの同定 JP15cm0106067
日本医療研究開発機構（AMED） オーダーメイド医療の実現プログラム ゲノム網羅的解析情報を基盤とするオーダーメイドがん医療実現のための開発研究 JP17km0506001
東京医科歯科大学　難治疾患共同研究拠点 - -

 

関連論文

タイトルDOIデータID
1 Integrative genome-wide analyses reveal the transcriptional aberrations in Japanese esophageal squamous cell carcinoma doi: 10.1111/cas.15063 JGAD000481
2

 

制限公開データの利用者一覧

研究代表者所属機関国・州名研究題目利用データID利用期間
浜田 道昭 早稲田大学 理工学術院 日本 RNA標的創薬データベースの構築 JGAD000481 2022/12/26-2025/03/31