NBDC Research ID: hum0291.v1
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研究内容の概要
目的: 膵腫瘍、十二指腸腫瘍、胆道腫瘍の網羅的ゲノムプロファイリングによる疾患の病態解明
方法: 全ゲノム解析には凍結サンプルからQIAamp DNA Mini Kitを用いて抽出したDNAを、全エクソーム解析にはFFPEサンプルからQIAamp DNA FFPE Tissue Kitを用いて抽出したDNAを用いた。断片化したDNA(1〜2 µg)に対し、全ゲノム解析ではTruSeq DNA PCR-Free Library Prep Kitを、全エクソーム解析ではTruSeq Exome Library Prep Kit用いてライブラリを調製し、HiSeq 2000/2500にて塩基配列の読み取りを行った。
対象: 膵腫瘍 57症例、十二指腸腫瘍 6症例、胆道腫瘍 11症例
URL: https://www.med.osaka-u.ac.jp/activities/results/2021year/yachida2021-12-9
データID | 内容 | 制限 | 公開日 |
---|---|---|---|
JGAS000359 | NGS(WGS、Exome) | 制限公開(Type I) | 2021/12/10 |
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分子データ
対象 |
膵腫瘍(ICD10:C25):33症例 十二指腸腫瘍(ICD10:C170):2症例 胆道腫瘍(ICD10:C240):1症例 |
規模 | WGS |
対象領域(Target Captureの場合) | - |
Platform | Illumina [HiSeq 2000/2500] |
ライブラリソース | 凍結検体(腫瘍組織および非腫瘍組織のペア)から抽出したDNA |
検体情報(購入の場合) | - |
ライブラリ作製方法(キット名) | TruSeq DNA PCR-Free Library Prep Kit |
断片化の方法 | 超音波断片化(Covaris S2 or E220ev) |
ライブラリ構築方法 | Paired-end |
リード長(除:バーコード、アダプタ、プライマー、リンカー) | 100 bp |
Japanese Genotype-phenotype Archive Dataset ID | JGAD000473 |
総データ量 | 12.8 TB(fastq) |
コメント(利用にあたっての制限事項) | NBDC policy |
対象 |
膵腫瘍(ICD10:C25):24症例 十二指腸腫瘍(ICD10:C170):4症例 胆道腫瘍(ICD10:C240):10症例 |
規模 | Exome |
対象領域(Target Captureの場合) | - |
Platform | Illumina [HiSeq 2000/2500] |
ライブラリソース | FFPE検体(腫瘍組織および非腫瘍組織のペア)から抽出したDNA |
検体情報(購入の場合) | - |
ライブラリ作製方法(キット名) | TruSeq Exome Library Prep Kit |
断片化の方法 | 超音波断片化(Covaris S2 or E220ev) |
ライブラリ構築方法 | Paired-end |
リード長(除:バーコード、アダプタ、プライマー、リンカー) | 100 bp |
Japanese Genotype-phenotype Archive Dataset ID | JGAD000473 |
総データ量 | 12.8 TB(fastq) |
コメント(利用にあたっての制限事項) | NBDC policy |
提供者情報
研究代表者: 谷内田 真一
所 属 機 関: 大阪大学大学院 医学系研究科 医学専攻 ゲノム生物学講座・がんゲノム情報学
プロジェクト/研究グループ名: Elucidation of molecular mechanisms of tumorigenesis and development of diagnoses and treatments based on comprehensive genomic analyses in pancreatic tumors, duodenal tumors and biliary tumors
URL: http://www.cgi.med.osaka-u.ac.jp/
科研費/助成金(Research Project Number):
科研費・助成金名 | タイトル | 研究課題番号 |
---|---|---|
日本医療研究開発機構(AMED) 次世代がん医療創生研究事業(P-CREATE) | 統合的ゲノム解析による消化器神経内分泌がんの本態解明 | JP17cm0106612 |
関連論文
タイトル | DOI | データID | |
---|---|---|---|
1 | Comprehensive Genomic Profiling of Neuroendocrine Carcinomas of the Gastrointestinal System | doi: 10.1158/2159-8290.CD-21-0669 | JGAD000473 |
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制限公開データの利用者一覧
研究代表者 | 所属機関 | 国・州名 | 研究題目 | 利用データID | 利用期間 |
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谷本 梓 | 金沢大学 腫瘍内科 | 肺大細胞神経内分泌がん (LCNEC) に対する遺伝子プロファイルに基づいた治療戦略の確立 | JGAD000473 | 2022/04/01-2023/03/31 |