NBDC Research ID: hum0279.v1
研究内容の概要
目的： びまん性大細胞型B細胞リンパ腫（Diffuse large B-cell lymphoma：DLBCL）は高頻度かつ高悪性度の悪性リンパ腫である。抗CD20抗体併用化学療法の導入により長期生存は60%前後まで改善したものの、いまだ予後不良群も存在する。次世代シーケンサーの普及によって、遺伝子変異の網羅的解析結果を用いたDLBCLの新たな層別化が報告されているが、その手法は煩雑であり、実臨床への応用が容易でない。また、先行研究では、アジア人における解析が充分でないため、アジア人特異的な予後不良因子の層別化における影響は未検討のままである。そこで本研究では、DLBCLのホルマリン固定パラフィン包埋（FFPE）検体について、既存の大規模研究より選択した144遺伝子についてターゲットシーケンスで遺伝子変異の有無を検討し、日本人コホートにおいて分子遺伝学的サブタイプ分類の有用性を検証することを目的とした。
方法： ホルマリン固定パラフィン包埋標本177例及び対応する19例の凍結保存検体から抽出したDNAを用いて、ターゲットシークエンスによる遺伝子変異解析を行う。
対象： びまん性大細胞型B細胞リンパ腫177例
URL： https://www.m.chiba-u.ac.jp/dept/hematology/research/clinical/
| データID | 内容 | 制限 | 公開日 |
|---|---|---|---|
| JGAS000307 | NGS（Target Capture） | 制限公開（Type I） | 2022/09/05 |
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分子データ
| 対象 |
びまん性大細胞型B細胞リンパ腫（ICD10：C833）：177症例 腫瘍組織：196検体（FFPE検体：177検体、対応する凍結検体：19検体） |
| 規模 | Target Capture |
| 対象領域（Target Captureの場合） | 144遺伝子 |
| Platform | Illumina [NextSeq 550] |
| ライブラリソース | 腫瘍組織（FFPEおよび凍結検体）から抽出したDNA |
| 検体情報（購入の場合） | - |
| ライブラリ作製方法（キット名） | NEBNext Ultra II DNA Library Prep Kit |
| 断片化の方法 | 酵素反応 |
| ライブラリ構築方法 | Paired-end |
| リード長（除：バーコード、アダプタ、プライマー、リンカー） | 300 bp |
| Japanese Genotype-phenotype Archive Dataset ID | JGAD000418 |
| 総データ量 | 41.8 GB（bam [ref：hg19]） |
| コメント（利用にあたっての制限事項） | NBDC policy |
提供者情報
研究代表者： 堺田 恵美子
所 属 機 関： 千葉大学医学部附属病院 血液内科
プロジェクト/研究グループ名： -
URL： https://www.m.chiba-u.ac.jp/dept/hematology/research/clinical/
科研費/助成金（Research Project Number）：
| 科研費・助成金名 | タイトル | 研究課題番号 |
|---|---|---|
| 科学研究費助成事業 若手研究（B） | DNAメチル化形質によるEBV陽性B細胞性悪性リンパ腫の層別化と新規治療法の開発 | 17K17637 |
関連論文
| タイトル | DOI | データID | |
|---|---|---|---|
| 1 | Genetic subtype classification using a simplified algorithm and mutational characteristics of diffuse large B-cell lymphoma in a Japanese cohort | doi: 10.1111/bjh.17765 | JGAD000418 |
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制限公開データの利用者一覧
| 研究代表者 | 所属機関 | 国・州名 | 研究題目 | 利用データID | 利用期間 |
|---|---|---|---|---|---|
