NBDC Research ID: hum0274.v1
研究内容の概要
目的： mRNAの核外輸送はmRNA輸送体によって担われており、ヒトにおいてはNXF1とCRM1がmRNAの輸送に機能する。しかし両者が異なるmRNA群を輸送するか明らかではない。本研究は、NXF1とCRM1が輸送するmRNA群をゲノムワイドに同定し、NXF1とCRM1によるmRNA輸送の分子機構を明らかにする。
方法： 目的遺伝子をノックダウン（knockdown：KD）したHeLa細胞を核と細胞質に分画した後RNAを抽出し、RNA-seq解析を実施した。
対象： 目的遺伝子KD後のHeLa細胞
| データID | 内容 | 制限 | 公開日 |
|---|---|---|---|
| JGAS000294 | NGS（RNA-seq） | 制限公開（Type I） | 2022/04/22 |
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分子データ
| 対象 |
目的遺伝子KD後のHeLa細胞：20検体 Control KD＋LeptomycinB（LMB：CRM1阻害剤）処理有無の核と細胞質（duplicate）計8検体 NXF1 KDの核と細胞質（duplicate）計4検体 MTR4 KD＋LMB処理有無の核と細胞質（duplicate）計8検体 |
| 規模 | RNA-seq |
| 対象領域（Target Captureの場合） | - |
| Platform | Illumina [NovaSeq 6000] |
| ライブラリソース | 目的遺伝子KD後のHeLa細胞を核と細胞質に分画し、抽出したRNA |
| 検体情報（購入の場合） | HeLa （ATCCより購入） |
| ライブラリ作製方法（キット名） | TruSeq Stranded mRNA Library Prep Kit |
| 断片化の方法 | - |
| ライブラリ構築方法 | Paired-end |
| リード長（除：バーコード、アダプタ、プライマー、リンカー） | 150 bp |
| Japanese Genotype-phenotype Archive Dataset ID | JGAD000401 |
| 総データ量 | 307.2 GB （fastq） |
| コメント（利用にあたっての制限事項） | NBDC policy |
提供者情報
研究代表者： 藤田 賢一
所 属 機 関： 藤田医科大学 総合医科学研究所
プロジェクト/研究グループ名： -
科研費/助成金（Research Project Number）：
| 科研費・助成金名 | タイトル | 研究課題番号 |
|---|---|---|
| 科学研究費助成事業 若手研究 | mRNA輸送因子UAP56とURH49による選択的mRNA輸送基盤の統合的解析 | 19K15807 |
関連論文
| タイトル | DOI | データID | |
|---|---|---|---|
| 1 | - | ||
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制限公開データの利用者一覧
| 研究代表者 | 所属機関 | 国・州名 | 研究題目 | 利用データID | 利用期間 |
|---|---|---|---|---|---|
| 浜田 道昭 | 早稲田大学 理工学術院 | 日本 | RNA標的創薬データベースの構築 | JGAD000401 | 2022/12/26-2025/03/31 |
