NBDC Research ID: hum0273.v1
研究内容の概要
目的： 乳がんは多様な形態を示し、特に変異や遺伝子発現プロファイルが異なる様々な細胞型を持つことを特徴としている。管腔がんと小葉がんの両方の表現型からなる腫瘍におけるがん細胞のクローン関係を明らかにする。
方法： サンプルDNAを製造業者のプロトコルに従って、Ion Torrentプラットフォーム（Thermo Fisher SCIENTIFIC）上のIon AmpliSeq Comprehensive Cancer Panelを用いて、アンプリコン配列決定に使用した。このパネルは、409個のがん関連遺伝子のすべてのエクソンをカバーする約16,000個のプライマー対から構成されている。DNA（120 ng）を使用して、IonXpressバーコードされたアダプターを用いてライブラリーを調製し、イオンチップを用いたシーケンシングには、イオンプロトンシーケンサー（Thermo Fisher SCIENTIFIC）を用いた。
対象： 小葉がんおよび乳管がん併存2症例の腫瘍組織ならびに周辺の非腫瘍組織からレーザーマイクロダイセクションにより採取した合計9検体
| データID | 内容 | 制限 | 公開日 |
|---|---|---|---|
| JGAS000300 | NGS（Amplicon-seq） | 制限公開（Type I） | 2021/08/27 |
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分子データ
| 対象 |
小葉がんおよび乳管がん併存（ICD10：C509）：2症例 腫瘍組織：6検体、非腫瘍組織：3検体 |
| 規模 | Amplicon-seq |
| 対象領域（Target Captureの場合） | 409遺伝子（Ion Ampliseq Comprehensive Cancer Panel） |
| Platform | Thermo Fisher Scientific [Ion Proton] |
| ライブラリソース | 腫瘍組織および非腫瘍組織から抽出したDNA |
| 検体情報（購入の場合） | - |
| ライブラリ作製方法（キット名） | Ion Xpress Barcode Adapters |
| 断片化の方法 | PCRによる増幅 |
| ライブラリ構築方法 | Single-end |
| リード長（除：バーコード、アダプタ、プライマー、リンカー） | 100-300 bp |
| Japanese Genotype-phenotype Archive Dataset ID | JGAD000411 |
| 総データ量 | 7.1 GB（bam） |
| コメント（利用にあたっての制限事項） | NBDC policy |
提供者情報
研究代表者： 増田 しのぶ
所 属 機 関： 日本大学医学部 病態病理学系 腫瘍病理学分野
プロジェクト/研究グループ名： -
科研費/助成金（Research Project Number）：
| 科研費・助成金名 | タイトル | 研究課題番号 |
|---|---|---|
| 科学研究費助成事業 基盤研究（C） | 組織型が混在する乳癌のミトコンドリアDNA変異解析による癌細胞系譜の解明 | 15K08357 |
関連論文
| タイトル | DOI | データID | |
|---|---|---|---|
| 1 | Phylogenetic analysis of combined lobular and ductal carcinoma of the breast | doi: 10.3892/mmr.2021.12357 | JGAD000411 |
| 2 |
制限公開データの利用者一覧
| 研究代表者 | 所属機関 | 国・州名 | 研究題目 | 利用データID | 利用期間 |
|---|---|---|---|---|---|
