NBDC Research ID: hum0268.v2
研究内容の概要
目的： がん組織のプロテオゲノミクスHLAリガンドーム解析による新規タイプがん抗原の探索
方法：
【ヒト大腸がん細胞株および大腸がん】 RNA-seq、CAGE-seq、ならびにIso-seq解析を実施し、組織解析で同定済みの非コード領域由来新規がん抗原をコードする転写産物バリアントを探索した。
【子宮体がん】 腫瘍組織を対象としたバルクRNA-seqにより各組織サンプル中で発現する遺伝子群を網羅的解析した。また、腫瘍組織および末梢血のWESにより、症例ごとの体細胞遺伝子変異を検出し、HLAリガンドーム解析と組み合わせてネオ抗原を同定した。さらに、腫瘍浸潤T細胞のシングルセルRNA-seq/TCR-seqから腫瘍反応性の細胞傷害性CD4+T細胞を特定し、これらに特徴的な遺伝子発現パターンを解析した。
対象： ヒト大腸がん細胞株：1種類、大腸がん6症例、子宮体がん：5症例
| データID | 内容 | 制限 | 公開日 |
|---|---|---|---|
| JGAS000280 | NGS（Iso-seq、CAGE-seq、RNA-seq） | 制限公開（Type I） | 2021/04/09 |
| JGAS000766 | NGS（RNA-seq、scRNA-seq、scTCR-seq、Exome） | 制限公開（Type I） | 2025/08/29 |
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分子データ
| 対象 | ヒト大腸がん細胞株（ICD10：C18）：1検体 |
| 規模 | Iso-seq |
| 対象領域（Target Captureの場合） | - |
| Platform | PacBio [Sequel] |
| ライブラリソース | 細胞から抽出したRNA |
| 検体情報（購入の場合） | ATCCより購入したヒト大腸がん細胞株（CCL-220） |
| ライブラリ作製方法（キット名） | SMRTbell Template Prep Kit 2.0 |
| 断片化の方法 | 上記キットに準拠 |
| ライブラリ構築方法 | Single-end |
| リード長（除：バーコード、アダプタ、プライマー、リンカー） | - |
| Japanese Genotype-phenotype Archive Dataset ID | JGAD000386 |
| 総データ量 | 16.1 GB（fastq） |
| コメント（利用にあたっての制限事項） | NBDC policy |
| 対象 | ヒト大腸がん細胞株（ICD10：C18）：1検体 |
| 規模 | CAGE-seq |
| 対象領域（Target Captureの場合） | - |
| Platform | Illumina [NextSeq] |
| ライブラリソース | 細胞から抽出したRNA |
| 検体情報（購入の場合） | ATCCより購入したヒト大腸がん細胞株（CCL-220） |
| ライブラリ作製方法（キット名） | - |
| 断片化の方法 | - |
| ライブラリ構築方法 | Single-end |
| リード長（除：バーコード、アダプタ、プライマー、リンカー） | 75 bp |
| Japanese Genotype-phenotype Archive Dataset ID | JGAD000386 |
| 総データ量 | 16.1 GB（fastq） |
| コメント（利用にあたっての制限事項） | NBDC policy |
| 対象 |
ヒト大腸がん細胞株（ICD10：C18）：1検体 大腸がん：6症例（腫瘍組織：6検体、非腫瘍組織：5検体） 子宮体がん（ICD10：C54.9）：5症例（腫瘍組織：5検体） |
| 規模 | RNA-seq |
| 対象領域（Target Captureの場合） | - |
| Platform | Illumina [NovaSeq 6000] |
| ライブラリソース | 腫瘍組織、非腫瘍組織、ならびに培養細胞から抽出したRNA |
| 検体情報（購入の場合） | ATCCより購入したヒト大腸がん細胞株（CCL-220） |
| ライブラリ作製方法（キット名） | TruSeq Stranded mRNA LT Sample Prep Kit |
| 断片化の方法 | 上記キットに準拠 |
| ライブラリ構築方法 | Paired-end |
| リード長（除：バーコード、アダプタ、プライマー、リンカー） | 100 bp |
| Japanese Genotype-phenotype Archive Dataset ID | |
| 総データ量 |
ヒト大腸がん細胞株・大腸がん：153.2 GB（fastq） 子宮体がん：217.5 GB（fastq） |
| コメント（利用にあたっての制限事項） | NBDC policy |
| 対象 |
子宮体がん（ICD10：C54.9）：1症例 （腫瘍組織に含まれる腫瘍浸潤T細胞：1検体） |
| 規模 | scRNA-seq |
| 対象領域（Target Captureの場合） | - |
| Platform | MGI [DNBSEQ] |
| ライブラリソース | 腫瘍組織に含まれる腫瘍浸潤T細胞から抽出したRNA |
| 検体情報（購入の場合） | - |
| ライブラリ作製方法（キット名） | Chromium Next GEM Single Cell V(D)J Reagent Kits v1.1 |
| 断片化の方法 | 上記キットに準拠 |
| ライブラリ構築方法 | Paired-end |
| リード長（除：バーコード、アダプタ、プライマー、リンカー） | 91 bp |
| Japanese Genotype-phenotype Archive Dataset ID | JGAD000907 |
| 総データ量 | 217.5 GB（fastq） |
| コメント（利用にあたっての制限事項） | NBDC policy |
| 対象 |
子宮体がん（ICD10：C54.9）：1症例 （腫瘍組織に含まれる腫瘍浸潤T細胞：1検体） |
| 規模 | scTCR-seq |
| 対象領域（Target Captureの場合） | - |
| Platform | MGI [DNBSEQ] |
| ライブラリソース | 腫瘍組織に含まれる腫瘍浸潤T細胞から抽出したRNA |
| 検体情報（購入の場合） | - |
| ライブラリ作製方法（キット名） | Chromium Next GEM Single Cell V(D)J Reagent Kits v1.1 |
| 断片化の方法 | 上記キットに準拠 |
| ライブラリ構築方法 | Paired-end |
| リード長（除：バーコード、アダプタ、プライマー、リンカー） | 91 bp |
| Japanese Genotype-phenotype Archive Dataset ID | JGAD000907 |
| 総データ量 | 217.5 GB（fastq） |
| コメント（利用にあたっての制限事項） | NBDC policy |
| 対象 |
子宮体がん（ICD10：C54.9）：5症例 （腫瘍組織：5検体、末梢血：5検体） |
| 規模 | Exome |
| 対象領域（Target Captureの場合） | - |
| Platform | Illumina [NovaSeq 6000] |
| ライブラリソース | 腫瘍組織および末梢血から抽出したDNA |
| 検体情報（購入の場合） | - |
| ライブラリ作製方法（キット名） | SureSelect Human All Exon V6 |
| 断片化の方法 | 上記キットに準拠 |
| ライブラリ構築方法 | Paired-end |
| リード長（除：バーコード、アダプタ、プライマー、リンカー） | 150 bp |
| Japanese Genotype-phenotype Archive Dataset ID | JGAD000907 |
| 総データ量 | 217.5 GB（fastq） |
| コメント（利用にあたっての制限事項） | NBDC policy |
提供者情報
研究代表者： 金関 貴幸
所 属 機 関： 札幌医科大学 病理学第一講座／新潟大学医学部 分子病理学分野
プロジェクト/研究グループ名： -
科研費/助成金（Research Project Number）：
| 科研費・助成金名 | タイトル | 研究課題番号 |
|---|---|---|
| 日本医療研究開発機構（AMED） 次世代がん医療創生研究事業（P-CREATE） | プロテオゲノミクスによるlncRNAがん抗原を標的とした革新的免疫治療の開発 | JP20cm0106352 |
| 日本医療研究開発機構（AMED） 次世代がん医療加速化研究事業（P-PROMOTE） | NAPプロテオゲノミクス解析基盤によるT細胞腫瘍抗原オミクス研究 | JP24ama221315 |
| 科学研究費助成事業 基盤研究（B） | 新しいネオ抗原検出技術による腫瘍特異的CD4+T細胞の機能解析とがん治療応用 | 24K02252 |
関連論文
| タイトル | DOI | データID | |
|---|---|---|---|
| 1 | CD8+ T-cell Immune Surveillance against a Tumor Antigen Encoded by the Oncogenic Long Noncoding RNA PVT1 | doi: 10.1158/2326-6066.CIR-20-0964 | JGAD000386 |
| 2 | Identification and Phenotypic Characterization of Neoantigen-Specific Cytotoxic CD4+ T Cells in Endometrial Cancer | doi: 10.1158/2326-6066.CIR-24-0514 | JGAD000907 |
制限公開データの利用者一覧
| 研究代表者 | 所属機関 | 国・州名 | 研究題目 | 利用データID | 利用期間 |
|---|---|---|---|---|---|
| 浜田 道昭 | 早稲田大学 理工学術院 | 日本 | RNA標的創薬データベースの構築 | JGAD000386 | 2022/12/26-2025/03/31 |
