NBDC Research ID: hum0266.v1

 

研究内容の概要

目的： 自己免疫性皮膚疾患である天疱瘡では自己抗原であるデスモグレインに対する自己抗体が産生することで発症する。臨床的にはB細胞を標的とする治療が効果的であることがわかっており、デスモグレイン特異的B細胞が病態に重要な役割を担っていると考えられる。本研究では、標識をつけたデスモグレイン蛋白を使って患者末梢血中のデスモグレイン特異的B細胞を単離し、網羅的遺伝子解析をすることでその特性や治療による遺伝子発現変化を解析し、病勢マーカーや治療に結びつけることを目的としている。

方法： 標識したデスモグレイン蛋白またはインフルエンザHA抗原を用いてPBMCから抗原特異的B細胞をFACS ARIA3でシングルセルソートを実施し、SMART-seqでライブラリを作成し、Novaseqにてシークエンスを行った。

対象： 3例の天疱瘡患者からデスモグレイン特異的B細胞ならびに非デスモグレイン特異的B細胞。内1例は治療開始後のデスモグレイン特異的B細胞と非デスモグレイン特異的B細胞。

コントロールとして３例の健常人から取得したインフルエンザHA特異的B細胞と非インフルエンザHA特異的B細胞

 

データID内容制限公開日
JGAS000281 NGS（scRNA-seq） 制限公開（Type I） 2022/12/27

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分子データ

JGAS000281
対象

天疱瘡（ICD10：L10.0/L10.2）：3症例（細胞数）

    治療開始前デスモグレイン特異的B細胞（37、30、36）

    治療開始前非デスモグレイン特異的B細胞（44、40、44）

    内１例は治療開始後のデスモグレイン特異的B細胞と非デスモグレイン特異的B細胞（31、96）も含む

健常人：3名（細胞数）

    インフルエンザHA特異的B細胞（48、36、36）

    非インフルエンザHA特異的B細胞（48、48、48）
規模 scRNA-seq
対象領域（Target Captureの場合） -
Platform Illumina [NovaSeq 6000]
ライブラリソース 抗原特異的B細胞から抽出したRNA
検体情報（購入の場合） -
ライブラリ作製方法（キット名） SMART-Seq HT Kit
断片化の方法 Nextera XT DNA Library Prep Kit
ライブラリ構築方法 Paired-end
リード長（除：バーコード、アダプタ、プライマー、リンカー） 150 bp
Japanese Genotype-phenotype Archive Dataset ID JGAD000387
総データ量 200 GB（fastq）
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提供者情報

研究代表者： 江上 将平

所 属 機 関： 慶應義塾大学医学部 皮膚科学教室

プロジェクト/研究グループ名： -

科研費/助成金（Research Project Number）：

科研費・助成金名タイトル研究課題番号
科学研究費助成事業 基盤研究（B） 自己反応性B細胞の単一細胞解析による天疱瘡の病態解明 19H03683
厚生労働科学研究費補助金 難治性疾患政策研究事業 稀少難治性皮膚疾患に関する調査研究 20FC1052

 

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