NBDC Research ID: hum0238.v1
研究内容の概要
目的： ヒトDNA塩基配列に確認された内在性ヒトヘルペスウイルス６（HHV-6）配列の同定
方法： 全ゲノムシーケンスデータの内、ヒト参照配列にマップしなかったリード配列より再構築を行った
対象： HHV-6のゲノム挿入が確認された検体
| データID | 内容 | 制限 | 公開日 |
|---|---|---|---|
| JGAS000240 | NGS（WGS）に内在するHHV-6配列 | 制限公開（Type I） | 2020/07/28 |
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分子データ
| 対象 | JGAD000220 / AGDD_000005に含まれる全ゲノムシーケンスデータの内、HHV-6のゲノム挿入が確認された検体：10検体 |
| 規模 | WGS |
| 対象領域（Target Captureの場合） | - |
| Platform | Illumina [HiSeq 2500] |
| ライブラリソース | 末梢血から抽出したgDNA |
| 検体情報（購入の場合） | - |
| ライブラリ作製方法（キット名） | TruSeq Nano DNA Library Preparation Kit |
| 断片化の方法 | 超音波断片化 |
| ライブラリ構築方法 | Paired-end |
| リード長（除：バーコード、アダプタ、プライマー、リンカー） | 160 bp |
| ヒト配列排除方法 |
ヒトゲノムのリファレンスゲノム（hg19）にマッピングされないリードを使用し、HHV-6リファレンスに再度アライメントを行った。 HHV-6カバレッジ高く、ヒトゲノムにおける内在化が疑われる10サンプルを選択した。 |
| HHV-6配列構築方法 |
BWA-MEMを使用して、日本人のNA18999（GenBankアクセッション番号：KY316047.1）から得られたiciHHV-6Aゲノムに対してHHV-6リードをアライメントした。 アラインメントに基づいて、freebayes（バージョン：v1.2.0-2-g29c4002）を使用してバリアントコールを行った（パラメーターploidy = 1およびmin-alternate-fraction = 0.8）。 その後、Genome Analysis Toolkit（GATK）v3.7のFastaAlternateReferenceMakerツールを使用して、結果として得られたバリアントをKY316047.1リファレンスゲノムにパッチすることにより、個人サンプルのiciHHV-6ウイルス配列を生成した。 |
| Japanese Genotype-phenotype Archive Dataset ID | JGAD000340 |
| 総データ量 | 1 MB（chromosome_fasta） |
| コメント（利用にあたっての制限事項） | NBDC policy |
提供者情報
研究代表者： 桃沢 幸秀／Nicholas Parrish
所 属 機 関： 理化学研究所 生命医科学研究センター 基盤技術開発研究チーム／ゲノム免疫生物学理研白眉研究チーム
URL： https://www.riken.jp/research/labs/ims/genom_immunobiol_riken_hakubi/index.html
科研費/助成金（Research Project Number）：
| 科研費・助成金名 | タイトル | 研究課題番号 |
|---|---|---|
関連論文
| タイトル | DOI | データID | |
|---|---|---|---|
| 1 | Endogenization and excision of human herpesvirus 6 in human genomes | doi: 10.1101/2019.12.19.882522 | JGAD000340 |
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制限公開データの利用者一覧
| 研究代表者 | 所属機関 | 国・州名 | 研究題目 | 利用データID | 利用期間 |
|---|---|---|---|---|---|
