NBDC Research ID: hum0232.v1
研究内容の概要
目的： 胃がん組織から同定された遺伝子変異を腫瘍由来血漿中循環DNA（ctDNA）としてモニタリングし、個別化腫瘍マーカーとしてのctDNAの臨床的妥当性を検証する
方法： 登録された10症例から、術前および術後の血漿、原発腫瘍組織、末梢血単核細胞（PBMC）を採取した。 原発腫瘍標本は手術直後に3箇所から採取し、すべての標本の細胞密度が顕微鏡下で30％以上であることを確認した。 30の原発腫瘍組織および10のPBMCから抽出したDNAを用いた、がん関連151遺伝子のtarget capture sequencingを実施した。
対象： 胃がんの術前診断においてStage IB以上と診断された症例のうち、書面での同意が得られた10症例
URL： https://nishizukalab.org/
| データID | 内容 | 制限 | 公開日 |
|---|---|---|---|
| JGAS000231 | NGS（Target Capture） | 制限公開（Type I） | 2020/06/01 |
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分子データ
| 対象 |
胃がん（ICD10：C169）：10症例 原発腫瘍組織：計30検体（3検体×10症例） PBMC：10検体 |
| 規模 | Target Capture |
| 対象領域（Target Captureの場合） |
がん関連の151遺伝子 |
| Platform | Illumina [HiSeq 2000] |
| ライブラリソース | 原発腫瘍組織およびPBMCから抽出したDNA |
| 検体情報（購入の場合） | - |
| ライブラリ作製方法（キット名） | ClearSeq SS Comprehensive Cancer kits |
| 断片化の方法 | 超音波断片化（Covaris） |
| ライブラリ構築方法 | Paired-end |
| リード長（除：バーコード、アダプタ、プライマー、リンカー） | 100 bp |
| Japanese Genotype-phenotype Archive Dataset ID | JGAD000325 |
| 総データ量 | 64 GB（fastq、bam [ref: GRCh37]） |
| コメント（利用にあたっての制限事項） | NBDC policy |
提供者情報
研究代表者： 西塚 哲
所 属 機 関： 岩手医科大学 医歯薬総合研究所 医療開発研究部門
プロジェクト/研究グループ名： -
URL： https://nishizukalab.org/
科研費/助成金（Research Project Number）：
| 科研費・助成金名 | タイトル | 研究課題番号 |
|---|---|---|
| 科学研究費助成事業 新学術領域研究（研究領域提案型） | 薬剤耐性癌細胞の多様性に対応する至適分子標的薬選定プロセスの体系化 | 16H01578 |
| 科学研究費助成事業 国際共同研究加速基金（国際共同研究強化） | 薬剤耐性コロニーをモデルとした癌再発抑制へ繋がる化合物同定に関する研究（国際共同研究強化） | 15KK0317 |
| 科学研究費助成事業 基盤研究（C） | Circulating tumor DNA検査の臨床導入における課題点の克服 | 19K09224 |
| 科学研究費助成事業 基盤研究（C） | Helicobacter pylori免疫応答が胃癌術後補助化学療法に及ぼす影響 | 19K09130 |
| 科学研究費助成事業 基盤研究（C） | 血漿中遊離変異DNA定量による食道癌モニタリングシステムの開発 | 17K10605 |
関連論文
| タイトル | DOI | データID | |
|---|---|---|---|
| 1 | Analysis of mutational and proteomic heterogeneity of gastric cancer suggests an effective pipeline to monitor post-treatment tumor burden using circulating tumor DNA | doi: 10.1371/journal.pone.0239966 | JGAD000325 |
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制限公開データの利用者一覧
| 研究代表者 | 所属機関 | 国・州名 | 研究題目 | 利用データID | 利用期間 |
|---|---|---|---|---|---|
