NBDC Research ID: hum0218.v1
研究内容の概要
目的： 全身性強皮症の病態に寄与する単球集団の解明
方法： 末梢血から分取した単球のシングルセルRNA-seq
対象： 全身性強皮症
| データID | 内容 | 制限 | 公開日 |
|---|---|---|---|
| E-GEAD-344 | NGS（scRNA-seq） | 非制限公開 | 2020/10/09 |
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分子データ
| 対象 | 抗Sc1-70抗体陽性全身性強皮症（ICD10：M340）：3症例 |
| 規模 | scRNA-seq |
| 対象領域（Target Captureの場合） | - |
| Platform | Illumina [HiSeq] |
| ライブラリソース | 末梢血より単球を分取し、単細胞へ分離した上で抽出したmRNA |
| 検体情報（購入の場合） | - |
| ライブラリ作製方法（キット名） |
SMARTer ICELL8 Reagent 3’ DE Reagent Kit Nextera XT DNA Library Prep Kit |
| 断片化の方法 | Nextera XT DNA Library Prep Kit |
| ライブラリ構築方法 | Paired-end |
| リード長（除：バーコード、アダプタ、プライマー、リンカー） |
Read1：25 bp Read2：100 bp |
| マッピング方法 | STAR（GRCh38） |
| フィルタリング（QC）方法 | プライマー、ポリA,ポリT、 low-quality ends（phred quality score < 25）はCutadaptでトリムした。トリム後にリード長 < 20 塩基のリードを除去した。 |
| 遺伝子数 | 26288 |
| Genomic Expression Archive ID | E-GEAD-344 |
| 総データ量 | 49.6 MB（各遺伝子にマップされたリードのカウントデータ、txt） |
| コメント（利用にあたっての制限事項） | NBDC policy |
提供者情報
研究代表者： 藤尾 圭志
所 属 機 関： 東京大学大学院 医学系研究科 アレルギー・リウマチ学
プロジェクト/研究グループ名： 全身性強皮症患者の遺伝子発現解析
科研費/助成金（Research Project Number）：
| 科研費・助成金名 | タイトル | 研究課題番号 |
|---|---|---|
| 科学研究費助成事業 若手研究（B） | Single-cell RNA-seqによる全身性強皮症の病原的免疫細胞の探索 | 17K16204 |
関連論文
| タイトル | DOI | データID | |
|---|---|---|---|
| 1 | Integrated bulk and single-cell RNA-sequencing identified disease-relevant monocytes and a gene network module underlying systemic sclerosis | doi: 10.1016/j.jaut.2020.102547 |
E-GEAD-344 |
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