研究内容の概要

目的： 免疫細胞における遺伝子発現制御と免疫疾患に対する寄与を解明する

方法： 全身性強皮症21症例、対照健常者13名の末梢血免疫細胞画分を分取し各画分から抽出したtotal RNAを用いたRNA-seqを実施した。

対象： 全身性強皮症、対照健常者

データID	内容	制限	公開日
JGAS000220	NGS（RNA-seq）	制限公開（Type I）	2020/10/09

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分子データ

JGAS000220


対象	全身性強皮症（ICD10：M340）：21症例対照健常者：13名
規模	RNA-seq
対象領域（Target Captureの場合）	-
Platform	Illumina [HiSeq 2500]
ライブラリソース	末梢血免疫細胞19画分（Naive_B, SM_B, USM_B, DN_B, Plasmablast, Th1, Th2, Th17, Tfh, Naive_CD4, Mem_CD4, Fr._II_eTreg, Naive_CD8, Mem_CD8, mDC, pDC, CD16p_Mono, CD16n_Mono, NK）より抽出したtotal RNA
検体情報（購入の場合）	-
ライブラリ作製方法（キット名）	SMART-seq v4 Ultra Low Input RNA Kit
断片化の方法	SMART-seq v4 Ultra Low Input RNA Kit
ライブラリ構築方法	Paired-end
リード長（除：バーコード、アダプタ、プライマー、リンカー）	100 bp
マッピング方法	STAR（hg38）
フィルタリング（QC）方法	アダプター配列及び3’の低クオリティー塩基をトリムした(Phred quality score < 20)。50塩基未満のリード、及び低クオリティーの塩基を多く含むリード(20%を超える塩基で、Phred quality score < 20)を除去した。ユニークマップ率が80%未満、もしくはユニークマップリード数が5.00 x 106未満のサンプルは除去した。同一サブセット内の遺伝子発現の相関係数(Di)を計算した。Diが0.9未満のサンプルは除去した。
遺伝子数	26353
Japanese Genotype-phenotype Archive Data set ID	JGAD000309
総データ量	125 MB（各遺伝子にマップされたリードのカウントデータ、txt）
コメント（利用にあたっての制限事項）	NBDC policy

提供者情報

研究代表者： 藤尾圭志

所属機関： 東京大学大学院医学系研究科アレルギー・リウマチ学

プロジェクト/研究グループ名： 免疫疾患の免疫細胞マルチオミクス解析

URL： http://ryumachi.umin.jp/

科研費/助成金（Research Project Number）：

科研費・助成金名	タイトル	研究課題番号
中外製薬株式会社との共同研究費	-	-

	タイトル	DOI	データID
1	Integrated bulk and single-cell RNA-sequencing identified disease-relevant monocytes and a gene network module underlying systemic sclerosis	doi: 10.1016/j.jaut.2020.102547	JGAD000309 E-GEAD-344
2

制限公開データの利用者一覧

研究代表者	所属機関	利用データID	利用期間

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