NBDC Research ID: hum0196.v1
研究内容の概要
目的： 自殺リスクに関するバイオマーカーの同定と、その臨床応用
方法： 自殺者と非自殺者の網羅的遺伝子多型データを用いたゲノムワイド関連解析
対象： 自殺者746名、非自殺者14,049名（バイオバンクジャパンのデータ）
| データID | 内容 | 制限 | 公開日 |
|---|---|---|---|
| hum0196.v1.gwas.v1 | 自殺者と非自殺者、および自殺時の年齢についてのGWASメタ解析 | 非制限公開 | 2019/12/20 |
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※論文等でデータベースからダウンロードしたデータを含む結果を公表する際には、下記文献を引用いただくか、NBDCヒトデータベースに登録されたデータを利用した旨について謝辞（Acknowledgement）に記載して下さい。記載例はこちら。
分子データ
| 対象 |
【自殺者 （ICD10：X83） vs. 非自殺者】 1st set：自殺者 386例、非自殺対照 7,458例 2nd set：自殺者 360例、非自殺対照 6,591例 計：自殺者 746例、非自殺対照 14,049例 【自殺時の年齢】 1st set：自殺者 366例、2nd set：自殺者 353例 計：自殺者 719例 |
| 規模 | genome wide SNVs |
| 対象領域（Target Captureの場合） | - |
| Platform |
1st set： Illumina [HumanOmniExpress-24 BeadChip] 2nd set： Illumina [HumanOmniExpressExome-8 BeadChip] |
| ソース | 死後組織・末梢血から抽出したgDNA |
| 検体情報（購入の場合） | - |
| 調整試薬（キット名、バージョン） | HumanOmniExpress / OmniExpressExome Beadchip kit |
| 遺伝子型決定アルゴリズム（ソフトウェア） |
minimac [imputation （1000 genomes Phase 3）] GenCall software （GenomeStudio） |
| 関連解析ソフトウェア |
Rvtests software METAL software |
| フィルタリング |
以下のクライテリアに該当するvariantを除外 ・sample call rate < 0.98, SNV call rate < 0.98, MAF < 0.01 ・対照者群で HWE P < 1 x 10-6 ・1st set、2nd setそれぞれにおいて、Imputation quality (Rsq) < 0.7 |
| マーカー数（QC後） |
【自殺者 vs. 非自殺者】 8,381,404 SNPs（hg19） 【自殺時の年齢】 8,555,734 SNPs（hg19） |
| NBDC Dataset ID |
（データのダウンロードは上記Dataset IDをクリックしてください） |
| 総データ量 | 420 MB |
| コメント（利用にあたっての制限事項） | NBDC policy |
提供者情報
研究代表者： 菱本 明豊
所 属 機 関： 神戸大学大学院 医学研究科 精神医学分野
プロジェクト/研究グループ名： -
科研費/助成金（Research Project Number）：
| 科研費・助成金名 | タイトル | 研究課題番号 |
|---|---|---|
| 科学研究費助成事業 基盤研究（B） | ストレス・うつ・自殺ー負のスパイラルを結ぶ分子機構の解明 | 17H04249 |
関連論文
| タイトル | DOI | データID | |
|---|---|---|---|
| 1 | Genome-wide association studies identify polygenic effects for completed suicide in the Japanese population | doi: 10.1038/s41386-019-0506-5 | hum0196.v1.gwas.v1 |
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