NBDC Research ID: hum0188.v1
研究内容の概要
目的： 胃がん細胞株のゲノム解析による治療標的同定
方法： Whole Exome sequecingおよびRNA-seq
対象： 胃がん細胞株OCUM-8, OCUM-9
| データID | 内容 | 制限 | 公開日 |
|---|---|---|---|
| JGAS000179 | NGS（Exome、RNA-seq） | 制限公開（Type I） | 2019/06/28 |
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分子データ
| 対象 | 胃がん細胞株：OCUM-8、OCUM-9 |
| 規模 | Exome |
| 対象領域（Target Captureの場合） | - |
| Platform | Illumina [HiSeq 2500] |
| ライブラリソース | 日本人胃がん細胞株（OCUM-8、OCUM-9）から抽出したDNA |
| 検体情報（購入の場合） | 細胞株は大阪市立大学の八代正和博士より供与された |
| ライブラリ作製方法（キット名） | SureSelect Human All Exon V5 |
| 断片化の方法 | 超音波断片化（Covaris） |
| ライブラリ構築方法 | Paired-end |
| リード長（除：バーコード、アダプタ、プライマー、リンカー） | 103 bp / 104 bp |
| Japanese Genotype-phenotype Archive Dataset ID | JGAD000260 |
| 総データ量 | 95 GB（fastq、bam [ref：hg38]） |
| コメント（利用にあたっての制限事項） | NBDC policy |
| 対象 | 胃がん細胞株：OCUM-8、OCUM-9 |
| 規模 | RNA-seq |
| 対象領域（Target Captureの場合） | - |
| Platform | Illumina [HiSeq 2500] |
| ライブラリソース | 日本人胃がん細胞株（OCUM-8、OCUM-9）から抽出したRNA |
| 検体情報（購入の場合） | 細胞株は大阪市立大学の八代正和博士より供与された |
| ライブラリ作製方法（キット名） | NEBNext Ultra Directional RNA Library Prep Kit |
| 断片化の方法 | 熱処理 |
| ライブラリ構築方法 | Paired-end |
| リード長（除：バーコード、アダプタ、プライマー、リンカー） | 103 bp |
| Japanese Genotype-phenotype Archive Dataset ID | JGAD000260 |
| 総データ量 | 95 GB（fastq、bam [ref：hg38]） |
| コメント（利用にあたっての制限事項） | NBDC policy |
提供者情報
研究代表者： 間野 博行
所 属 機 関： 国立がん研究センター研究所細胞情報学分野
プロジェクト/研究グループ名： -
科研費/助成金（Research Project Number）：
| 科研費・助成金名 | タイトル | 研究課題番号 |
|---|---|---|
| 日本医療研究開発機構（AMED） 革新的先端研究開発支援事業 インキュベートタイプ（LEAP） | がん治療標的探索プロジェクト | JP17am0001001 |
関連論文
| タイトル | DOI | データID | |
|---|---|---|---|
| 1 | Identification of candidates for driver oncogenes in scirrhous-type gastric cancer cell lines. | doi: 10.1111/cas.14111 | JGAD000260 |
| 2 |
制限公開データの利用者一覧
| 研究代表者 | 所属機関 | 国・州名 | 研究題目 | 利用データID | 利用期間 |
|---|---|---|---|---|---|
| 浜田 道昭 | 早稲田大学 理工学術院 | 日本 | RNA標的創薬データベースの構築 | JGAD000260 | 2022/12/26-2025/03/31 |
