NBDC Research ID: hum0187.v2

 

研究内容の概要

目的: 肝細胞がんゲノムへのウイルスゲノム挿入部位解析

方法: ウイルスキャプチャーシーケンス(NGS)、Exome(NGS)、RNA-seq(NGS)、DNA_methylation(Infinium450K)

対象: 肝細胞がん 243+160症例

URL: https://www.genome.rcast.u-tokyo.ac.jp/B型肝炎ウイルス(hbv)感染歴のある患者での肝細/

 

データID内容制限公開日
JGAS000194 NGS(Target Capture 制限公開(Type I) 2020/05/12
JGAS000233 NGS(ExomeRNA-seq)、Methylation array 制限公開(Type I) 2021/05/31

※リリース情報はこちら

※制限公開データの利用にあたっては、利用申請が必要です。申請方法はこちら

 

分子データ

Target Capture

対象

肝細胞がん(ICD10:C220):243症例

 腫瘍組織:243検体

 非腫瘍組織:59検体

規模 Target Capture
対象領域(Target Captureの場合) Virus integration site(ウイルス配列と、ウイルスのヒト融合配列、および非特異的に生じるウイルス以外のヒト配列を含む)
Platform Illumina [MiSeq]
ライブラリソース 肝がんの手術摘出組織の腫瘍組織および非腫瘍組織(腫瘍組織の周辺組織)から抽出したgDNA
検体情報(購入の場合) -
ライブラリ作製方法(キット名) Agilent SureSelect XT custom kit
断片化の方法 超音波断片化(Covaris)
ライブラリ構築方法 Paired-end
リード長(除:バーコード、アダプタ、プライマー、リンカー) 約200 bp
Japanese Genotype-phenotype Archive Dataset ID JGAD000277
総データ量 640 GB(fastq)
コメント(利用にあたっての制限事項) NBDC policy

 

Exome

対象

肝細胞がん(ICD10:C220):160症例

 腫瘍組織:160検体

 非腫瘍組織:160検体

規模 Exome
対象領域(Target Captureの場合) -
Platform Illumina [HiSeq 2500]
ライブラリソース 腫瘍組織および非腫瘍組織から抽出したDNA
検体情報(購入の場合) -
ライブラリ作製方法(キット名) SeqCap EZ HGSC VCRome2.1 design1(42 Mb, NimbleGen)、SureSelect Human All Exon Kit V4/V5(Agilent Technologies)
断片化の方法 超音波断片化(Covaris S2)
ライブラリ構築方法 Paired-end
リード長(除:バーコード、アダプタ、プライマー、リンカー) 100 bp
Japanese Genotype-phenotype Archive Dataset ID JGAD000328
総データ量 7 TB(fastq、bam)
コメント(利用にあたっての制限事項) NBDC policy

 

RNA-seq

対象

肝細胞がん(ICD10:C220):160症例

 腫瘍組織:160検体

 非腫瘍組織:31検体

規模 RNA-seq
対象領域(Target Captureの場合) -
Platform Illumina [HiSeq 2500]
ライブラリソース 腫瘍組織および非腫瘍組織から抽出したRNA
検体情報(購入の場合) -
ライブラリ作製方法(キット名) TruSeq Stranded mRNA
断片化の方法 上記キットに準拠
ライブラリ構築方法 Paired-end
リード長(除:バーコード、アダプタ、プライマー、リンカー) 100 bp
Japanese Genotype-phenotype Archive Dataset ID JGAD000329
総データ量 7 TB(fastq、bam)
コメント(利用にあたっての制限事項) NBDC policy

 

Methylation array

対象

肝細胞がん(ICD10:C220):160症例

 腫瘍組織:160検体

 非腫瘍組織:28検体

規模 メチル化アレイ
対象領域(Target Captureの場合) -
Platform Illumina [Infinium Human Methylation 450K BeadChip]
ソース 腫瘍組織および非腫瘍組織から抽出したDNA
検体情報(購入の場合) -
調整試薬(キット名、バージョン) Infinium HumanMethylation450 BeadChip
メチル化率決定アルゴリズム(ソフトウェア) Genome Studio
フィルタリング -
プローブ数(QC後) 485,577 methylation sites
Japanese Genotype-phenotype Archive Dataset ID JGAD000330
総データ量 7 TB(txt)
コメント(利用にあたっての制限事項) NBDC policy

 

提供者情報

研究代表者: 油谷 浩幸

所 属 機 関: 東京大学先端科学技術研究センター

プロジェクト/研究グループ名: ゲノムサイエンス分野

URL: https://www.genome.rcast.u-tokyo.ac.jp/ja/research

科研費/助成金(Research Project Number):

科研費・助成金名タイトル研究課題番号
日本医療研究開発機構(AMED) 医療機器開発推進研究事業 肝臓癌の術後生存率を高め、医療費低減を可能とする人工知能・質量分析診断支援装置の治験 JP19hk0102049
日本医療研究開発機構(AMED) 革新的がん医療実用化研究事業 国際共同研究に資する日本人難治性がん・生活習慣病関連がん大規模統合ゲノミクス解析と国際コンソーシアムでのデータ共有による国際貢献 JP19ck0106265
日本医療研究開発機構(AMED) 肝炎等克服緊急対策研究事業 ウイルス性肝疾患を含む代謝関連肝がん発生の病態解明に関する研究 JP19fk0210040
科学研究費助成事業 基盤研究(C) がんゲノム解析で残された微小コピー数変化の検出とその意義の解明 17K07195

 

関連論文

タイトルDOIデータID
1 Impact of AAV2 and Hepatitis B Virus Integration Into Genome on Development of Hepatocellular Carcinoma in Patients with Prior Hepatitis B Virus Infection doi: 10.1158/1078-0432.CCR-18-4041 JGAD000277
2 Accumulation of Molecular Aberrations Distinctive to Hepatocellular Carcinoma Progression doi: 10.1158/0008-5472.CAN-20-0225

JGAD000328

JGAD000329

JGAD000330

 

制限公開データの利用者一覧

研究代表者所属機関国・州名研究題目利用データID利用期間
河野 隆志 国立研究開発法人国立がん研究センター研究所 ゲノム生物学研究分野 AYA (Adolescence and Young Adult) 世代がんの個別化予防に資する遺伝要因の同定を目指す研究 JGAD000277, JGAD000328, JGAD000329, JGAD000330 2021/11/29-2025/03/31
Jinyan Huang Zhejiang University School of Medicine Comprehensive analysis of alternative splicing in malignant tumors JGAD000277 2022/03/07-2024/01/01
浜田 道昭 早稲田大学 理工学術院 日本 RNA標的創薬データベースの構築 JGAD000329 2022/12/26-2025/03/31
Jian Cao Rutgers Cancer Institute of New Jersey, Rutgers, The State University of New Jersey アメリカ合衆国 Analyzing oncovirus in NBDC tumor sequencing data JGAD000277,
JGAD000328,
JGAD000329,
JGAD000330
2023/01/11-2025/12/31