研究内容の概要

目的：全ゲノムシークエンスによる構造異常の包括的解析

方法：長鎖一分子シークエンサー（nanopore）による全ゲノムシークエンス

対象：

① 国際がんゲノムコンソーシアム（ICGC）の際に収集した日本人肝臓がん１症例（RK067）（hum0158）の末梢血（正常細胞）由来DNA

② HapMap日本人（NA18943）のDNA

データID	内容	制限	公開日
JGAS000180	NGS（WGS）：RK067	制限公開（Type I）	2019/06/20
DRA008482	NGS（WGS）：NA18943	非制限公開	2019/06/20

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分子データ


対象	① RK067（ICGC日本人肝臓がん症例の正常細胞） ② NA18943（HapMap検体）
規模	WGS
対象領域（Target Captureの場合）	-
Platform	Nanopore［MinION］
ライブラリソース	① 肝臓がん患者の末梢血（正常組織）から抽出したDNA ② HapMap DNA検体
検体情報（購入の場合）	https://www.coriell.org/0/Sections/Search/Sample_Detail.aspx?Ref=NA18943&Product=DNA
ライブラリ作製方法（キット名）	1D Ligation Sequencing Kit（Cat#SQK-LSK108）
断片化の方法	g-TUBE（Covaris）
ライブラリ構築方法	Single-end
リード長（除：バーコード、アダプタ、プライマー、リンカー）	① 7463 bp ② 3479 bp
Japan Genotype-Phenotype Archive Data Set ID / DDBJ Sequence Read Archive ID	① JGAD000261 ② DRA008482
総データ量	① 128 GB（fastq） ② 79.7 GB (fastq)
コメント（利用にあたっての制限事項）	NBDC policy

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研究代表者： 藤本明洋

所属機関： 京都大学大学院医学研究科創薬医学講座

プロジェクト/研究グループ名：国立研究開発法人日本医療研究開発機構ゲノム医療実現推進プラットフォーム事業「先端ゲノム研究開発」プロジェクト

科研費/助成金（Research Project Number）：

科研費・助成金名	タイトル	研究課題番号
日本医療研究開発機構（AMED）ゲノム医療実現推進プラットフォーム事業	先進的シークエンス情報解析技術基盤の開発	18km0405207h0003

研究代表者	所属機関	利用データID	利用期間

	タイトル	DOI	データID
1	投稿中
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