NBDC Research ID: hum0147.v3
研究内容の概要
目的： 制御性T細胞（Treg）特異的エピゲノムの解析、ならびに、がん、自己免疫疾患における免疫担当細胞の解析
方法： RNA-seq、ChIP-seq、PBAT-seq、ATAC-seq、single cell RNA-seq、bulk RNA-seq
対象： 健常人4名（STR1、STR5、STR6、BDR1）、がん患者7＋3症例
| データID | 内容 | 制限 | 公開日 |
|---|---|---|---|
| JGAS000145 | 制限公開（Type I） | 2020/05/25 | |
| JGAS000312 | 制限公開（Type I） | 2022/02/18 | |
| JGAS000454 | NGS（bulk RNA-seq） | 制限公開（Type I） | 2023/05/08 |
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分子データ
| 対象 | 健常人：2名（STR1、STR5） |
| 規模 | RNA-seq |
| 対象領域（Target Captureの場合） | - |
| Platform | Thermo Fisher Scientific [Ion S5] |
| ライブラリソース |
健常人末梢血下記５分画から抽出したRNA ・Fraction 1：naive Treg ・Fraction 2：effector Treg ・Fraction 3：Foxp3+ effector conventional T cells ・Fraction 5：effector conventional T cells ・Fraction 6：naive T cells |
| 検体情報（購入の場合） | - |
| ライブラリ作製方法（キット名） | KAPA Library Preparation Kit |
| 断片化の方法 | KAPA Frag |
| ライブラリ構築方法 | Single-end |
| リード長（除：バーコード、アダプタ、プライマー、リンカー） | 平均 150 bp |
| Japanese Genotype-phenotype Archive Dataset ID | JGAD000214 |
| 総データ量 | 1.6 TB（fastq） |
| コメント（利用にあたっての制限事項） | NBDC policy |
| 対象 | 健常人：1名（STR1） |
| 規模 | ChIP-seq |
| 対象領域（Target Captureの場合） | - |
| Platform | Thermo Fisher Scientific [Ion S5] |
| ライブラリソース |
健常人末梢血下記５分画から抽出したDNAに対し、抗ヒストン抗体（H3K27ac）を用いて免疫沈降 ・Fraction 1：naive Treg ・Fraction 2：effector Treg ・Fraction 3：Foxp3+ effector conventional T cells ・Fraction 5：effector conventional T cells ・Fraction 6：naive T cells |
| 検体情報（購入の場合） | - |
| ライブラリ作製方法（キット名） | KAPA Library Preparation Kit |
| 断片化の方法 | Branson model1250D |
| ライブラリ構築方法 | Single-end |
| リード長（除：バーコード、アダプタ、プライマー、リンカー） | 平均150 bp |
| Japanese Genotype-phenotype Archive Dataset ID | JGAD000214 |
| 総データ量 | 1.6 TB（fastq） |
| コメント（利用にあたっての制限事項） | NBDC policy |
| 対象 | 健常人：4名（STR1、STR5、STR6、BDR1） |
| 規模 | PBAT-seq |
| 対象領域（Target Captureの場合） | - |
| Platform | Illumina [HiSeq 2500/NovaSeq 6000] |
| ライブラリソース |
健常人末梢血下記５分画から抽出したDNA ・Fraction 1：naive Treg ・Fraction 2：effector Treg ・Fraction 3：Foxp3+ effector conventional T cells ・Fraction 5：effector conventional T cells ・Fraction 6：naive T cells |
| 検体情報（購入の場合） | - |
| ライブラリ作製方法（キット名） | EZ DNAMethylation-Gold Kit ver.2.1.3, ACCEL-NGS METHYL-SEQ DNA LIBRARY KIT ver3.0 |
| 断片化の方法 | ACCEL-NGS METHYL-SEQ DNA LIBRARY KIT ver3.0 |
| ライブラリ構築方法 | Paired-end and Single-end |
| リード長（除：バーコード、アダプタ、プライマー、リンカー） | 100bp, 150bp |
| Japanese Genotype-phenotype Archive Dataset ID | JGAD000214 |
| 総データ量 | 1.6 TB（fastq, tab [ref: GRCh38]） |
| コメント（利用にあたっての制限事項） | NBDC policy |
| 対象 | 健常人：2名（STR1、STR5） |
| 規模 | ATAC-seq |
| 対象領域（Target Captureの場合） | - |
| Platform | Thermo Fisher Scientific [Ion S5] |
| ライブラリソース |
健常人末梢血下記５分画から抽出したDNA ・Fraction 1：naive Treg ・Fraction 2：effector Treg ・Fraction 3：Foxp3+ effector conventional T cells ・Fraction 5：effector conventional T cells ・Fraction 6：naive T cells |
| 検体情報（購入の場合） | - |
| ライブラリ作製方法（キット名） | KAPA Library Preparation Kit |
| 断片化の方法 | - |
| ライブラリ構築方法 | Single-end |
| リード長（除：バーコード、アダプタ、プライマー、リンカー） | 平均150 bp |
| Japanese Genotype-phenotype Archive Dataset ID | JGAD000214 |
| 総データ量 | 1.6 TB（fastq） |
| コメント（利用にあたっての制限事項） | NBDC policy |
| 対象 |
健常人：1名（STR5） がん：5症例 膀胱がん（ICD10：C67）、大腸がん（ICD10：C20）、腎がん（ICD10：C64）、肺がん（ICD10：C34.3）、卵巣がん（ICD10：C56） |
| 規模 | scRNA-seq |
| 対象領域（Target Captureの場合） | - |
| Platform | Illumina [HiSeq 3000] |
| ライブラリソース | 健常人末梢血T細胞およびがん患者腫瘍浸潤T細胞から抽出したRNA |
| 検体情報（購入の場合） | - |
| ライブラリ作製方法（キット名） | BD Rhapsody Targeted mRNA kits |
| 断片化の方法 | - |
| ライブラリ構築方法 | Paired-end |
| リード長（除：バーコード、アダプタ、プライマー、リンカー） | 100 bp |
| Japanese Genotype-phenotype Archive Dataset ID | JGAD000423 |
| 総データ量 | 279.9 GB（fastq、csv） |
| コメント（利用にあたっての制限事項） | NBDC policy |
| 対象 |
腎がん（ICD10：C64）：2症例 末梢血T細胞：各6分画（Fr1, Fr2, Fr3, Fr4, Fr5, Fr6） 腫瘍浸潤T細胞：各4分画（Fr2, Fr3, Fr4, Fr5） 肺がん（ICD10：C34）：3症例 腫瘍浸潤T細胞：各2分画 |
| 規模 | bulk RNA-seq |
| 対象領域（Target Captureの場合） | - |
| Platform | Illumina [HiSeq 2500/4000] |
| ライブラリソース | 末梢血T細胞分画および腫瘍浸潤T細胞分画から抽出したRNA |
| 検体情報（購入の場合） | - |
| ライブラリ作製方法（キット名） | KAPA Hyper Prep Kit |
| 断片化の方法 | KAPA Frag |
| ライブラリ構築方法 | Paired-end |
| リード長（除：バーコード、アダプタ、プライマー、リンカー） | 100 bp |
| Japanese Genotype-phenotype Archive Dataset ID |
腎がん：JGAD000423 肺がん：JGAD000571 |
| 総データ量 |
JGAD000423：279.9 GB（fastq） JGAD000571：7.6 GB（fastq） |
| コメント（利用にあたっての制限事項） | NBDC policy |
提供者情報
研究代表者： 坂口 志文
所 属 機 関： 大阪大学 免疫学フロンティア研究センター 実験免疫学
プロジェクト/研究グループ名：-
科研費/助成金（Research Project Number）：
| 科研費・助成金名 | タイトル | 研究課題番号 |
|---|---|---|
| 科学研究費助成事業 基盤研究（B） | 制御性T細胞の分化に必須な特異的エピゲノム形成機構の解明 | 15H04744 |
| 科学研究費助成事業 特別推進研究 | 制御性T細胞による免疫応答制御の包括的研究 | 16H06295 |
| 日本医療研究開発機構 革新的先端研究開発支援事業（AMED-CREST） | 制御性T細胞による慢性炎症制御技術の開発 | JP17gm0410016 |
| 日本医療研究開発機構 革新的先端研究開発支援事業インキュベートタイプ（AMED-LEAP） | 制御性T細胞を標的とした免疫応答制御技術に関する研究開発 | JP18gm0010005 |
関連論文
| タイトル | DOI | データID | |
|---|---|---|---|
| 1 | Regulatory T Cell-Specific Epigenomic Region Variants Are a Key Determinant of Susceptibility to Common Autoimmune Diseases | doi: 10.1016/j.immuni.2020.04.006 | JGAD000214 |
| 2 | CCR8-targeted specific depletion of clonally expanded Treg cells in tumor tissues evokes potent tumor immunity with long-lasting memory | doi: 10.1073/pnas.2114282119 | JGAD000423 |
制限公開データの利用者一覧
| 研究代表者 | 所属機関 | 国・州名 | 研究題目 | 利用データID | 利用期間 |
|---|---|---|---|---|---|
| 浜田 道昭 | 早稲田大学 理工学術院 | 日本 | RNA標的創薬データベースの構築 | JGAD000214 | 2022/12/26-2025/03/31 |
| 高地 雄太 | 東京医科歯科大学 難治疾患研究所 ゲノム機能多様性分野 | 日本 | 機能性遺伝子多型の網羅的解析を介した多因子疾患の病態解明 | JGAD000214 | 2023/04/10-2024/03/31 |
