NBDC Research ID: hum0136.v2
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研究内容の概要
目的： B型肝炎ワクチンの効果に関連する宿主遺伝因子の同定
方法： ゲノムワイド関連解析
対象： 日本人B型肝炎ワクチン（ビームゲン）接種者1,193例、日本人B型肝炎ワクチン（ヘプタバックス）接種者555例
URL： http://www.ncgmkohnodai.go.jp/genome/genome_ds/index.html
| データID | 内容 | 制限 | 公開日 |
|---|---|---|---|
| hum0136.v1.gwas.v1 | 日本人B型肝炎ワクチン（ビームゲン）接種者1,193名のGWAS統計情報 | 非制限公開 | 2018/05/22 |
| hum0136.v2.hep-gwas.v1 | 日本人B型肝炎ワクチン（ヘプタバックス）接種者555名のGWAS統計情報 | 非制限公開 | 2021/03/05 |
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※論文等でデータベースからダウンロードしたデータを含む結果を公表する際には、下記文献を引用いただくか、NBDCヒトデータベースに登録されたデータを利用した旨について謝辞（Acknowledgement）に記載して下さい。記載例はこちら。
分子データ
| 対象 |
日本人B型肝炎ワクチン（ビームゲン）接種者（Total：1,193名） ・ワクチン低反応群（107名、HBsAb 10mIU/mL以下） ・ワクチン中反応群（351名、HBsAb 10mIU/mL超、100 mIU/mL以下） ・ワクチン高反応群（735名、HBsAb 100mIU/mL超） 日本人B型肝炎ワクチン（ビームゲン）接種者（30歳未満：864名） ・ワクチン低反応群（56名、HBsAb 10mIU/mL以下） ・ワクチン中反応群（226名、HBsAb 10mIU/mL超、100 mIU/mL以下） ・ワクチン高反応群（582名、HBsAb 100mIU/mL超） |
| 規模 | genome wide SNPs |
| 対象領域（Target Captureの場合） | - |
| Platform | Affymetrix [Axiom Genome-Wide ASI 1 Array] |
| ソース | 末梢血から抽出したDNA |
| 検体情報（購入の場合） | - |
| 調整試薬（キット名、バージョン） | Affymetrix AXIOM 2.0 Reagent Kit |
| 遺伝子型決定アルゴリズム（ソフトウェア） | GenCall software（Genotyping Console ver. 4.2.0.26） |
| フィルタリング |
overall call rate < 0.95、SNP call rate < 0.95、 HWE P < 0.001、MAF < 0.05、Regression P < 0.05 |
| マーカー数（QC後） |
① 低反応群：0、中反応群：1、高反応群：2、とした回帰分析（年齢・性別で補正） ➡ 22,044 SNPs（hg19）[Figure 2] ② 30歳未満のみを対象とした、低反応群：0、中反応群：1、高反応群：2、とした回帰分析（年齢・性別で補正） ➡ 21,580 SNPs（hg19）[Supplementary Figure 4] ③ 低反応群：0、高反応群：1、とした回帰分析（年齢・性別で補正） ➡ 23,765 SNPs（hg19）[Supplementary Figure 5] |
| NBDC Dataset ID |
（データのダウンロードは上記Dataset IDをクリックしてください） |
| 総データ量 | 7.3 MB |
| コメント（利用にあたっての制限事項） | NBDC policy |
| 対象 |
日本人B型肝炎ワクチン（ヘプタバックス）接種者（Total：555名） ・ワクチン低反応群（66名、HBsAb 10mIU/mL以下） ・ワクチン中反応群（184名、HBsAb 10mIU/mL超、100 mIU/mL以下） ・ワクチン高反応群（305名、HBsAb 100mIU/mL超） |
| 規模 | genome wide SNPs |
| 対象領域（Target Captureの場合） | - |
| Platform | Affymetrix [Axiom Genome-Wide ASI 1 Array] |
| ソース | 末梢血から抽出したDNA |
| 検体情報（購入の場合） | - |
| 調整試薬（キット名、バージョン） | Affymetrix AXIOM 2.0 Reagent Kit |
| 遺伝子型決定アルゴリズム（ソフトウェア） | GenCall software（Genotyping Console ver. 4.2.0.26） |
| フィルタリング |
overall call rate < 0.95、SNP call rate < 0.95、 HWE P < 0.001、MAF < 0.05、Regression P < 0.05 |
| マーカー数（QC後） |
① 日本人ヘプタバックス接種者におけるワクチン低反応群（n=66）とワクチン反応群（n=489）を比較したGWAS結果（Imputation後） ➡ 279,671 SNPs（hg19）[Figure1a] ② 日本人ヘプタバックス接種者におけるワクチン低反応群（n=66）とワクチン高反応群（n=305）を比較したGWAS結果（Imputation後） ➡ 292,028 SNPs（hg19）[Figure1b] ③ 日本人ヘプタバックス接種者におけるワクチン低反応群（n=66）とワクチン反応群（n=489）を比較したGWAS結果（Imputation前） ➡ 22,770 SNPs（hg19）[Supplementary Figure 1a] ④ 日本人ヘプタバックス接種者におけるワクチン低反応群（n=66）とワクチン高反応群（n=305）を比較したGWAS結果（Imputation前） ➡ 23,717 SNPs（hg19）[Supplementary Figure 1b] ⑤ 日本人ヘプタバックス接種者およびビームゲン接種者におけるワクチン低反応群（n=66+107）とワクチン反応群（n=489+1086）を比較したGWAS結果（Imputation後） ➡ 310,312 SNPs（hg19）[Supplementary Figure 2a] ⑥ 日本人ヘプタバックス接種者およびビームゲン接種者におけるワクチン低反応群（n=66+107）とワクチン反応群（n=305+735）を比較したGWAS結果（Imputation後） ➡ 317,176 SNPs（hg19）[Supplementary Figure 2b] ⑦ 日本人ヘプタバックス接種者におけるワクチン低反応群（n=66）と日本人ビームゲン接種者におけるワクチン低反応群（n=107）を比較したGWAS結果（Imputation後） ➡ 285,687 SNPs（hg19）[Supplementary Figure 3a] ⑧ 日本人ヘプタバックス接種者におけるワクチン中反応群（n=184）と日本人ビームゲン接種者におけるワクチン中反応群（n=351）を比較したGWAS結果（Imputation後） ➡ 312,192 SNPs（hg19）[Supplementary Figure 3b] ⑨ 日本人ヘプタバックス接種者におけるワクチン高反応群（n=305）と日本人ビームゲン接種者におけるワクチン高反応群（n=735）を比較したGWAS結果（Imputation後） ➡ 321,074 SNPs（hg19）[Supplementary Figure 3c] |
| NBDC Dataset ID |
（データのダウンロードは上記Dataset IDをクリックしてください） |
| 総データ量 | 500 MB |
| コメント（利用にあたっての制限事項） | NBDC policy |
提供者情報
研究代表者： 溝上 雅史
所 属 機 関： 国立国際医療研究センター
プロジェクト/研究グループ名： ゲノム医科学プロジェクト
URL： http://www.ncgmkohnodai.go.jp/genome/index.html
科研費/助成金（Research Project Number）：
| 科研費・助成金名 | タイトル | 研究課題番号 |
|---|---|---|
| 日本医療研究開発機構（AMED）臨床ゲノム情報統合データベース整備事業 | B型肝炎に関する統合的臨床ゲノムデータベースの構築を目指す研究 | JP16kk0205007 |
| 日本医療研究開発機構（AMED）肝炎等克服緊急対策研究事業 | ゲノム網羅的解析によるB型肝炎ウイルス感染の病態関連遺伝子の同定と新規診断法の開発 | 16fk021010h0001 |
| 日本医療研究開発機構（AMED）B型肝炎創薬実用化等研究事業 | B型肝炎ウイルス排除、慢性化および肝発がんの機序解明を目指す研究 | JP17fk0310115 |
| 科学研究費助成事業 基盤研究（C） | B型慢性肝炎とHLA class II遺伝子との関連の包括的理解を目指す研究 | 16K09387 |
| 日本医療研究開発機構（AMED）肝炎等克服緊急対策研究事業 | B型肝炎ウイルスおよびヒトゲノムの解析に基づくクリニカルシークエンスに向けた研究 | JP20fk0210056 |
関連論文
| タイトル | DOI | データID | |
|---|---|---|---|
| 1 | Key HLA‐DRB1‐DQB1 haplotypes and role of the BTNL2 gene for response to a hepatitis B vaccine | doi: 10.1002/hep.29876 | hum0136.v1.gwas.v1 |
| 2 | Importance of HBsAg recognition by HLA molecules as revealed by responsiveness to different hepatitis B vaccines | doi: 10.1038/s41598-021-82986-8 | hum0136.v2.hep-gwas.v1 |
