BDC Research ID: hum0116.v2
研究内容の概要
目的： 本研究の目的は、マウスモデルからヒト疾患への応用のギャップを埋めることである。ヒト造血幹細胞およびヒト疾患由来幹細胞を免疫不全マウスに移植することで、ヒトの病態を再現するモデルを作製し、
・ヒト急性骨髄性白血病（acute myelogenous leukemia：AML）関連遺伝子変異を同定する。
・AMLとキメラ抗原受容体（CAR）T細胞療法の開発に焦点を当て、ケモカイン受容体CXCR4の強制発現が、CAR-T細胞の記憶獲得と長期的持続性を促進し、白血病に対する治療効果および耐久性を高めることを明らかにする。
方法： Target Captureシークエンシング（Acute Myeloid Leukemia Cancer Panel、ならびに、41遺伝子）、シングルセルRNAシークエンシング
対象：
【Target Capture】 AML症例より採取した白血病幹細胞、ならびに、白血病幹細胞を輸注した免疫不全マウスの内、白血病を発症したヒト化マウスから採取したヒト白血病細胞
【scRNA-seq】純化したAML1症例の白血病細胞を移植した10匹のPDXマウスより収集したヒト臍帯血由来CAR-T細胞（CXCR4強制発現あり／なし）およびAML患者由来白血病細胞
URL： http://www.riken.jp/research/labs/ims/hum_dis_model/
| データID | 内容 | 制限 | 公開日 |
|---|---|---|---|
| JGAS000122 | 制限公開（Type I） | 2020/11/20 | |
| JGAS000848 | NGS（single cell RNA-seq） | 制限公開（Type I） | 2025/12/04 |
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分子データ
Target Capture：AML Cancer Panel
| 対象 |
AML（ICD10：C920）：19症例 白血病幹細胞33検体、Pre-白血病幹細胞2検体、T細胞6検体、B細胞2検体（計43検体） 19症例のうち12症例の白血病幹細胞を輸注した免疫不全マウス（ヒト化マウス）の内、白血病を発症したヒト化マウス37匹から採取したヒト白血病細胞37検体 |
| 規模 | Target Capture |
| 対象領域（Target Captureの場合） | xGen® Acute Myeloid Leukemia Cancer Panel |
| Platform | Illumina [HiSeq 1500] |
| ライブラリソース |
白血病幹細胞、Pre-白血病幹細胞、T細胞、B細胞から抽出したDNA 白血病幹細胞を輸注した免疫不全マウス（ヒト化マウス）の内、白血病を発症したヒト化マウスから採取したヒト白血病細胞から抽出したDNA |
| 検体情報（購入の場合） | - |
| ライブラリ作製方法（キット名） |
KAPA Hyper Prep kit xGen@ Acute Myeloid Leukemia Cancer Panel |
| 断片化の方法 | - |
| ライブラリ構築方法 | Single-end |
| リード長（除：バーコード、アダプタ、プライマー、リンカー） | 50 bp |
| Japanese Genotype-phenotype Archive Dataset ID | JGAD000133 |
| 総データ量 | 423 GB（fastq） |
| コメント（利用にあたっての制限事項） | NBDC policy |
| 対象 |
AML（ICD10：C920）：106症例 ①AML患者の末梢血（白血病細胞）45検体 ②AML患者の骨髄液（白血病細胞）19検体 ③AML患者の検体（末梢血もしくは骨髄液の白血病細胞）もしくはヒト白血病細胞を移植後に白血病を発症した免疫不全マウスの検体（脾臓もしくは骨髄液から分離したヒト白血病細胞）を免疫不全マウスに移植し、白血病を発症したマウスの脾臓（ヒト白血病細胞）6検体 ④AML患者の検体（末梢血もしくは骨髄液の白血病細胞）もしくはヒト白血病細胞を移植後に白血病を発症した免疫不全マウスの検体（脾臓もしくは骨髄液から分離したヒト白血病細胞）を免疫不全マウスに移植し、白血病を発症したマウスの骨髄液（ヒト白血病細胞）36検体 |
| 規模 | Target Capture |
| 対象領域（Target Captureの場合） | 41遺伝子（NRAS, KRAS, FLT3, TP53, NPM1, KIT, IDH1, IDH2, SF3B1, U2AF1, TET2, DNMT3A, ASXL1, ASXL2, BCOR, RUNX1, KMT2A(MLL), WT1(WT-1), GATA2, STAG2, RAD21, SMC1A, SMC3, MPL, NF1, PTPN11, CSF3R, CBL, CEBPA, SRSF2, DHX15, ZRSR2, EZH2, SETBP1, KDM6A, ETV6, CUX1, PHF6, MGA, ZBTB7A, PPM1D）の翻訳領域 |
| Platform | Illumina [HiSeq 2500] |
| ライブラリソース |
AML患者の末梢血または骨髄液（白血病細胞）から抽出したDNA AML患者の検体（末梢血もしくは骨髄液の白血病細胞）もしくはヒト白血病細胞を移植後に白血病を発症した免疫不全マウスの検体（脾臓もしくは骨髄液から分離したヒト白血病細胞）を免疫不全マウスに移植し、白血病を発症したマウスの脾臓または骨髄液（ヒト白血病細胞）から抽出したDNA |
| 検体情報（購入の場合） | - |
| ライブラリ作製方法（キット名） | multiplex PCR + 2nd PCR |
| 断片化の方法 | - |
| ライブラリ構築方法 | Paired-end |
| リード長（除：バーコード、アダプタ、プライマー、リンカー） | 151 bp |
| Japanese Genotype-phenotype Archive Dataset ID | JGAD000355 |
| 総データ量 | 23 GB（fastq） |
| コメント（利用にあたっての制限事項） | NBDC policy |
| 対象 |
AML（ICD10：C920）1症例の純化した白血病細胞を移植した10匹のPDXマウスに健常ドナー5名の臍帯血由来CAR-T細胞（CXCR4強制発現あり／なし：計10種）を投与し、2.5週間後（肝臓・脾臓）、4週間もしくは5ヶ月後（骨髄）に各組織よりセルソータにて回収した CART-T細胞（健常ドナー5名由来、肝臓・脾臓・骨髄）：12検体 白血病細胞（AML1症例由来、肝臓・脾臓のみ）：6検体 |
| 規模 | scRNA-seq |
| 対象領域（Target Captureの場合） | - |
| Platform | Illumina [NovaSeq 6000] |
| ライブラリソース | CART-T細胞および白血病細胞から抽出したRNA |
| 検体情報（購入の場合） | - |
| ライブラリ作製方法（キット名） | Chromium Next GEM Single Cell 5' Kit v2 |
| 断片化の方法 | 上記キットに準拠 |
| ライブラリ構築方法 | Paired-end |
| リード長（除：バーコード、アダプタ、プライマー、リンカー） | 150 bp |
| Japanese Genotype-phenotype Archive Dataset ID | JGAD000990 |
| 総データ量 | 1.2 TB（fastq） |
| コメント（利用にあたっての制限事項） | NBDC policy |
提供者情報
研究代表者： 石川 文彦
所 属 機 関： 理化学研究所統合生命医科学センター・ヒト疾患モデル研究チーム
プロジェクト/研究グループ名： 白血病再発克服プロジェクト
科研費/助成金（Research Project Number）：
| 科研費・助成金名 | タイトル | 研究課題番号 |
|---|---|---|
関連論文
| タイトル | DOI | データID | |
|---|---|---|---|
| 1 | Overcoming mutational complexity in acute myeloid leukemia by inhibition of critical pathways | doi: 10.1126/scitranslmed.aao1214 | JGAD000133 |
| 2 | Combined inhibition of XIAP and BCL2 drives maximal therapeutic efficacy in genetically diverse aggressive Acute Myeloid Leukemia | doi: 10.1038/s43018-021-00177-w | JGAD000355 |
制限公開データの利用者一覧
| 研究代表者 | 所属機関 | 国・州名 | 研究題目 | 利用データID | 利用期間 |
|---|---|---|---|---|---|
