hum0111 リリース情報
| Research ID | 公開日 | 内容 |
|---|---|---|
| hum0111.v3 | 2021/02/19 | NGS（Amplicon-seq） |
| hum0111.v2 | 2019/05/31 | NGS（Amplicon-seq） |
| hum0111.v1 | 2017/07/31 | NGS（RNA-seq、Amplicon-seq） |
hum0111.v3
胃がん102症例の腫瘍組織と非腫瘍組織から抽出したRNAを用いたAmplicon-seq（IgHV、IgKV、IgLV遺伝子のV領域からC領域）の結果を、fastqファイルにて提供する。PCRによりライブラリ作製後、MiSeq（Illumina）にて平均長300 bp x 2を読んだ（Paired-end）。
hum0111.v2
胃がん60症例の腫瘍組織と非腫瘍組織から抽出したRNAを用いたAmplicon-seq（IgVH遺伝子のV領域からC領域）の結果を、fastqファイルにて提供する。PCRによりライブラリ作製後、MiSeq（Illumina）にて平均長300 bp x 2を読んだ（Paired-end）。
hum0111.v1
びまん性胃がん30症例の腫瘍組織から抽出したRNAを用いたRNA-seq、および、腫瘍組織と非腫瘍組織から抽出したRNAを用いたAmplicon-seq（TCRα、TCRβ、IgVH、IgVκ/λ遺伝子のV領域からC領域）の結果を、テキストフィル（cuffnormの出力）およびfastqファイルにて提供する。TruSeq Stranded mRNA Sample Prep KitによるRNAライブラリ作製後、HiSeq 2000（Illumina）にて平均長100 bp x 2を読み（Paired-end）FPKM（Fragments Per Kilobase of transcript per Million mapped fragments）値を算出した。一方、Amplicon-seqでは、PCRによりライブラリ作製後、MiSeq（Illumina）にて平均長300 bp x 2を読んだ（Paired-end）。
Note：
