NBDC Research ID: hum0111.v3
研究内容の概要
目的： 胃がんにおける腫瘍浸潤リンパ球の遺伝子解析
方法： Illumina HiSeq 2000を使用したRNA-seqおよびIllumina MiSeqを使用したT/B細胞抗原受容体mRNAのターゲットシーケンシング
対象： びまん性胃がん30症例（RNA-seqは腫瘍組織のみ。Amplicon-seqは腫瘍組織とその近傍の非腫瘍組織のペア）、胃がん60＋15症例（Amplicon-seq：腫瘍組織とその近傍の非腫瘍組織のペア）
| データID | 内容 | 制限 | 公開日 |
|---|---|---|---|
| JGAS000103 | 制限公開（Type I） | 2017/07/31 | |
| JGAS000141 | NGS（Amplicon-seq） | 制限公開（Type I） | 2019/05/31 |
| JGAS000242 | NGS（Amplicon-seq） | 制限公開（Type I） | 2021/02/19 |
※リリース情報はこちら
※制限公開データの利用にあたっては、利用申請が必要です。申請方法はこちら。
分子データ
| 対象 | びまん性胃がん（ICD10：C16）：30症例（腫瘍組織のみ） |
| 規模 | RNA-seq |
| 対象領域（Target Captureの場合） | - |
| Platform | Illumina [HiSeq 2000] |
| ライブラリソース | 腫瘍組織から抽出したRNA |
| 検体情報（購入の場合） | - |
| ライブラリ作製方法（キット名） | TruSeq Stranded mRNA Sample Prep Kit |
| 断片化の方法 | - |
| ライブラリ構築方法 | Paired-end |
| リード長（除：バーコード、アダプタ、プライマー、リンカー） | 100 bp x 2 |
| Japanese Genotype-phenotype Archive Dataset ID | JGAD000105 |
| 総データ量 | 5.1MB（FPKM値 [txt]） |
| コメント（利用にあたっての制限事項） | NBDC policy |
| 対象 | びまん性胃がん（ICD10：C16）：30症例（腫瘍組織と非腫瘍組織のペア） |
| 規模 | Amplicon-seq |
| 対象領域（Target Captureの場合） | TCRα、TCRβ、IgVH、IgVκ/λ遺伝子のV領域からC領域まで |
| Platform | Illumina [MiSeq] |
| ライブラリソース | 腫瘍組織および非腫瘍組織から抽出したRNA |
| 検体情報（購入の場合） | - |
| ライブラリ作製方法（キット名） | Amplicon |
| 断片化の方法 | - |
| ライブラリ構築方法 | Paired-end |
| リード長（除：バーコード、アダプタ、プライマー、リンカー） | 300 bp x 2 |
| Japanese Genotype-phenotype Archive Dataset ID | JGAD000104 |
| 総データ量 | 64 GB（fastq [480 files]） |
| コメント（利用にあたっての制限事項） | NBDC policy |
| 対象 | 胃がん（ICD10：C16）：60症例（腫瘍組織と非腫瘍組織のペア） |
| 規模 | Amplicon-seq |
| 対象領域（Target Captureの場合） | IgVH遺伝子のV領域からC領域まで |
| Platform | Illumina [MiSeq] |
| ライブラリソース | 腫瘍組織および非腫瘍組織から抽出したRNA |
| 検体情報（購入の場合） | - |
| ライブラリ作製方法（キット名） | Amplicon |
| 断片化の方法 | - |
| ライブラリ構築方法 | Paired-end |
| リード長（除：バーコード、アダプタ、プライマー、リンカー） | 300 bp x 2 |
| Japanese Genotype-phenotype Archive Dataset ID | JGAD000210 |
| 総データ量 | 101 GB（fastq [240 files]） |
| コメント（利用にあたっての制限事項） | NBDC policy |
| 対象 |
胃がん（ICD10：C16）：102症例（腫瘍組織と非腫瘍組織のペア） 内87症例はJGAD000104、JGAD000210と重複 |
| 規模 | Amplicon-seq |
| 対象領域（Target Captureの場合） | IgHV、IgKV、IgLV遺伝子のV領域からC領域まで |
| Platform | Illumina [MiSeq] |
| ライブラリソース | 腫瘍組織および非腫瘍組織から抽出したRNA |
| 検体情報（購入の場合） | - |
| ライブラリ作製方法（キット名） | Amplicon |
| 断片化の方法 | - |
| ライブラリ構築方法 | Paired-end |
| リード長（除：バーコード、アダプタ、プライマー、リンカー） | 300 bp x 2 |
| Japanese Genotype-phenotype Archive Dataset ID | JGAD000342 |
| 総データ量 | 228 GB（fastq） |
| コメント（利用にあたっての制限事項） | NBDC policy |
提供者情報
研究代表者： 石川 俊平
所 属 機 関： 東京大学 医学系研究科 衛生学分野
プロジェクト/研究グループ名：-
科研費/助成金（Research Project Number）：
| 科研費・助成金名 | タイトル | 研究課題番号 |
|---|---|---|
| 科学研究費助成事業 若手研究（A） |
がん浸潤リンパ球の抗原受容体次世代シーケンス ～がん免疫システムの包括的理解～ |
26710009 |
| 日本医療研究開発機構（AMED） 次世代がん医療創生研究事業（P-CREATE） | 胃癌における癌細胞と免疫細胞の統合ゲノミクス | 15655817 |
| 日本医療研究開発機構（AMED） 革新的バイオ医薬品創出基盤技術開発事業 | 臨床腫瘍特異的なシングルドメイン抗体機能複合体の取得技術に関する研究 | JP18am0301011 |
| 日本医療研究開発機構（AMED） 創薬基盤推進研究事業 | ゲノム情報科学と機械学習に基づく高機能抗体のデザイン開発技術に関する研究 | JP18ak0101096 |
関連論文
| タイトル | DOI | データID | |
|---|---|---|---|
| 1 | Immunogenetic Profiling for Gastric Cancers Identifies Sulfated Glycosaminoglycans as Major and Functional B-cell Antigens among Human Malignancies | doi: 10.1016/j.celrep.2017.07.016 | |
| 2 | Capturing the differences between humoral immunity in the normal and tumor environments from repertoire-seq of B-cell receptors using supervised machine learning. | doi:10.1186/s12859-019-2853-y | JGAD000210 |
| 3 | Focal adhesion ribonucleoprotein complex proteins are major humoral cancer antigens and targets in autoimmune diseases | doi: 10.1038/s42003-020-01305-5 | JGAD000342 |
制限公開データの利用者一覧
| 研究代表者 | 所属機関 | 利用データID | 利用期間 |
|---|---|---|---|
