NBDC Research ID: hum0096.v2

 

研究内容の概要

目的: 多数の小児T細胞性急性リンパ芽球性白血病(小児T-ALL)検体について、次世代シーケンサーを用いた種々の遺伝子解析技術により、疾患発症の原因となる遺伝子異常をゲノムワイドに同定し、解析する。

方法: 小児T-ALL123例の検体のRNA-seq解析を行い、融合遺伝子を同定し、発現データの解析をする。うち、79例に対してDNAメチル化アレイ解析を行い、発現データと統合的に解析をする。

対象: 小児T-ALL 123症例

 

データID内容制限公開日
JGAS000090 NGS(RNA-seq) 制限公開(Type I) 2017/05/25
JGAS000138 メチル化アレイ 制限公開(Type I) 2019/11/18

※リリース情報はこちら

※制限公開データの利用にあたっては、利用申請が必要です。申請方法はこちら

 

分子データ

JGAS000090

対象 小児T-ALL(ICD10:C91.0):123症例
規模 RNA-seq
対象領域(Target Captureの場合) -
Platform Illumina [HiSeq 2500]
ライブラリソース 小児T-ALL患者の骨髄液や末梢血、リンパ節から抽出したtotal RNA
検体情報(購入の場合) -
ライブラリ作製方法(キット名)

TruSeq RNA Library Prep Kit

NEBNext Ultra RNA Library Prep Kit for Illumina

断片化の方法 酵素反応
ライブラリ構築方法 Paired-end
リード長(除:バーコード、アダプタ、プライマー、リンカー) 108 bp
Japanese Genotype-phenotype Archive Dataset ID JGAD000090
総データ量 927 GB (bam [ref: hg19])
コメント(利用にあたっての制限事項) NBDC policy

 

JGAS000138

対象 小児T-ALL(ICD10:C91.0):79症例
規模 メチル化アレイ
対象領域(Target Captureの場合) -
Platform Illumina [Infinium MethylationEPIC]
ソース 小児T-ALL患者の骨髄液や末梢血、リンパ節から抽出したDNA
検体情報(購入の場合) -
調整試薬(キット名、バージョン) EpiTect Fast Bisulfite Conversion Kit、Infinium MethylationEPIC
メチル化率決定アルゴリズム(ソフトウェア) -
プローブ数 866,554プローブ(raw data)
Japanese Genotype-phenotype Archive Dataset ID JGAD000207
総データ量 2 GB(idat)
コメント(利用にあたっての制限事項) NBDC policy

 

提供者情報

研究代表者: 滝田 順子

所 属 機 関: 東京大学大学院 医学系研究科 生殖・発達・加齢医学専攻 小児医学講座

プロジェクト/研究グループ名:

科研費/助成金(Research Project Number):

科研費・助成金名タイトル研究課題番号
日本医療研究開発機構(AMED) 次世代がん医療創生研究事業(P-CREATE) 分子プロファイリングを基盤とした小児期からAYA世代に発症する難治がんの新規治療法 の開発 JP16cm0106509
科学研究費助成事業 基盤研究(B) マルチオミックス情報を基盤とした難治性小児がんに対する新規克服法の開発 17H04224

 

関連論文

タイトルDOIデータID
1 Recurrent PU.1 (SPI1) fusions in high-risk pediatric T cell acute lymphoblastic leukemia doi: 10.1038/ng.3900 JGAD000090
2 DNA methylation-based classification reveals difference between pediatric T-cell acute lymphoblastic leukemia and normal thymocytes doi: 10.1038/s41375-019-0626-2 JGAD000207

 

制限公開データの利用者一覧

研究代表者所属機関国・州名研究題目利用データID利用期間
Jinyan HUANG Shanghai Jiao Tong University School of Medicine, State Key Laboratory Of Medical Genomics, Rui-jin Hospital JGAD000090 2017/07/19-2018/04/01
BERNARD Olivier Institut Gustave Roussy JGAD000090 2017/09/14-2019/12/31
Jun J Yang Department of Pharmaceutical Science, St. Jude Children's Hospital JGAD000090 2019/04/11-2019/07/07
Charles G. Mullighan Pathology Department, St. Jude Children's Research Hospital Genomic analysis for acute lymphoblastic leukemia JGAD000090 2019/10/11-2020/01/17
Takaomi Sanda Cancer Science Institute of Singapore, National University of Singapore Sequencing and Expression Analyses in T-Cell Leukemia Using Publicly-Available Datasets JGAD000090, JGAD000207 2020/07/14-2024/03/31
Charles de Bock Children's Cancer Institute, University of New South Wales Elusidating the role of the TCF7-SPI1 fusion in T cell acute lymphoblastic leukemia JGAD000090 2020/08/17-2021/06/09
Chengyu Liang The Wistar institute Oncogenic mechanism of T-cell lymphoblastic leukemia JGAD000090, JGAD000207 2022/01/07-2024/11/22
安田 貴彦 名古屋医療センター 臨床研究センター 造血器疾患の分子病態の解明ならびに有効かつ安全性の高い治療法開発を目指した基盤研究 JGAD000090 2022/01/10-2025/03/31
Jinyan Huang Zhejiang University School of Medicine Comprehensive analysis of alternative splicing in malignant tumors JGAD000090, JGAD000207 2022/03/07-2024/01/01
浜田 道昭 早稲田大学 理工学術院 日本 RNA標的創薬データベースの構築 JGAD000090 2022/12/26-2025/03/31