NBDC Research ID: hum0065.v1
研究内容の概要
目的： 大腸がん、肺がん、子宮頸部小細胞がんについて、患者間の多様性をカバーするCTOS（cancer tissue-originated spheroid）パネルを構築し、CTOSの調製、培養、細胞株化、移植、継代における質的変化を病理学的、生化学的、分子生物学的に検証する。
方法： Illumina HiSeq 2000を使用したExome解析
対象： 大腸がん、肺がん、子宮頸部小細胞がん
| データID | 内容 | 制限 | 公開日 |
|---|---|---|---|
| JGAS000089 | NGS（Exome） | 制限公開（Type I） | 2018/04/06 |
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分子データ
| 対象 |
大腸がん：8症例、肺がん：2症例、子宮頸部小細胞がん：2症例 1. 血球細胞：12検体（大腸がん 8検体、肺がん 2検体、子宮頸部小細胞がん 2検体） 2. CTOS（初代）：患者さんの腫瘍組織から調整したCTOS：5検体（大腸がん2検体、肺がん2検体、子宮頸部小細胞がん1検体） 3. CTOS（継代）： a. 2. のCTOS をマウスに移植して得られた腫瘍組織から調整したCTOS：14検体 1代：1検体（大腸がん1検体） 2代：4検体（子宮頸部小細胞がん1検体、大腸がん3検体） 3代：5検体（大腸がん3検体、肺がん2検体） 5代：4検体（大腸がん2検体、肺がん2検体） b. 2. のCTOSをin vitroで培養した細胞から調整したCTOS：3検体（肺がん2検体、大腸がん1検体） 2代：1検体（肺がん1検体） 5代：2検体（肺がん1検体、大腸がん1検体） |
| 規模 | Exome |
| 対象領域（Target Captureの場合） | - |
| Platform | Illumina [HiSeq 2000] |
| ライブラリソース | 血球細胞およびCTOSから抽出したDNA |
| 検体情報（購入の場合） | - |
| ライブラリ作製方法（キット名） | SureSelect Human All Exon V5 + lincRNA |
| 断片化の方法 | 超音波断片化（Covaris E220） |
| ライブラリ構築方法 | Paired-end |
| リード長（除：バーコード、アダプタ、プライマー、リンカー） | 100 bp |
| Japanese Genotype-phenotype Archive Dataset ID | JGAD000089 |
| 総データ量 |
1 TB Data ファイル数：68（fastq） |
| コメント（利用にあたっての制限事項） | NBDC policy |
提供者情報
研究代表者： 井上 正宏
所 属 機 関： 大阪国際がんセンター 生化学部
URL： http://www.mc.pref.osaka.jp/en/department/biochem/
科研費/助成金（Research Project Number）：
| 科研費・助成金名 | タイトル | 研究課題番号 |
|---|---|---|
| 日本医療研究開発機構（AMED） 次世代がん研究シーズ戦略的育成プログラム（P-DIRECT） | 患者腫瘍移植モデルとex vivo培養間のシャトルシステムによる革新的な臨床効果評価技術の開発 | JP15cm0106155 |
関連論文
| タイトル | DOI | データID | |
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制限公開データの利用者一覧
| 研究代表者 | 所属機関 | 国・州名 | 研究題目 | 利用データID | 利用期間 |
|---|---|---|---|---|---|
