NBDC Research ID: hum0036.v1
研究内容の概要
目的： 市販されている４種類の全エクソームキャプチャープラットフォーム間の性能比較
方法： 各エクソンキャプチャープラットフォーム (Roche/NimbleGen [SeqCap EZ Human Exome Library v3.0]、Illumina [Nextera Rapid Capture Exome（v1.2）]、Agilent [SureSelect XT Human All Exon v5、SureSelect QXT Human All Exon v5]）ごとにシークエンスライブラリを作成し、Illumina社のHiSeq 2500により全エクソームシークエンシングを実施
対象： コリエル医学研究所より購入したHapMap-JPT検体由来のセルライン: 2名
| データID | 内容 | 制限 | 公開日 |
|---|---|---|---|
| DRA003736 | NGS (Exome) | 非制限公開 | 2015/08/01 |
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※論文等でデータベースからダウンロードしたデータを含む結果を公表する際には、下記文献を引用いただくか、NBDCヒトデータベースに登録されたデータを利用した旨について謝辞（Acknowledgement）に記載して下さい。記載例はこちら。
分子データ
| 対象 | コリエル医学研究所より購入したHapMap-JPT検体由来のセルライン: 2名分 |
| 規模 | Exome |
| 対象領域（Target Captureの場合） | - |
| Platform | Illumina [HiSeq 2500] |
| ライブラリソース | - |
| 検体情報（購入の場合） | https://catalog.coriell.org/1/NHGRI/Collections/HapMap-Collections/Japanese-in-Tokyo-Japan-JPT |
| ライブラリ作製方法（キット名） |
Roche/NimbleGen [SeqCap EZ Human Exome Library v3.0] Illumina [Nextera Rapid Capture Exome（v1.2）] Agilent [SureSelect XT Human All Exon v5] Agilent [SureSelect QXT Human All Exon v5] |
| 断片化方法 |
Roche/NimbleGen [SeqCap EZ Human Exome Library v3.0]：超音波断片化（Covaris） Illumina [Nextera Rapid Capture Exome (v1.2)]：酵素反応を用いた断片化（トランスポゾーム ） Agilent [SureSelect XT Human All Exon v5]：超音波断片化（Covaris） Agilent [SureSelect QXT Human All Exon v5]：酵素反応を用いた断片化（トランスポゾーム ） |
| ライブラリ構築方法 | Paired-end |
| リード長（除：バーコード、アダプター、プライマー、リンカー） | 161 bp x 2 |
| DDBJ Sequence Read Archive ID | DRA003736 |
| 総データ量 | 65 GB（fastq） |
| コメント（利用にあたっての制限事項） | NBDC policy |
提供者情報
研究代表者： 久保 充明
所 属 機 関： 理化学研究所統合生命医科学研究センター
プロジェクト/研究グループ名： 疾患多様性医科学研究部門
科研費/助成金（Research Project Number）：
| 科研費・助成金名 | タイトル | 研究課題番号 |
|---|---|---|
| - | - | - |
関連論文
| タイトル | DOI | データID | |
|---|---|---|---|
| 1 | Performance comparison of four commercial human whole-exome capture platforms. | doi: 10.1038/srep12742 | DRA003736 |
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