hum0035 リリース情報
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| Research ID | 公開日 | 内容 |
|---|---|---|
| hum0035.v3 | 2020/05/29 | NGS（Target Capture、RNA-seq）、SNP-chip、メチル化アレイ |
| hum0035.v2 | 2017/12/26 | NGS（Exome、Target amplicon deep sequencing、RNA-seq）、SNP-chip、メチル化アレイ |
| hum0035.v1 | 2015/09/16 | NGS（Exome） |
hum0035.v3
このバージョンでは、小児肝芽腫59症例の腫瘍組織とHBL細胞株2検体を対象とした以下の解析結果を追加した（JGAS000188）。
・SNP-chip解析：Copy Number Variation (CNV)の決定には、GeneChip Human Mapping 250k NsplもしくはCytoscan HD（Affymetrix）を使用している。
・Target Capture解析：塩基配列型決定には、HiSeq 2000、MiSeq（Illumina）を使用している。
・RNA-seq解析：BioLabs NEBNext Ultra RNA Library Prep Kit for Illumina もしくはIllumina TruSeq RNA Sample Preparation Kit v2 を用いてライブラリを作製し、HiSeq 2500にて平均長108塩基断片を解読した（Paired-end）。
・メチル化アレイ解析：Infinium MethylationEPIC（Illumina）を用いてメチル化解析を行った。
hum0035.v2
このバージョンでは、神経芽腫522症例、小児膵芽腫10症例の腫瘍組織と、対応する末梢血（非腫瘍組織）、神経芽腫細胞株39検体を対象とした以下の解析結果を追加した（JGAS000046、JGAS000088）。
・SNP-chip解析：神経芽腫522症例、小児膵芽腫10症例の腫瘍組織と、対応する末梢血（非腫瘍組織）、神経芽腫細胞株39検体
Copy Number Variation (CNV)の決定には、GeneChip Human Mapping 250k NsplもしくはCytoscan HD（Affymetrix）を使用している。
・NGSによるTarget amplicon deep sequencing：神経芽腫 522症例の腫瘍組織
塩基配列型決定には、HiSeq 2000、MiSeq（Illumina）を使用している。
・エクソーム解析：小児膵芽腫10症例の腫瘍組織と、対応する末梢血（非腫瘍組織）
SureSelect Human ALL Exon kit（50Mb kit, v4もしくはv5）を用いてExon領域にしぼり、HiSeq 2000/2500にて平均長75-108塩基のDNA断片を解読した（Paired-end）。
・RNA-seq解析：小児膵芽腫10症例の腫瘍組織のみ
BioLabs NEBNext Ultra RNA Library Prep Kit for Illumina もしくはIllumina TruSeq RNA Sample Preparation Kit v2 を用いてライブラリを作製し、HiSeq 2500にて平均長108塩基断片を解読した（Paired-end）。
・メチル化アレイ解析：小児膵芽腫10症例の腫瘍組織のみ
Infinium MethylationEPIC（Illumina）を用いてメチル化解析を行った。
hum0035.v1
このバージョンでは、小児横紋筋肉腫16症例および胸膜肺芽腫7症例の腫瘍組織と、対応する末梢血（非腫瘍組織）をペアでエクソーム解析し、その結果をbamファイルにて提供する（JGAS000036）。SureSelect Human ALL Exon kit（50Mb kit, v4）を用いてExon領域にしぼり、HiSeq 2000/2500にて平均長75-108塩基のDNA断片を解読した（Paired-end）。
Note：
