NBDC Research ID: hum0033.v1
研究内容の概要
目的： ヒト唾液には直径が30～100nmの膜小胞であるエキソソームIとエキソソームIIが存在している。本研究では、エキソソームI、エキソソームIIおよび全唾液に含まれるlong RNA（protein-coding RNA and long non-coding RNA）の量の比較を実施することを目的としている。
方法： 吐出法を用いて採取した唾液からエキソソームIとエキソソームIIを純化し、RNAを抽出した。Short non-coding RNAを除いたものをライブラリとし、次世代シークエンサーを用いてRNA量を検討した。
対象： 日本人成人健常者1名の唾液から純化したエキソソームI、エキソソームIIおよび全唾液を使用した。
URL： http://pharm.thu.ac.jp/research/unit/makukinou.html
| データID | 内容 | 制限 | 公開日 |
|---|---|---|---|
| DRA003516 | NGS (RNA-seq) | 非制限公開 | 2015/04/28 |
※リリース情報はこちら
※論文等でデータベースからダウンロードしたデータを含む結果を公表する際には、下記文献を引用いただくか、NBDCヒトデータベースに登録されたデータを利用した旨について謝辞（Acknowledgement）に記載して下さい。記載例はこちら。
分子データ
| 対象 |
日本人成人女性（健常者）1名の全唾液および 唾液から純化したエキソソームIおよびエキソソームII（3検体） |
| 規模 | RNA-seq |
| 対象領域（Target Captureの場合） | - |
| Platform | Illumina [Genome Analyzer IIx] |
| ライブラリソース | 唾液から純化したエキソソームI、エキソソームIIおよび全唾液中のLong RNA |
| 検体情報（購入の場合） | - |
| ライブラリ作製方法（キット名） | RampUP RNA amplification Kit（Genisphere）にてRNA増幅後にrandom primerにて逆転写を行い、末端修復、A付加、アダプターライゲーション後、200-400bpのcDNAをPCR増幅して作成した |
| 断片化の方法 | - |
| ライブラリ構築方法 | Single-end |
| リード長（除：バーコード、アダプタ、プライマー、リンカー） | 36-51 bp |
| DDBJ Sequence Read Archive ID | DRA003516 |
| 総データ量 | 3.9 GB |
| コメント（利用にあたっての制限事項） | NBDC policy |
提供者情報
研究代表者： 矢ノ下 良平
所 属 機 関： 帝京平成大学・薬学部・薬学科
プロジェクト/研究グループ名： 膜機能研究ユニット
URL： http://pharm.thu.ac.jp/research/unit/makukinou.html
科研費/助成金（Research Project Number）：
| 科研費・助成金名 | タイトル | 研究課題番号 |
|---|---|---|
| 科学研究費助成事業 基盤研究（C） | アミノペプチダーゼ内包エキソソームによる免疫活性化カスケードの分子機構とその制御 | 25460172 |
| 科学技術振興機構 「産学共同シーズイノベーション化事業・顕在化ステージ」 | 医薬品開発に応用できる生体成分由来ナノキャリアの開発 | - |
関連論文
| タイトル | DOI | データID | |
|---|---|---|---|
| 1 | Small RNA transcriptomes of two types of exosomes in human whole saliva determined by next generation sequencing. | doi.org/10.1248/bpb.b12-00607 | DRA003516 |
| 2 |
